刘超洋
- 作品数：12 被引量：52H指数：5
- 供职机构：西南科技大学生命科学与工程学院/农学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 火丝菌科分子系统学以及结构特征和动态优化在子囊菌系统学中的应用
- 本文首次从分子系统学的角度探讨了火丝菌科(Pyronemataceae)和侧盘菌属(Otidea)中类群之间的亲缘关系，创建了核酸二级结构特征分析方法，尝试性地将动态优化方法引入子囊菌系统学研究。
以核糖体小亚基(...
- 刘超洋
- 关键词：分子系统学子囊菌门
- rRNA二级结构序列用于真菌系统学研究的方法初探(英文)被引量：6
- 2007年
- 本文首次利用核酸二级结构特征代替核酸碱基作为探讨类群之间亲缘关系的信号,构建了基于结构特征的子囊菌部分类群的系统进化树。该方法以S(规范的碱基对),Q(不规范的碱基对),I(单链),B(侧环),M(多分枝环)和H(发卡结构)为代码将二级结构特征区分为6种不同的亚结构类型,然后将二级结构特征转换为结构序列,并进行结构序列分析。该方法使rRNA不只局限于碱基比较,拓展了其应用范围,为揭示分子的功能与进化的关系提供了线索。结果表明,结构序列分析可用于子囊菌的系统学研究;相对于核酸序列分析,结构分析的结果似乎更加清晰地体现子囊果的演化过程。
- 刘超洋庄文颖
- 关键词：子囊菌门
- 子囊菌延长因子1 alpha基因密码子偏好性分析(英文)被引量：1
- 2012年
- 文中对子囊菌代表类群的延伸因子1 alpha基因密码子的使用模式进行了研究。结果表明:该基因的密码子使用偏好性不仅与核酸碱基组成密切相关,也受到其他选择性压力的影响。统计分析揭示了子囊菌各类群该基因的密码子组成和编码特点,在同义密码子的选择模式上,酵母纲(Saccharomycetes)的成员具有较独特的偏好性。基于密码子用法分歧度的聚类分析方法较合理地反映了大部分类群的分类学地位,但在各个纲的内部,密码子偏好性的变化程度存在差异。
- 刘超洋庄文颖
- 关键词：密码子偏好性聚类分析分类学地位
- 栽培羊肚菌的形态发育分析被引量：25
- 2016年
- 首次系统分析栽培羊肚菌的形态学特征和形态发育循环过程,包括菌丝和菌丝体、子实体形态和数量性状、组织解剖形态、菌核形成过程、无性繁殖体、子实体发育过程、栽培过程的生活循环、孢子萌发方式等,讨论形态特征与子实体产量的关系。
- 贺新生张能赵苗谢敬宜王银陈波刘超洋
- 关键词：羊肚菌无性型
- 核糖体RNA二级结构对拓扑结构准确性的影响(英文)
- 2011年
- 探讨了核糖体小亚基二级结构对真菌系统发育分析的影响。对用不同方法构建的系统发育树进行比较,结果表明结合二级结构信息的分析方法较传统方法产生了更为合理的拓扑结构。二级结构信息除用于优化序列比对外,还需整合到核酸替代模型中;恰当的序列比对方法、进化模型和建树运算法则有助于更加准确地揭示类群之间的亲缘关系。
- 刘超洋庄文颖
- 关键词：系统发育拓扑结构
- 竹类煤烟病大型病原菌——海绵胶煤炱菌的分子鉴定被引量：10
- 2011年
- 煤烟病是竹类常见的一类病害。在四川省成都、德阳、绵阳、宜宾和江苏、浙江等地共采集到100多份竹类煤烟病的一种产生大型子实体的病原菌标本,经组织、孢子分离得到纯培养菌株。提取纯培养子实体的总DNA,进行ITS序列分析,鉴定为Scorias spongiosa,海绵胶煤炱菌。该菌是中国竹类病原菌的新记录种。
- 贺新生刘超洋林琦郑俊娟竹文坤商圆圆霍存录
- 关键词：分生孢子器ITS序列分析
