孙玉娜
- 作品数：5 被引量：5H指数：2
- 供职机构：辽宁大学更多>>
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- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 马铃薯贮藏蛋白Patatin及其突变体分子动力学和分子对接的研究被引量：2
- 2014年
- 马铃薯贮藏蛋白Patatin具有水解脂肪的能力,且特定位点的突变能够影响Patatin的水解酶活性.Patatin的水解酶活性中心是由Ser77和Asp215组成,首先采用分子动力学方法研究Patatin及其突变体的稳定性和构象变化,通过结构比对没有发现构象规律性的变化,然后采用分子对接方法,发现了两个基团(Patatin及其突变体活性位点Ser77的羟基与底物p-硝基苯基癸酯的酯键)间的距离具有规律性:即H109A和D182A(活性减弱)两个基团之间的距离偏大,而R368A,E140A,H109N(活性增强)两个基团之间的距离偏小,符合之前的生化数据.这说明Ser77的羟基与底物PNPC10的酯键间的距离可能能够影响底物小分子与Patatin蛋白的结合,从而影响Patatin酯酶的活性.同时,根据细胞内溶质磷脂酶A2(cPLA2)反应过程,我们推测了Patatin与底物之间可能的催化机制.
- 宋有涛徐姣周雷孙玉娜周小红张桥石薛友林
- 关键词：PATATIN动力学模拟分子对接突变体
- 酵母分子伴侣Ydj1p C-末端及锌指结构与功能相关性的分子动力学研究
- 蛋白质的生物学活性不仅由氨基酸序列还由一定的空间结构决定,错误折叠引发淀粉样蛋白沉积疾病。目前为止,已发现有二十多种蛋白质沉积疾病,例如阿尔茨海默病、帕金森、疯牛病和亨廷顿并等。分子伴侣是细胞在外界环境压力条件下产生的,...
- 孙玉娜
- 关键词：分子伴侣二聚体HSP70
- 文献传递
- Ydj1p二聚体中β14～β15与domain-Ⅲ分离的拉伸分子动力学模拟研究被引量：3
- 2013年
- 分子伴侣Hsp40是一种以二聚体的形式调控非天然多肽折叠的热激蛋白。本文通过拉伸分子动力学研究了酵母Hsp40家族成员Ydj1p二聚体中β14-β15与domain-Ⅲ的分离过程，深入探讨了影响Ydj1p二聚体稳定性的重要残基和相互作用力。研究表明，残基Thr366、Asp368、Cys370、Leu372和Phe375在Ydj1P二聚体的形成过程中发挥着重要的作用。其中，β14-β15中的残基Thr366和Asp368分别通过与domain-Ⅲ内的残基Asp291、Trp292和Trp292、Lys294之间形成的氢键，Asp368通过与domain-Ⅲ内的残基Lys314形成盐桥，Cys370、Leu372和Phe375则是通过与domain-Ⅲ形成疏水作用力来稳定Ydj1p二聚体结构。
- 王浩徐利楠孙玉娜沈曼莉薛友林李辉宋有涛
- 关键词：分子伴侣二聚体
- Ydj1p锌指结构突变体对底物结合影响的分子动力学模拟分析
- 2017年
- Ydj1p是酵母细胞质中一种主要的I型Hsp40分子伴侣,Ydj1p锌指结构在传递底物给Hsp70时发挥重要的作用,锌指结构域的两个锌离子结合位点区域(ZBDⅠ和ZBDⅡ)与半胱氨酸形成配位键对底物传递中维持结构稳定非常重要。本研究通过分子动力学手段对Ydj1p与各锌指结构突变体进行了模拟,分析ZBDⅠ突变体关键残基C143S、C201S,ZBDⅡ突变体关键残基C162S、C185S的突变影响Hsp40与Hsp70的底物传递。分析结果表明,当锌指部位的氨基酸发生突变,不仅能影响Ydj1p的结构稳定性,也能影响底物的传递,并且锌指结构Ⅰ突变体和锌指结构Ⅱ突变体之间也具有明显差异。通过结合能量的分析以及构象变化比对,揭示了Ydj1p以及各锌指结构突变体底物结合能力的强弱,这与生化实验研究了Ydj1p锌指结构与Hsp70合作,帮助多肽传递的功能是至关重要的结果较为相近。
- 刘冠宏孙玉娜张桥石薛友林宋有涛
- 关键词：锌指结构突变体分子动力学模拟
- Ydj1p C端二聚体中螺旋α3与domain Ⅲ分离的拉伸分子动力学模拟
- 2014年
- 许多遗传性疾病或基因突变疾病实际上与蛋白质错误折叠相关,由于分子伴侣在调控蛋白折叠、聚集、降解方面发挥功能,研究分子伴侣的结构、功能、作用机制等对于人类某些疾病的阐释意义重大。作为分子伴侣,Hsp40以二聚体的形式调控多肽的折叠。文章通过拉伸分子动力学研究了酵母Hsp40家族成员Ydj1p二聚体中α3与domainⅢ的分离过程,深入探讨了影响Ydj1p二聚体稳定性的重要残基和相互作用力。由研究结果可知,α2、α3及α3之前loop结构中的残基L274、I278、F335、P336、F340、L346、L349、L352、L353之间形成疏水盒子,使螺旋α2、α3之间作用紧密,稳固二聚体结构。其中,F335与domainⅢ内的残基V302、I278、I303和P305,P336与domainⅢ内的残基V302形成疏水作用力来维持二聚体的稳定。
- 孙玉娜王浩薛友林李辉宋有涛
- 关键词：分子伴侣二聚体
