章祥荪
- 作品数：69 被引量：747H指数：10
- 供职机构：中国科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：理学经济管理自动化与计算机技术生物学更多>>
- 对信息系统设计方法结构体系的探讨被引量：5
- 1989年
- 本文提出了大型信息系统设计开发工程的一个二维形式化结构体系,并详细讨论了大型信息系统总体规划(战略计划和总体结构设计)的工作内容.
- 章祥荪全安寿
- 关键词：信息系统设计方法MIS
- 运筹学方法、模型在生物信息学、系统生物学研究中的重要作用
- 运筹学中的数学规划、组合最优化已经成为生物信息学、系统生物学研究中的重要工具,随着研究的进展,也成为运筹学新发展的动力之一。我们列举出一些生物信息学、系统
- 章祥荪
- 文献传递
- 改进的自组织映射(SOM)蛋白质折叠算法和计算实现
- 2005年
- 蛋白质结构预测是生物信息学中的重要研究方向．为了研究蛋白质折叠的机理,人们引入了只考虑蛋白质疏水核心和亲水外围位置导致能量差别的简化HP模型．即使是求解二维HP模型已被证明是一个NP完全问题,因此需要设计有效的近似算法来求解较大规模的HP模型．从旅行商问题(TSP)的求解看,自组织映射是构造近似算法的有效工具．本文将归一化的F-W自组织模型应用到蛋白质二维HP问题的求解中,结合为克服多重映射构造的局部线搜索算法．数值试验表明,该算法改进了现有的HP模型的SOM求解算法, 只需很少的迭代步数就能找到最低能量构象．这一改进算法可以成为进一步研究的基础．
- 王勇詹钟炜吴凌云章祥荪
- 关键词：自组织映射搜索算法
- 一种简单的蛋白质结构分类方法(英文)
- 本文尝试通过应用一种简单的打分系统和类似于序列比对的动态规划策略来发展一种简单,快速的蛋白质结构分类方法。打分系统是基于一套简单的蛋白结构参数。随后使用动态规划策略在点阵上来搜索相似性轨迹以及根据相似性轨迹的得分计算两个...
- 张世华吴凌云金光旭章祥荪
- 关键词：动态规划层次聚类
- 文献传递
- 复杂网络模块结构的最优化模型、算法和应用
- 章祥荪张世华王勇李珍萍吴凌云张俊华张忠元李慧嘉
- 该项目属于运筹学、生命科学与信息科学交叉领域。针对复杂网络领域最基本的问题之一——复杂网络模块/社团结构，系统地研究了模块识别的最优化新理论、新算法以及在生物网络中的应用，取得几个创新性研究成果，具有重要的科学意义和应用...
- 关键词：
- 关键词：复杂网络
- 无正则性条件下的一个信赖域方法的全局收敛性
- 2002年
- 1.引言
考虑下列等式约束最优化问题:
- 张菊亮章祥荪卓新建
- 关键词：全局收敛性信赖域方法非线性规划
- 一个新的解线性规划的神经网络(英文)被引量：3
- 2001年
- 本文提出一个新的解线性规划的Ｈｏｐｆｉｅｌｄs-型网络。该网络基于线性规划的对偶理论，并使用了Sigmoid函数，但不需要预先给定的罚参数和乘法模拟器。我们证明该网络不仅全局收敛到线性规划的精确解，而且能同时解原规划和对偶规划。由于在该网络中没有使用乘法模拟器而利用了Ｓｉｇｍｏｉｄ函数，因此该模型是很容易用硬件实现的。
- 张菊亮章祥荪
- 关键词：线性规划对偶理论神经网络精确解SIGMOID函数
- 一个等式约束问题的SQP方法及其收敛性被引量：8
- 2001年
- 本文提出一个 ＳＱＰ算法，其效益函数为 Ｆｌｅｔｈｅｒ［１］提出的连续可微精确罚函数．该算法具有全局收效性和超线性收敛速度，并且能自动调节罚参数。
- 张菊亮章祥荪
- 关键词：SQP方法全局收敛性精确罚函数
- 单体型装配问题及其算法(英文)被引量：4
- 2004年
- 单核苷酸多态性(SNP)单体型装配问题就是从给定的来自某人染色体的SNP片段中去除错误,重构出尽可能与原来片段一致的单体型.这个问题有几个不同的模型最少片段去除(MFR)问题,最少SNP去除(MSR)问题以及最少错误纠正(MEC)问题.前两个问题的复杂性与算法已有一些学者研究过.第三个问题已被证明是NP完全问题,但这个问题的实际算法还没有.该文对MEC问题给出了一个分支定界算法,这个算法能得到问题的全局最优解.通过这个算法对实际数据的计算说明了MEC模型的合理性,即在一定条件下,通过修正最少的错误重构出的单体型确实是真实的单体型.由于分支定界算法对这样一个NP完全问题不能在可接受的时间内解规模较大的问题,文中又给出了求解MEC问题的两个基于动态聚类的算法,以便对规模较大的问题在可接受的时间内得到近似最优解.数值实际表明这两个算法很快,很有效.这两个算法总能得到与分支定界找到的全局最优解很接近的近似最优解.鉴于MEC问题是NP完全的,这两个算法是有效的、实际的算法.
- 王瑞省吴凌云张继红章祥荪
- 关键词：动态聚类SNP
- 一个等式约束问题的拟Newton-信赖域型方法及其收敛性被引量：3
- 2001年
- 在[1]中,Vardi提出一个信赖域方法,而收敛性证明却是在精确λ-搜索下给出的.本文在[1]的基础上提出一个新的算法-拟Newton-信赖域型算法,并证明该算法是全局收敛的.通过利用二阶修正技术去修正该算法,我们证明了该算法是局部超线性收敛的.
- 张菊亮章祥荪
- 关键词：精确罚函数
