郑小琪
- 作品数：7 被引量：6H指数：2
- 供职机构：上海师范大学数理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金博士科研启动基金上海市高校选拔培养优秀青年教师科研专项基金更多>>
- 相关领域：生物学文化科学理学自动化与计算机技术更多>>
- 拟南芥基因转录调控关系识别研究进展
- 2013年
- 系统研究基因组水平上的转录调控关系是功能基因组学研究中的一个重要方向,通过识别转录调控关系可以从分子水平认识细胞内的生理活动和功能,进而在系统尺度上理解其生物学进程。对拟南芥基因转录调控关系识别的生物信息学方法进行了综述,详细介绍了基于转录因子结合位点和基于机器学习的两类预测方法,指出了各自的优缺点,并探讨了可能的改进方向。
- 秦玉芳郑小琪
- 关键词：转录调控转录因子结合位点模式识别
- 生物分子数据的距离度量及其应用
- 生物分子数据的比较是生物信息学最基本最重要的工具之一。通过序列比较，我们可以从大量的序列数据中获取生物序列中的功能、结构和进化信息。生物信息学的许多其它领域，如数据库搜索，系统树构建，蛋白质结构和功能的预测，序列片段的拼...
- 郑小琪
- 关键词：系统发育
- 拟南芥花药基因的共表达分析
- 2010年
- 运用图论中最大团算法,对ATTED-Ⅱ数据库中提供的拟南芥共表达数据进行分析,为进一步研究基因功能提供了较为可靠的数据。文中提出的算法首先根据芯片数据鉴定拟南芥花药基因,然后以ATTED-Ⅱ数据库为基础构建每一个花药基因的共表达网络,最后利用最大团算法从共表达网络中挖掘共表达数据。基于这种方法,系统地分析了每一个拟南芥花药基因的共表达情况,有助于拟南芥花药发育分子机理和基因转录调控的深入研究。实验验证这种方法对拟南芥花药共表达基因的提取十分有效。
- 焦清局刘太岗郑小琪连爱娥黄继风
- 关键词：拟南芥花药共表达最大团
- 浅谈情景教学法在概率论与数理统计中的应用被引量：3
- 2016年
- 为了提高学生的学习兴趣,加深概念和定理的理解,在概率论与数理统计的教学中引入情景教学法。以身边例子切入,详细地介绍了情景教学法在全概率公式,贝叶斯公式,伯努利概型和数学期望中的应用。
- 秦玉芳丁艳凤郑小琪
- 关键词：情景教学法全概率公式贝叶斯公式数学期望
- 基于最优分割位点的蛋白质亚细胞位点预测方法被引量：2
- 2011年
- 蛋白质的亚细胞位点信息有助于我们了解蛋白质的功能以及它们之间的相互作用,同时还可以为新药物的研发提供帮助。目前普遍采用的亚细胞位点预测方法主要是基于N端分选信号或氨基酸组分特征,但研究表明,单纯基于N端分选信号或氨基酸组分的方法都会丢失序列的序信息。为了克服此缺陷,本文提出了一种基于最优分割位点的蛋白质亚细胞位点预测方法。首先,把每条蛋白质序列分割为N端、中间和C端三部分,然后在每个子序列和整条序列中分别提取氨基酸组分、双肽组分和物理化学性质,最后我们把这些特征融合起来作为整条序列的特征。通过夹克刀检验,该方法在NNPSL数据集上得到的总体精度分别是87.8%和92.1%。
- 王伟郑小琪窦永超刘太岗赵娟王军
- 关键词：蛋白质序列
- 复变函数课程的对比教学法研究被引量：1
- 2011年
- 复变函数主要研究复数域上的函数,是高等数学课程的延伸。本文阐述了复变函数和高等数学在理论体系上的异同,并强调其差异性。在复变函数的授课中,采用对比教学法,以加深学生对知识的理解,提高分析和解决问题的能力。
- 秦玉芳郑小琪
- 关键词：初等函数解析函数级数
- 一种肿瘤甲基化谱纯化的统计方法
- 2022年
- 肿瘤组织的高度异质性是癌症基因组学研究的一个重要课题.在临床实验中获得的肿瘤样本的甲基化谱通常是来自不同成分的混合信号,如癌细胞(cancer cells)、正常细胞(normal cells)、基质(stromal)和免疫浸润细胞(immune cells).其中正常细胞的混合被认为是许多下游分析的主要混淆因素,忽视或不恰当地考虑肿瘤纯度可能会导致DNA甲基化分析出现偏差或错误的结果,因此建立合适的统计模型修正肿瘤纯度至关重要.文章开发了一个线性统计模型InfiniumPurifyMT,基于肿瘤样本、邻近正常样本和肿瘤纯度得到纯化的肿瘤甲基化谱.
- 朱宜静聂亚婷魏娜娜郑小琪
- 关键词：DNA甲基化肿瘤异质性
