吕湘
- 作品数：17 被引量：16H指数：2
- 供职机构：中国医学科学院基础医学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划协和青年科研基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- CTCF和cohesin参与人成纤维细胞中HOXA基因簇染色质高级构象的组织
- 2015年
- 位于人体不同部位的成纤维细胞具有细胞特异性的HOX基因表达模式,可以作为区分不同成纤维细胞的依据之一.在个体发育的过程中,建立或维持不同HOX基因表达模式的机制始终是引人关注的问题.本实验室前期工作在NT2/D1人畸胎瘤细胞中证明了CTCF/cohesin介导的染色质高级构象在维甲酸诱导的HOXA基因共线性开启过程中发挥了重要作用.为了进一步研究原代细胞中CTCF/cohesin对HOXA基因的调控作用,本研究选取了来自体轴不同部位并且HOXA基因表达模式互补的人胚肺和包皮成纤维细胞,对HOXA基因簇中CTCF和cohesin的结合水平以及相关的染色质高级构象进行了检测.与人胚肺成纤维细胞相比,包皮成纤维细胞中的cohesin结合水平较低,相关的染色质高级构象比较"开放",并且主要表达5′端的HOXA基因.本研究还发现CTCF结合位点CBSA56处于HOXA基因簇染色质高级构象中的核心位置,并且该位点参与的染色质相互作用在两种成纤维细胞中呈现出明显的差异,说明CBSA56是一个关键的CTCF结合位点.以上结果表明,CTCF和cohesin参与了人原代成纤维细胞中HOXA基因簇染色质高级构象的组织和HOXA基因的表达调控,并且提示细胞类型特异性的染色质高级构象与HOXA基因的空间共线性表达模式之间存在协同关系.
- 汪星徐淼赵光年刘国友郝德龙吕湘刘德培
- 关键词：人成纤维细胞CTCFCOHESIN
- CTCF在乳腺癌中的表达及其对细胞增殖的影响被引量：2
- 2015年
- 目的观察抑癌基因CTCF在乳腺癌细胞系、乳腺癌患者肿瘤组织及血清中的表达水平,并初步探讨其对乳腺癌细胞MCF7增殖的影响。方法 Western blot检测人乳腺癌细胞系MCF7、SKBR3和MDA-MB-231及正常乳腺细胞MCF-10A中CTCF蛋白的表达。实时荧光定量PCR和免疫组织化学法分别检测乳腺浸润性导管癌(n=23)、癌旁组织(n=10)及乳腺纤维腺瘤(n=10)中CTCF mRNA和蛋白水平的表达。酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清中CTCF的水平。进一步构建包装含CTCF的反转录病毒,感染MCF7细胞,筛选出稳定表达CTCF的细胞系,MTT法检测细胞的增殖。结果 CTCF在MCF-10A中表达最高,MCF7、SKBR3和MDA-MB-231中逐渐降低。乳腺癌组织中CTCF表达显著低于癌旁组织及乳腺纤维腺瘤组织(P<0.01),CTCF在乳腺癌患者血清中表达量也显著低于健康对照(P<0.01)。CTCF过表达能抑制MCF7细胞的增殖。结论 CTCF在乳腺癌细胞系、乳腺癌患者肿瘤组织及血清中表达降低。CTCF可抑制乳腺癌细胞的增殖。
- 吴洁李鹏昌庞钧译刘国友邱玲窦亚玲郭子建吕湘
- 关键词：CTCF乳腺癌增殖
- IFN-γ促进红系终末分化
- 2017年
- 目的探索IFN-γ对体外红系终末分化的调节作用。方法用real-time PCR法检测IFN-γR1/R2在血红素(hemin)诱导K562细胞红系分化过程中的表达变化。以IFN-γ处理hemin诱导的K562细胞和人脐血CD34+细胞来源的红系细胞,用real-time PCR检测红系分化标志物CD235a和CD71表达。用联苯胺染色展现IFN-γ处理的K562细胞中血红蛋白含量,通过Western blot和real-time PCR检测红系相关转录因子GATA1和NFE2的表达。结果 Hemin诱导下分化的K562细胞中IFN-γR1/R2 mRNA先减少后增高,IFN-γ促进K562及造血干祖细胞红系分化晚期CD71及CD235a的表达,增加联苯胺阳性染色率。IFN-γ对红系分化的促进作用具有时间依赖性。机制研究表明IFN-γ可促进红系关键转录因子NFE2的表达。结论 IFN-γ促进K562细胞及人脐血造血干祖细胞的红系终末分化。
