肖姗
- 作品数：18 被引量：71H指数：5
- 供职机构：长沙市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金湖南省卫生厅科技项目湖南省医药卫生科研计划课题更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学化学工程更多>>
- 长沙市诺如病毒暴发疫情中GⅡ.2[P16]型全基因组分子进化特征分析
- 2022年
- 目的 对长沙市2020年急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒GⅡ.2[P16]型进行全基因组序列测定以及遗传进化特征分析。方法 采集2020年诺如病毒暴发疫情标本,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增开放阅读框(ORF)1和ORF 2连接区进行分型鉴定。GⅡ.2[P16]型阳性标本在二代测序Miseq平台进行测序。测序结果进行序列比对及进化分析。结果 2020年本市共发生诺如病毒暴发疫情29起,共采集标本277份,阳性检出率为44.04%(122/277)。分型鉴定发现诺如病毒GⅡ.2[P16]型占比45.08%(55/122)。从疫情分布月份和机构来看,9—12月为暴发高峰,疫情发生在幼儿园和学校占比89.66%(26/29)。对53份GⅡ.2[P16]型ORF1和ORF2连接区序列进行进化树分析发现毒株处于多个分支,序列之间的同源性为98.5%~100%。对4株GⅡ.2[P16]型全基因组序列进行同源性比较发现毒株之间的同源性为98.5%~99.5%,与GⅡ.2[P16]2016-2017(KY771081)毒株同源性为97.9%~98.2%,进化树处于不同亚分支。RdRp区域氨基酸位点发生T396A和T464A突变,HBGA结合位点保守未发生突变。结论 长沙地区诺如病毒暴发疫情中以GⅡ.2[P16]型突变株传播为主,毒株由GⅡ.2[P16]2016-2017持续传播进化而来,并进化为另一个分支。本地区暴发的诺如病毒疫情主要发生在学校以及幼托机构,应持续加强对诺如病毒的监测。
- 欧新华徐明忠黄政李灵之肖姗姚栋
- 关键词：诺如病毒全基因组序列
- 2018-2021年湖南省长沙市活禽市场外环境禽流感病毒监测以及禽类职业暴露人群血清学分析被引量：2
- 2023年
- 目的 了解2018—2021年湖南省长沙市活禽市场外环境禽流感病毒的分布特点、污染情况以及职业暴露人群的血清学检测结果,为人感染禽流感防控和政策制定提供科学依据。方法 2018年1月1日至2021年12月31日,收集长沙市活禽市场外环境样本,采用实时荧光反转录聚合酶链式反应法检测禽流感病毒核酸,血清样本采用马血球血凝抑制实验(HI)检测血清中的H5N6、H7N9抗体,火鸡血球检测血清中H9N2抗体。运用SPSS 19.0软件对数据进行统计分析,比较不同样本类型、不同地区以及不同监测时间阳性率的差异。结果 2018—2021年共采集活禽市场外环境样本813份,禽类职业人员血清样本150份,禽流感病毒平均阳性率为64.58%,其中2019—2021年阳性率逐年升高,其中H9型254份,为阳性检出数量最多的型别。6类不同类型的样本中,笼具表面擦拭样本的阳性率最高(79.03%),禽类咽拭子最低(10.00%)。岳麓区的禽流感病毒阳性率最高,占94.67%。在时间分布上,平均阳性率最高的是第四季度(67.50%),最低的是第三季度(57.82%),呈夏季阳性率低于冬季的情况。禽类职业暴露人员血清学检测中检出1份H9N2抗体阳性样本。不同类型样本、不同地区的禽流感病毒阳性率差异有统计学意义(P<0.05)。结论 长沙市活禽市场外环境禽流感病毒阳性检出型别主要为H9型。冬季为高发期,职业暴露人群中存在H9N2隐性感染的情况。活禽市场内交易、运输和人员流动是禽流感跨种传播的高风险因素,应将活禽市场作为禽流感防控重点场所,持续开展禽流感病毒监测以防止禽流感病毒在人际间传播。
- 李灵之肖姗欧新华张如胜刘如春
- 关键词：活禽市场禽流感病毒职业暴露人群
- 长沙市家禽市场环境中H5N1亚型禽流感病毒传播风险研究被引量：7
- 2012年