- 以子囊菌部分类群的rRNA数据为例,评估不同分区策略对贝叶斯分析效果的影响(英文)
- 2013年
- 在使用rRNA基因进行系统发育分析过程中,不同位点间进化速度的差异性可能是导致系统误差的一个重要原因。以52个真菌为研究对象,利用rRNA二级结构特征构建分区策略,探讨不同分区策略对贝叶斯分析的影响。结果显示各结构分区的最优核酸替代模型及其参数与分区类型密切相关。与传统的贝叶斯方法相比,使用结构环的分区策略对结果没有显著影响,而引入臂元素的方法却导致更高的边际似然值和支持率。此外,不考虑结构特征,简单的增加子分区数量的分区策略尽管也能导致贝叶斯因素值的增加,却没有提高解决亲缘关系的能力,说明一个合理的分区策略应该基于生物学功能(或二级结构特征)而非纯数学因素。
- 刘超洋庄文颖
- 关键词：核糖体RNA进化模型
- 火丝菌科(盘菌目)部分属的系统学研究(英文)被引量：6
- 2006年
- 本文以核糖体小亚基(SSUrDNA)为分子标记,对28个属60个种的71个序列片段进行序列分析,探讨火丝菌科的属间亲缘关系。研究结果支持广义的火丝菌科概念,表明该科是单起源的,显示5个主要分支。腐生或与植物共生形成菌根、囊盘被表面具有毛状物的15个属构成A分支,该分支中仅部分属之间的关系比较明确;与苔藓植物生长在一起的4个属构成B分支;C分支包括Otidea和Otideopsis两属,后者与Otidea的成员混杂在一起;D分支仅包括Acervus的成员;E分支由Geopyxis,Tarzetta,Paurocotylis等5个属组成。分子系统学的研究结果与形态学分类系统之间存在一定差异,依据形态特征和超微结构建立的亚科和族均未获得支持。
- 刘超洋庄文颖
- 关键词：分子系统学RDNA序列分析
- 基于膜盘菌属的两种系统发育研究方法的比较研究
- 2012年
- 以rDNA ITS1-5.8S-ITS2序列作为分子标记,采用直接优化和常规分析两种方法,探讨膜盘菌属内种间及其与相关属间的亲缘关系,并比较了两种建树方法在解决该属内种间关系的效果。以Lachnum spartinae为外群,选取31条序列构建了最小进化树、最大简约树和直接优化树。结果表明,Hymenoscyphus ericae复合种与其他膜盘菌属的成员关系较远,除了H.ericae外,其他膜盘菌形成一个单系群。模式种Hymenoscyphus fructigenus与H.caudatus,H.fucatus,H.scutulus等构成一个高支持率的分支,与另一分支(H.epiphyllus,H.lasiopodium)形成姐妹群。相对于常规的两步分析法,直接优化所产生的系统树与当前形态学特征基本相符合,因而更合理地反映膜盘菌属的分类地位和种间关系,表明该分析方法在真菌系统发育分析中具有较大的应用价值。
- 刘超洋贺新生
- 关键词：系统进化树
- 竹类食用蕈菌——海绵胶煤炱菌子实体的纯培养被引量：5
- 2012年
- 探索海绵胶煤炱菌子实体形成的培养条件,研究该菌的子实体发育规律,为规模化生产这种新型食用蕈菌提供技术方案。在浙江、四川、江苏等地共采集到100多份野生子实体标本,经组织分离得到纯培养菌株,在多种琼脂、液体、固体培养基上进行纯培养。在琼脂和固体培养基上,菌丝体直接分泌胶质物质形成胶质的小型子实体;在液体培养基上只形成菌丝和胶质菌丝球,不形成子实体。该菌的形态发育过程:分生孢子萌发→菌丝→胶质组织→子实体分枝→小型子实体→形成分生孢子器和分生孢子→释放孢子。海绵胶煤炱菌在纯培养条件下难以形成大型子实体。
- 贺新生刘超洋郑俊娟商圆圆霍存录
