戴胜冬
- 作品数：4 被引量：6H指数：2
- 供职机构：杭州电子科技大学计算机学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 表观遗传修饰间相互作用关系的研究
- 表观遗传特征的研究在表观遗传学的领域中是一个热点问题。其中特征的提取量化是一个关键步骤，然而目前各文献采用的方法不同，所使用的特征也不相同，导致特征量化的具体过程计算繁琐。同时，由于DNA序列模式特征计算的特殊性，常规的...
- 戴胜冬
- 关键词：表观遗传修饰DNA甲基化基因表达相互作用
- 文献传递
- DNA甲基化的重要特征被引量：3
- 2012年
- 目前,预测和分析DNA甲基化的研究所用的特征存在差异,缺少统一比较和评价,对非CpG岛序列缺少分析。为了进行统一比较和评价,作者集成DNA甲基化的主要特征,对CpG岛和非CpG岛序列进行分析,鉴别特征的重要性,并利用特征选择技术识别紧凑的特征子集。结果表明,序列模式和组蛋白修饰都是关联DNA序列甲基化的重要特征但并不独立,两者结合共同参与维持序列的甲基化模式;H3K4me3同时是CpG岛序列和非CpG岛序列最重要的组蛋白特征,具有最高的识别频率。本文标识DNA甲基化的重要特征在生物学上具有重要功能,可以作为线索来研究DNA甲基化、组蛋白修饰和基因调控间的关系。
- 杨昆张彦斌戴胜冬王路路戴国骏胡三清
- 关键词：DNA甲基化CPG岛支持向量机
- 计算DNA序列模式特征的匹配算法被引量：2
- 2015年
- 分析了DNA序列特征计算过程中的特殊性,提出了一种基于"空间换时间"的模式匹配算法,设计了以map数据结构来存储中间结果的方案,使得扫描DNA序列一次即可同时计算所有元组模式在该序列中出现的次数。实验结果及分析表明,算法提升了DNA序列模式特征计算的效率,较好地解决了计算DNA序列模式特征的问题。
- 戴胜冬杨昆
- 关键词：生物信息学DNA序列
- DNA序列的甲基化特征提取软件被引量：2
- 2012年
- 提取(量化)特征是DNA甲基化状态预测中的一个关键步骤,然而不同的方法所使用的特征并不相同,特征量化的具体过程计算繁琐。本文集成文献中的重要特征,设计并实现了DNA序列的特征提取软件工具。该软件封装了特征的计算过程,可以方便地批量计算目标序列的相关特征,为后续的数据分析和挖掘提供便利。
- 戴胜冬杨昆顾靓王路路
- 关键词：DNA甲基化特征提取CPG岛