- 目的对长沙市家禽市场职业暴露人群进行禽流感病毒（AIv）H5N1亚型抗体水平和环境AIV核酸检测，并对环境中AIVH5N1亚型的血凝素（HA）基因进行测序分析。方法抽取长沙市1个区和1个县，各选择2个城区或乡镇家禽市场进行职业暴露人群H5N1抗体和环境AIV核酸检测。利用单放射免疫扩散溶血实验（SRH）对102份家禽市场职业暴露人员血清标本进行H5N1抗体检测，real-time PCR方法检测160份家禽市场环境标本（污水、禽类粪便、羽毛和禽类笼具表面涂抹标本）AIV核酸，对4份污水H5N1亚型AIV核酸阳性标本进行HA基因RT-PCR扩增和TA克隆测序，测序结果利用Lasergene和Mega5．0软件进行氨基酸比对和进化树构建。结果AIVH5N1抗体监测结果显示，家禽市场职业暴露人群血清H5N1抗体阳性率为25．5％（26／102），其中乡镇和城区家禽市场职业暴露人群阳性率分别为50．0％（9／18）和25．4％（17／67），乡镇家禽市场职业暴露人群阳性率高于城区。长沙市家禽市场环境中H5亚型AIV核酸阳性率为3113％（50／160），其中乡镇家禽市场阳性率为37．3％（31／83），高于城区家禽市场24．7％（19／77）；不同标本H5亚型AIV核酸阳性率不同：污水（50．0％，24／48）、羽毛（44．5％，4／9）、禽类粪便（29．8％，14／47）和禽类笼具表面涂抹（14．3％，8／56）；差异均有统计学意义（P〈0．01）。TA克隆测序得到4个AIV H5N1亚型HA基因序列，进化树显示4个AIV H5N1亚型HA基因与中国内地和香港禽来源的AIV分离株为同一分组，属于欧亚分支；4个AIVH5N1亚型HA基因受体结合位点氨基酸序列仍然为禽源（QSG）、HA1和HA2蛋白之间连接肽为多个碱性氨基酸序列（RERRRKK或RERRGKK），与人源AIV H5N1亚型具有相同的受体结合位点和高致病性的分子特征。结论长沙市家禽市场环境中存在较多数量的AIV H5N1亚型，是�
- 张如胜欧新华宋克云袁洁陈田木肖姗孙边成
- 关键词：禽流感病毒
- 2013—2021年长沙市流感样病例暴发疫情流行病学特征及病原学特点分析被引量：5
- 2023年
- 目的分析2013—2021年长沙市流感样病例暴发疫情的流行病学特征及病原学特点,为制定流行性感冒(以下简称“流感”)防控策略提供科学依据。方法收集长沙市2013年1月1日—2021年12月31日流感样病例暴发疫情流行病学及病原学资料,对疫情的规模、发生时间、地区、场所和病原监测结果进行描述性分析。结果2013—2021年长沙市共报告163起流感样病例暴发疫情,报告发病病例8504例,平均罹患率为2.60%(8504/326872)。2019年报告数量最多,共81起(49.69%)。2013—2021年报告病例主要集中在冬春季节(11月—12月和1月、3月),构成比为85.89%,浏阳市和长沙县病例数构成比分别为39.26%和23.93%。疫情暴发病例主要发生在中、小学校,共151起(92.64%)。检测病原学标本1265份,阳性率为67.19%。2013—2021年流感阳性疫情154起,仅1种型别单独流行的年份为2015年的A(H3N2)型和2021年的B(Victoria)型,其他有流感疫情报告的年份均为A、B型别交替混合感染。结论2013—2021年长沙市冬春季中、小学校易发生流感样病例暴发疫情,应加强学校流感疫情监测,做到早报告、早隔离,开展学校宣教,提高流感疫苗接种率,使流感疫情得到有效控制。
- 李灵之肖姗裴瑞青黄政叶文姚栋
- 关键词：流感暴发疫情病原学监测流行病学特征
- 新型冠状病毒实验室检测风险识别及风险控制被引量：3
- 2021年
- 2019年12月底湖北武汉暴发新型冠状病毒引起的肺炎,疫情在国内迅速传播。相比SARS-CoV和MERS-CoV,新型冠状病毒传播力更强、更快,实验室检测生物安全要求高,检测人员面临的风险大。对新型冠状病毒实验室检测生物安全风险点进行识别分析与评价,探讨实验室检测过程中生物安全管理要素、操作规范及潜在的生物安全隐患,最大限度的降低风险,保证检测人员、环境及样本安全。
- 姚栋欧新华陈静芳李灵之肖姗徐明忠
- 关键词：新型冠状病毒生物安全
- 长沙市柯萨奇病毒A2型和A5型全基因组序列特征分析
- 2022年
