赵东明
- 作品数：7 被引量：20H指数：3
- 供职机构：北京大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国博士后科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 一种DNA计算编码系统及其方法
- 本发明涉及一种DNA计算编码系统及其方法，该系统包括：评价模型生成模块，用于构建DNA序列的评价模型，并利用所述评价模型计算DNA序列的评价参数；DNA序列搜索模块，用于基于模拟退火算法搜索评价参数值最小的最优序列，本系...
- 许进赵东明
- 文献传递
- 一种蛋白质结构同源建模的DNA算法被引量：3
- 2009年
- 将一种新的智能计算方法——DNA计算引入到蛋白质结构预测中,试图建立当蛋白质结构与母板结构相似度比较低的情况下的蛋白质结构比较模型的DNA计算方法。将氨基酸序列中的一个残基的可能构型映射为一段DNA序列,将一个蛋白质结构预测问题转化成一个边赋权的图的最大权团问题,结合最大权团问题的DNA计算模型,建立蛋白质预测问题的DNA算法,并通过仿真实验说明了算法的有效性。
- 赵东明强小利刘向荣
- 关键词：DNA计算蛋白质结构预测
- DNA计算中核酸序列设计方法比较研究(英文)被引量：4
- 2008年
- DNA计算是将现实问题进行编码,映射到DNA分子上,然后通过分子生物实验产生出代表问题解的DNA分子,最后通过检测技术提取出该DNA分子.高质量的DNA编码可以尽可能避免或减少计算过程中出现的错误,并使检测阶段易于提取出代表问题解的DNA分子.文中对基于汉明距离和基于自由能的DNA核酸编码方法进行研究,分析了两类方法的约束条件对DNA编码质量的影响,比较了两类方法排除非特异性杂交的完备性和计算量,进一步分析了两类方法编码DNA序列的效率.通过分析和比较得到,两类DNA计算编码方法都能有效地限制DNA分子间的非特异性杂交,其中基于汉明距离的DNA编码方法的计算量比较小,但是它仅能近似地估计DNA分子间杂交的热力学稳定性,不能完全替代最小自由能的编码方法.在满足DNA计算试验精度要求的条件下,采用基于汉明距离的DNA编码设计方法不仅能有效地的挑选出特异性杂交和非特异性杂交的DNA序列,还能有效地减少计算量,从而提高DNA序列设计的效率.
- 张凯耿修堂肖建华赵东明
- 关键词：DNA计算自由能汉明距离
- DNA缩短法计算模型求解最大独立集问题被引量：7
- 2009年
- 提出了一种基于环形DNA缩短法的新型计算模型.该模型可以求解n个顶点m条边的图的最大独立集.算法的时间复杂度是O(n+m).随着问题规模的增大,计算所需的试管数量呈线性增长.在计算模型的生物操作中,有两个主要技术:DNA分子内环化和DNA长度逐步缩短.结合反向PCR(聚合酶链式反应),磁珠吸附和环化酶催化等多种方法,在求解步骤中,DNA分子的结构在线性双链DNA(dsDNA)、线性单链DNA(ssDNA)和环形单链DNA之间进行循环变化.利用环形DNA分子的结构特点,在计算过程中避免了DNA分子间重组.为了证实该DNA计算模型的可行性,利用其求解了一个最大独立集问题的实例.
- 张成杨静许进赵东明
- 关键词：NP完全问题反向PCR
- 活体生物计算模型的研究进展及展望(英文)
- 2008年
- 活体生物计算模型是基于生物体内各种生化分子以特定的形式互相协作、处理信息的能力而出现的一种新的计算模型.由于其计算组成部件是直接镶嵌在生物活体里面,并且显示具有一定的计算能力,这可以使人们深入研究生物体信息处理能力以及获得对这种能力的有效控制.该文介绍了近几年几类体内生物计算模型,用于求解NP完全问题、基因逻辑电路、分子自动机研究状况,并对未来的发展方向进行了展望.
- 刘向荣赵东明郗方李菲
- 关键词：生物计算NP问题
- 图顶点着色问题的DNA计算模型被引量：6
- 2009年
- DNA计算是以DNA分子作为数据的一种新型计算模式.为了减少DNA计算中编码的数量,不降低生化实验操作的可靠性,文中建立了一种基于酶切技术和PCR技术的图顶点着色DNA计算模型,给出了实现该模型的双编码的编码方案.分析表明,利用酶切技术和PCR技术能够有效删除非解并读取真解.该模型的解的检测方法类似于DNA测序技术,使得该模型更容易实现自动化操作.
- 强小利赵东明张凯
- 关键词：DNA计算
- 一种DNA计算编码系统及其方法
- 本发明涉及一种DNA计算编码系统及其方法，该系统包括：评价模型生成模块，用于构建DNA序列的评价模型，并利用所述评价模型计算DNA序列的评价参数；DNA序列搜索模块，用于基于模拟退火算法搜索评价参数值最小的最优序列，本系...
- 许进赵东明