- 崔申申解学敏王南宇吕湘
- 关键词：IFN-Γ红系分化
- 蛋白酪氨酸磷酸酶4A3(PTP4A3)促进小鼠胎肝来源红系细胞脱核
- 2022年
- 目的探索在小鼠胎肝来源红系细胞中蛋白酪氨酸磷酸酶4A3(PTP4A3)在红系终末分化和脱核中的作用及分子机制。方法RT-qPCR检测Ptp4a3在终末分化过程中的表达情况。利用短发夹RNA(shRNA)干扰技术在小鼠胎肝诱导红系分化体系中敲低Ptp4a3的表达,流式细胞分选GFP阳性细胞后RT-qPCR验证其敲低效率,流式细胞测量术分析检测Ptp4a3敲低后对红系分化和脱核的影响。RNA表达谱测序并分析在红系细胞终末分化过程中Ptp4a3敲低影响的通路和基因。结果PTP4A3在红系细胞终末分化过程中表达水平逐渐升高。在小鼠胎肝来源红系细胞中成功敲低Ptp4a3的表达,流式细胞测量术检测发现敲低Ptp4a3可显著降低红系细胞脱核率(P<0.05)。表达谱分析发现敲低Ptp4a3影响红系终末分化过程中细胞周期相关基因表达。结论PTP4A3在红系细胞终末分化晚期高表达,并参与调控细胞脱核过程。
- 胡欣俊余东林范宏韩改净薛征吕湘
- 关键词：细胞周期
- β-654地中海贫血小鼠骨髓红系终末分化的阶段特异性转录组特征被引量：1
- 2020年
- 目的探索β-654地中海贫血小鼠骨髓红系终末分化的阶段特异性转录组特点。方法对β-654地中海贫血小鼠及同窝野生对照小鼠进行基因型鉴定及外周血涂片染色分析,而后对其骨髓细胞做流式细胞分选,收集原始红、早幼红、中幼红和晚幼红细胞用于转录组测序;测序数据过滤后进行基因差异表达分析,进一步对差异基因做GO富集分析并通过STRING数据库和Cytoscape软件对其中的上调基因进行蛋白质间相互作用网络和关键基因分析。结果β-654地中海贫血小鼠骨髓红系细胞与同期正常对照间的差异基因随分化进程逐渐增多;GO分析显示地中海贫血早幼红-晚幼红细胞分化过程中分子伴侣介导的蛋白质折叠过程被逐渐激活,早幼红-中幼红时期氧化还原酶活性上调,中幼红-晚幼红时期泛素蛋白连接酶结合增强;蛋白质间相互作用分析发现分子伴侣中的热休克蛋白(Hsp)家族成员位于地中海贫血红系调控网络核心,且随贫血细胞向晚期分化该家族核心网络成员逐渐增多。结论β-654地中海贫血小鼠骨髓红系细胞终末分化具有阶段特异性转录组变化,Hsp家族介导的蛋白质折叠过程随贫血细胞分化逐渐增强,早中幼红时期激活氧化还原反应,而中晚幼红时期以泛素化介导的蛋白降解为主。
- 史丽芳余东林刘雪会吕湘
- 关键词：转录组热休克蛋白蛋白质折叠
- SIRT1增强人慢性粒系白血病K562细胞耐药性被引量：1
- 2011年
- 目的研究Ⅲ类去乙酰化酶SIRT1对人慢性粒系白血病K562细胞耐药性的影响及其机制。方法分别将酶活性缺失突变型SIRT1-H363Y和SIRT1 shRNA表达质粒转染K562细胞,G418筛选稳定克隆后用H2O2和依托泊甙(et-oposide)处理细胞,Western blot检测caspase3剪切,BAX表达及DNA损伤标志物H2A.X磷酸化;在MCF-7和293A中过表达野生型SIRT1,检测H2O2和etoposide处理后的H2A.X磷酸化。结果 K562细胞中SIRT1-H363Y表达和SIRT1干扰均能促进H2 O2和etoposide诱导的caspase3剪切及BAX表达,并显著抑制H2 O2诱导的H2A.X磷酸化(对照vs SIRT1-H363Y:0.54±0.03 vs 0.23±0.01)(P<0.01)和etoposide(对照vs SIRT1 H363Y:1.36±0.20 vs 0.68±0.14)(P<0.05);(对照vs SIRT1 RNAi:0.68±0.06 vs 0.44±0.04)(P<0.01);在MCF-7和293A细胞中,野生型SIRT1过表达能明显增加etoposide诱导的H2A.X磷酸化(MCF-7:0.26±0.04 vs 0.46±0.02)(P<0.01);(293A:0 vs0.42±0.09)(P<0.05)。结论 SIRT1能保护K562细胞对抗DNA损伤药物诱导的凋亡,增强DNA损伤修复信号。