- 目的 了解长沙市柯萨奇病毒A2型(coxsackievirus A2, CV-A2)和A5型(coxsackievirus A5, CV-A5)的序列分子特征及进化趋势。方法 采用二代测序技术获得CV-A2和CV-A5的全基因组序列,进行同源性和进化树分析,使用SimPlot查看毒株序列重组区域。结果 获得长沙市2019年手足口病常规监测病例中CV-A2和CV-A5毒株全基因组序列。CV-A2毒株命名为S281/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 422 bp。CV-A5毒株命名为S272/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 425 bp。CV-A2全基因组序列与国内CV-A2毒株进行同源性分析发现,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。CV-A2毒株与原型株Fleetwood(NC038306)相比同源性为79.20%,与湖北省CV-A2毒株(MN419014)同源性最高为95.60%,但非结构蛋白3C和3D区同源性最低,分别为90.51%和92.06%。进化树分析发现3C和3D区位于CV-A4分支。非结构蛋白区新增多个氨基酸突变位点,结构蛋白区氨基酸序列保守。基因重组分析发现CV-A2毒株在3C和3D区存在重组现象。对CV-A5全基因组序列分析发现,与国内CV-A5毒株相比,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。全基因组序列与CV-A5原型株Swartz(AY421763)相比同源性为80.7%,与澳大利亚毒株(MH111030)相比同源性最高为97.43%,进化树分析发现与MH111030位于同一分支,证明CV-A5为输入型毒株。CV-A5毒株结构蛋白区氨基酸序列保守。结论 长沙市CV-A2毒株为重组毒株,CV-A5毒株为国外输入型。本研究可帮助了解长沙地区CV-A2和CV-A5的全基因组特征,为了解柯萨奇病毒的进化趋势及遗传特征提供理论数据,以便及时有效地阻断疾病传播。
- 徐明忠黄政欧新华姚栋肖姗李灵之叶文
- 关键词：全基因组序列基因重组
- 犬肾细胞培养流感病毒条件的优化被引量：3
- 2023年
- 目的对影响流感病毒细胞分离培养的因素进行优化,得到细胞分离培养流感病毒的最佳方案。方法将4种型别流感毒株接种至犬肾上皮细胞(MDCK),以不同接种量、吸附时间、培养时间以及TPCK胰蛋白酶浓度进行病毒分离培养,以流感病毒红细胞凝集实验的血凝滴度作为指标对流感分离培养结果进行评价分析。结果甲型H1N1流感病毒、季节性流感病毒H3N2、乙型Victoria系流感病毒、乙型Yamagata系流感病毒在培养过程中的最适条件分别为:接种量为200、200、250、300μL/孔,吸附时间为1.5、1.5、2.0、2.0 h,TPCK胰酶浓度为1.0、2.0、2.0、1.5 mg/mL,培养时间为96、72、120、120 h。结论成功对4种亚型流感病毒在MDCK细胞中的培养条件进行了优化,在培养流感病毒时应按照不同型别选取不同的培养条件。
- 裴瑞青欧新华李灵之肖姗黄政叶文
- 关键词：流感病毒血凝滴度MDCK细胞
- 长沙市2014—2019年31株风疹病毒基因型流行特征
- 2020年
- 目的对2014—2019年长沙市风疹病毒进行分子流行病学、基因特征及溯源研究。方法风疹疑似患者鼻咽拭子先通过荧光逆转录聚合酶链反应(real time-PCR,RT-PCR)进行风疹病毒核酸检测,风疹病毒阳性标本再进行RT-PCR扩增E1基因片段,序列拼接后构建进化树及氨基酸同源性分析。结果截至2019年10月31日,收集到市区上送风疹疑似病例标本1726份,其中阳性87份(5.04%),2014年至2019年风疹阳性率分别为1.27%(6/471)、1.70%(4/235)、1.83%(4/218)、0%(0/133)、11.18%(18/161)和10.83%(55/508)。2018年开始风疹病例显著增多。感染人群中62.07%(54/87)分布于10~20岁。本研究共获得31株风疹病毒序列,2014年3株2B型,1株1E型;2016年1株2B型;2018年10株1E型;2019年16株1E型。GenBank序列号为MN251800-MN251830。进化树分析显示2018—2019年毒株与香港地区本土循环流行的1E基因型毒株位于同一分支,区别于2018年以前长沙市地区流行的毒株。毒株之间的核苷酸同源性为99.5%~100.0%,与WHO参考株核苷酸同源性为96.0%~96.4%。E1基因第324位A突变为T,第329位F突变为L,关键位点未发生变化。结论2018—2019年长沙地区风疹流行毒株为不同地区同一1E基因型毒株感染造成,应加强本地学生及成年人中风疹疫苗接种计划及风疹病毒学的监测。
