陈宁涛
- 作品数：12 被引量：33H指数：4
- 供职机构：湖南大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学理学一般工业技术更多>>
- 创建neighbor-joining进化树的快速算法(英文)被引量：5
- 2006年
- 为了改善Saitou和Nei提出的neighbor-joining进化树算法(SN)及Studier和Keppler的改进算法(SK),降低计算的时间复杂度,设计了一种快速算法.该算法涉及3种技术第一,引入一个线性数组A[N],用于存储距离矩阵每一行的值,以减少许多重复计算;第二,A[i]的值在算法开始时全部计算,在迭代步中间只进行更新3个变化的值;第三,设计了一个紧凑的公式用于计算OTUs之间的边长,并对该公式进行了证明.实验结果表明随着节点数的增多,该算法比SN算法快几十倍到上百倍,比SK算法快2倍以上;在一台桌面计算机上,该算法能在3min左右创建具有2000个节点的进化树.以空间换时间,减少最内层循环的计算量是设计多重循环算法的基本思路.
- 陈宁涛王能超施保昌
- 关键词：进化树
- 生物多序列比对的并行算法被引量：3
- 2005年
- 多序列比对是生物信息学中的基本问题。由于生物序列数据库的快速增长,即使优秀的串行算法已不能满足实际的需要。研究了Gusfield提出的星型比对模型的串行算法,进行了空间和时间上的改进,基于cluster结构的某并行机提出了一种并行算法,并对大量基因数据进行了测试,结果表明对于大规模的多序列比对,算法能达到较高的加速比。
- 陈宁涛王能超施保昌
- 关键词：多序列比对串行算法序列数据库基因数据并行机加速比
- 基于二分技术的高效算法设计及其应用
- 随着计算方法的发展，几乎所有的学科都走向定量化和精确化，从而产生了诸如计算数学、计算物理、计算生物学等一系列的计算科学。计算科学的发展促进了学科之间的交叉和渗透，从而促进了各个学科的发展，但各个学科的复杂性和非线性特征也...
- 陈宁涛
- 关键词：HILBERT曲线生物信息学
- 文献传递
- Peano曲线的演化生成算法及其推广被引量：5
- 2005年
- 基于演化思想探讨T Peano空间填充曲线的非递归生成算法及其推广。通过基本元素的确定、变换和组合三个步骤完成曲线的绘制。算法简单、快速,而且有一定的通用性。
- 王能超陈宁涛施宝昌
- 关键词：空间填充曲线
- 生物多序列比对的并行算法
- 多序列比对是生物信息学中的基本问题。由于生物序列数据库的快速增长,即使优秀的串行算法已不能满足实际的需要。研究了Gusfield提出的星型比对模型的串行算法,进行了空间和时间上的改进,基于cluster结构的某并行机提出...
- 陈宁涛王能超施保昌
- 关键词：多序列比对
- 文献传递
- 生物多序列比对的并行算法
- 本文研究了Gusfield提出的星型比对模型的串行算法,进行了空间和时间上的改进,基于cluster结构的某并行机提出了一种并行算法,并对大量基因数据进行了测试,结果表明对于大规模的多序列比对,算法能达到较高的加速比.
- 陈宁涛王能超施保昌
- 关键词：生物序列基因分析计算机数学
- 文献传递
- 基于J2EE的农村信用合作社CRM系统的设计与实现
- 国内银行CRM系统的建设及研究是最近这些年集中出现的,其研究背景主要是随着中国经济快速发展,各类私人业务的迅速增加而出现。长期以来,无论是领导还是客户经理等人员都将客户关系管理的建设停留在管理、组织及人员培训的基础上,很...
- 陈宁涛
- 关键词：J2EE架构MVC设计模式CRM系统
- 文献传递
- 基于Windows CE的嵌入式移动数据库在PDA中的应用
- 随着后PC时代的到来,移动计算(mobile computing)和普适计算(perversaving computing)展现出了日益广阔的应用前景,并在越来越多的领域中发挥了不可替代的作用.移动计算技术正在给信息产业...
- 陈宁涛
- 关键词：嵌入式移动数据库PDAEDBMS
- 文献传递
- Walsh矩阵的复制生成及其计算机图像被引量：4
- 2006年
- Walsh函数在信号处理、图像处理、通信等众多领域有着广泛的应用.Walsh函数系是一个正交而完备的函数系,可以通过多种方法生成这一函数系.其中,Swick提出的复制方法应用最为广泛,该方法以Walsh函数的序码作为复制信息,可以复制出任意给定序数的Walsh函数.其本质是基于向量的处理,不适于类似快速变换等二维信号的处理.Walsh函数系可用Walsh方阵Wk表示.提出了基于Wk的行复制和块复制方法.基于对称性引入复制算子,并发现了一种新序(类Walsh序).利用Kronecker积推导了6种序的Walsh方阵的递推公式并绘制了它们的计算机图像,发现这些图像具有分形意义上的自相似结构.结果表明,基于矩阵的复制是比基于序码的复制更先进的复制方法.前者性能更优,适于快速变换的设计.而且,利用它发现了Walsh函数系的第4种对称的序:类Walsh序.通过分析和比较各种序的计算机图像,得出类Walsh序更适合作为Walsh序的逆反形式的猜想.
- 陈宁涛王能超施保昌
- 关键词：WALSH函数分形
- Hilbert曲线的快速生成算法设计与实现被引量：15
- 2005年
- 研究了Hilbert曲线的特征和现有经典算法,依据二分技术提出了一种全新的空间填充曲线生成算法．算法按照复制 的思想将具有“形”特征的曲线问题转化为具有“数”特征的矩阵问题．因此对由线的操作就转化为对矩阵的运算,而短阵运算不 用考虑绘制曲线方向问题,也不用考虑曲线始点和终点．实验结果表明,该算法比经典的L系统算法提高了将近1倍的速度．有 意义的是,该算法为并行计算大型空间填充曲线提出了一种方案．
- 陈宁涛王能超陈莹
- 关键词：HILBERT曲线分形L系统
