田立峰
- 作品数：2 被引量：6H指数：1
- 供职机构：复旦大学生命科学学院遗传学研究所更多>>
- 发文基金：上海市现代生物与新药产业发展基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 人cDNA序列中二类甲硫氨酸密码子的区分
- 2000年
- 在人类cDNA序列确定全长基因的过程中 ,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子 .在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差异的基础上 ,从模式识别的角度出发 ,将这二类密码子视为由此构成的多维特征空间中的二个模式类 ,应用费歇线性判别法进行分类器的设计 ,并对分类器的错误率进行估计 ,表明在这些特征下 ,这二类密码子可以区分 .以此分类器的标准判断真正的起始密码子和非起始甲硫氨酸密码子 ,其准确率可达 75 % .
- 付旭平戴建凉田立峰黄达蔷沈健民吕军谢毅毛裕民
- 关键词：位置权重矩阵Z曲线CDNA序列
- 2813条全长人类新基因编码蛋白质的功能预测被引量：6
- 2000年
- 用生物信息学序列分析方法对联合基因科技 (集团 )公司 2 813条全长人类新基因编码的蛋白质进行了功能预测 .由WU BLASTP核酸序列相似性分析结果表明P值小于le 2 0的基因合计有 46 6条 ,占总分析基因的 16 .5 7% ,P值在le 10以下的基因合计有 5 6 5条 ,占总分析基因的 2 0 .0 9% ;由蛋白质结构域分析结果表明 ,含PROSITEpattern的基因有 5 2 0条 ,代表了 10 7种 pattern ;含PROSITEprofile的基因有 333条 ,代表了 2 0 0种profile ;含PFAM结构域的基因有 45 7条 ,代表了 2 41个family ;含PRINTS的家族指纹 1型 (class1)的基因有 12 8条 ,指纹 2型 (class2 )的有 18条 ,总数为 146条 ,代表了 45种家族指纹 ;由特殊结构分析表明 ,跨膜蛋白 470条 ,分泌蛋白 6 77条 ,Coiled coil蛋白 2 2 8条 ,Helix turn helix蛋白 73条 .
- 田立峰戴建凉黄达蔷付旭平沈健民范俊张雷马良宵谢毅毛裕民
- 关键词：生物信息学编码蛋白质