- 黄政李灵之肖姗姚栋欧新华
- 关键词：风疹病毒进化树基因特征
- 长沙地区1株重组柯萨奇病毒A4基因型的全基因组序列分析被引量：2
- 2021年
- 目的对湖南省长沙市手足口病患儿咽拭子中分离的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株进行全基因组序列及分子进化特征分析。为手足口病的疫情防控提供理论数据支持。方法利用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞对2019年6月长沙市常规监测的手足口病病例咽拭子标本进行病毒分离,提取病毒RNA序列进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),并利用Illumina二代测序技术对其进行全基因组序列测定,利用MEGA 6.0构建系统进化树,用BioEdit和Simplot软件进行重组和进化分析。结果手足口病患儿的咽拭子中分离的CV-A4毒株为1株重组毒株,毒株命名为S270/Changsha/CHN/2019(简称S270),序列全长为7454 bp。基于核苷酸序列的进化树结果表明,S270毒株的结构蛋白区域(P1)属于CV-A4分支,非结构蛋白区域(P2和P3)属于CV-A2分支。S270毒株与AY421762株(简称CV-A4代表株)对比,核苷酸序列P1区的同源性为85.05%;非结构蛋白P2和P3区的同源性为83.90%。全基因组氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为84.7%。VP1区氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为83.8%,氨基酸位点出现A55T和M229T两个突变。重组位点分析发现S270毒株全基因组重组位点发生在2B非结构蛋白区域,位于基因组序列位点约3849 bp位置。结论S270分离株属于CV-A4重组毒株,基因重组位点位于2B区内,属于GI基因群的GIB亚型。
- 欧新华黄政姚栋肖姗李灵之叶文
- 关键词：基因重组全基因组序列
- 3株人源猪链球菌2型湖南株cps2J、gdh、ef基因进化分析被引量：1
- 2013年
- 目的对3株人源猪链球菌2型(S.suis 2)湖南株(HNCS201001、HNCS201101、HNCS201102)cps2J、gdh、ef基因进行序列测定和进化分析,了解其变异和进化状况,为人感染S.suis疫情的防控提供数据。方法设计S.suis 2 cps2J、gdh、ef基因PCR引物,对HNCS201001、HNCS201101、HNCS201102株进行PCR扩增和序列测定,测序结果利用Lasergene和Mega5软件进行分析。结果 cps2J、gdh、ef基因包含的完整开放阅读框(ORF)分别为999bp、1 347bp、2 532bp,分别编码333、448、843个氨基酸。在线BLAST同源性分析表明,HNCS201001、HNCS201101、HNCS201102株属于S.suis 2,3菌株cps2J、gdh、ef基因组序列之间的核苷酸同源性均为100%;进化树显示,HNCS201001、HNCS201101、HNCS201102株与国内外猪源和人源S.suis 2菌株属于同一分支,同源性比较显示3株S.suis 2湖南分离株cps2J、gdh、ef基因与其他国内外S.suis株核苷酸序列同源性分别为99.8%～100%、96.4%～100%和99.7%～100%,氨基酸同源性分别为98.5%～100%、98.7%～100%和99.5%～100%。结论 3株人源S.suis 2湖南株cps2J、gdh、ef基因序列与国内外S.suis 2菌株相应基因序列同源性高,变异程度小。
- 欧新华张如胜苏良杨柳青肖姗姚栋宋克云孙边成
- 关键词：猪链球菌2型进化分析