- 毛蓓蓓宋崴吕湘陈厚早刘德培
- 关键词：SIRT1DNA损伤耐药性K562细胞
- 细胞终末分化过程中三维基因组结构与功能调控的分子机制被引量：2
- 2020年
- 真核细胞中的染色质DNA高度折叠形成复杂的三维结构,其空间组织方式对精准调控基因的表达和细胞发挥正常功能都起着重要的作用。细胞终末分化成熟过程中形态及基因表达谱常发生显著改变,同时伴随着明显的基因组三维结构变化。本文在简单介绍三维基因组多层次组织结构(染色质领域、A/B区室、拓扑相关结构域和成环构象等)基础上,重点综述了细胞终末分化过程中三维基因组结构变化与功能调控方面的研究进展,并探讨了当前三维基因组研究在解析细胞分化成熟过程时存在的问题和前景。
- 杨科薛征吕湘
- 转录因子Ikzf1促进小鼠胎肝来源红系细胞终末分化
- 2023年
- 目的通过分析单细胞转录组数据,挖掘红系终末分化过程中潜在的转录因子Ikzf1,并探究其在终末红系分化中的功能。方法利用SCENIC方法对人和小鼠红系细胞的单细胞转录组数据进行转录因子预测,从bulk转录组数据获取所预测因子Ikzf1在红系终末分化过程中的表达情况并在小鼠胎肝红系分化体系中进行RT-qPCR验证。在小鼠胎肝来源的红系细胞中利用短发夹RNA(shRNA)干扰技术敲低Ikzf1,流式分选GFP阳性的成功转染细胞,RT-qPCR验证其敲低效率,流式细胞术分析Ikzf1敲低后对红系分化和脱核的影响。结果SCENIC预测Ikzf1是人与小鼠红系终末分化共同的转录因子,转录组及RT-qPCR分析显示其在终末分化较早期的原红和早幼红细胞阶段表达量较高。将小鼠胎肝来源红系细胞中Ikzf1基因的表达成功敲低,流式细胞术检测发现Ikzf1敲低导致红细胞分化阻滞在早幼红细胞时期,细胞脱核率显著降低(P<0.05)。结论转录因子Ikzf1在红系终末分化早期高表达并参与促进红系终末分化和脱核。
- 王佳鑫余东林杨希刘雪会吕湘
- 固相DNaseⅠ足迹法研究DNA-蛋白质相互作用被引量：5
- 2001年
- 传统的DNaseⅠ足迹法程序繁杂 ,并且要求目的蛋白经过一定程度的纯化 .而固相DNaseⅠ足迹法通过结合有模板的磁珠 ,先富集序列特异的DNA结合蛋白 ,进行DNaseⅠ酶切 ,然后用测序胶分离并分析结果 .此方法简便易行 ,重复性好 ,并减少了对操作者的放射性损害 。
- 徐冬冬刘德培吕湘徐海明张伸梁植权
- 关键词：磁珠核蛋白
- 核转录因子NFYB和NFYC促进红系终末分化
- 2022年
- 目的利用单细胞转录组数据分析挖掘红系终末分化的潜在转录因子,并重点对预测得到的核转录因子NFYB和NFYC在红系终末分化中的表达和功能进行探究。方法使用人骨髓红系终末分化单细胞转录组数据,结合SCENIC分析预测分化阶段特异性转录调控因子。利用公共测序数据集重点分析预测出的NFYB和NFYC在人与小鼠红系终末分化不同阶段中的表达;荧光激活细胞分选技术(FACS)分选小鼠胎肝体外红系终末分化各阶段的细胞,检测Nfyb和Nfyc的表达水平。在小鼠胎肝红系分化体系中使用慢病毒感染,分别敲低Nfyb和Nfyc,检测红系终末分化及脱核的变化。结果通过SCENIC分析预测出NFYB和NFYC是红系终末分化早期的调控因子,在人与小鼠的红系终末分化早期表达较高,晚期则降低。在小鼠胎肝体外红系分化体系中分别敲低Nfyb和Nfyc,均可显著抑制红系终末分化(P<0.05)及脱核(P<0.05)。结论NFYB和NFYC促进红系终末分化过程。
- 余东林杨希阴佳滢刘雪会吕湘
- 关键词：SCENIC
