陈志义
- 作品数：10 被引量：42H指数：4
- 供职机构：中国科学院自动化研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 遗传密码的简并及其高维空间的拓扑结构被引量：15
- 1999年
- 根据遗传密码子的简并度(对称性),可将64个遗传密码子分为高简并度和低简并度两大类。高简并度的氨基酸,其分子量一般比较小,等电点(pI值)的分布比较集中,而低简并度氨基酸的情况恰好相反。根据UCAG编码的简并度分析,得出4个碱基的二进制编码为:C(00),U(01),A(10)。应用碱基二进制码对20个氨基酸及终止密码进行编码,可得出十分规律和优美的六维空间。并由此得出遗传密码子的拓扑连通性λλ简并法则:“除丝氨酸密码子分成两个分离的子空间之外,其余全部氨基酸密码子和终止密码子都通过λλ平面简并,组成独立的、单一的连通子空间。”
- 陈惟昌陈志华陈志义王自强
- 关键词：遗传密码高维空间拓扑结构二进制码
- 生物神经网络特性与高维状态空间的信息编码
- 陈惟昌陈志义
- 关键词：生物信息论信息编码神经科学神经网络
- 遗传密码格式的组合编码数分析
- 2002年
- 用N个密码子对m个编码对象进行编码的编码格式是m元N维空间中的一个顶点。64个密码子对20种氨基酸和终止密码子进行编码格式的组合编码数是一个十分巨大的数字。对多元高维编码空间的拓扑特性进行了分析和研究 ,并由此推导出m -N空间的特性三角的排列方式以及给出特性三角公式的数学证明。指出 ,目前的遗传密码的编码格式是21元64维编码空间的一个顶点。应用组合数学分析的方法 ,计算了遗传密码格式的最大组合编码数CM =4.19×1084 ,基因组遗传密码的组合编码数CG =1.13×1080 以及线粒体遗传密码的组合编码数CT =1.38×1079 等。分析结果表明 ,遗传密码的指定是一个小概率事件 。
- 陈惟昌陈志义陈志华王自强
- 遗传密码和DNA序列的高维空间数字编码被引量：23
- 2000年
- 二进制数字化编码是信息科学最基本的编码方式。用0(00)、1(01)、2(10)和3(11)4个数码对4种碱基(C、T、A、G)进行二进制数字编码 ,共有24种可能的编码组合 ,其中8种满足碱基互补法则 ,它们是拓扑等价的。按碱基分子量大小排列的编码格式 :0123/CTAG是最理想的编码格式。用二进制数对DNA的字符序列进行编码 ,有以下优点 :1)压缩信息冗余度 ,提高编码效率 ;2)可以对碱基的结构、功能基团、碱基互补、氢键强弱等性质进行编码 ;3)DNA序列的数字编码具有严格的大小顺序 ,即具有全序性质 ;4)DNA数字编码的对称性程度 ,与遗传密码简并度的对称性一致 ,并可得出氨基酸遗传密码的高维空间连通性简并法则 ;5)可以方便求出任意碱基重复单元的重复系列的数字编码法则 ;6)根据高维空间汉明编码距离的定义 ,可以确定任意多个DNA序列之间的信息距离和它们的交空间和并空间 ,对DNA序列生物信息学的分析研究有重要意义 ;7)DNA序列的数字编码可以方便进行各种数学运算和逻辑运算 ,对促进DNA生物计算机的发展 ,可有重大推动作用。
- 陈惟昌陈志华陈志义王自强邱红霞
- 关键词：DNA序列遗传密码高维空间
- 大脑神经网络的高维信息编码空间
- 1994年
- 神经生物学研究的主要目标是探索大脑的工作原理,阐明意识与思维活动的奥秘,并为研制新型智能化的神经计算机提供生物学的原型和新的启示。但有关生物神经网络信息存储的载体和信息的编码方式,一直是神经生物学中悬而未决的难题。在分析人脑海马学习记忆神经网络的特征之后,笔者提出苔状纤维突触集群是生物神经网络信息存储的主要载体。并在人工神经网络理论的启示下,笔者提出大脑神经网络信息存储的双重编码理论。
- 陈惟昌陈志义
- 关键词：神经网络信息编码高维空间
- 全文增补中
- 海马神经元突触构筑的计算机图象分析被引量：4
- 1993年
- 用POLYSCAN图象处理与分析系统对家兔海马神经元的突触构筑进行了定量分析。结果表明:1.CA_1区锥体神经元的主干树突呈分段式三维规则点阵排列,与Hopfield神经计算机网络的结构十分相似。(2).海马CA_3区的苔状纤维突触小球是一种特殊的多突触结构,每一个苔状纤维突触小球可具有几个到10几个轴-棘突触。多突触结构的神经网络称为高阶神经网络,具有十分复杂的联想记忆功能。本文还对CA_1主干树突和苔状纤维突触小球结构的机能意义及其与神经信息的编码与存储机理,进行了讨论。
- 徐公美陈惟昌王石麟陈子馨郭惟陈志义
- 关键词：信息存储神经网络海马
- DNA序列高维空间数字编码的运算法则被引量：5
- 2001年
- DNA序列的高维空间二进制数字编码 ,除可以对DNA序列的碱基结构、功能基团、碱基互补、氢键强弱等性质进行编码之外 ,还可以方便地进行数学运算和逻辑运算。DNA序列高维空间数字编码的运算法则是 :(1)根据DNA序列数码的奇偶性质 ,可以推导出其与末位碱基的对应关系。当DNA序列S的数值X(S)=4n ,4n +1 ,4n +2 ,4n +3时 ,其末位碱基依次为C ,T ,A ,G ,(n=0 ,1 ,2 ,…)。(2)提出DNA序列高维空间的表观维数Nv,数值维数Nx 及差异维数Nd 的概念。当Nd =0时 ,首位碱基为A或G ,当Nd =2n或2n +1(n=1 ,2 ,…)时 ,首位碱基为(C)n 或(C)nT。(3)推导出DNA序列点突变(单核苷酸多态性SNP)的运算法则。(4)推导出DNA重复序列(Tandemrepeat)的运算法则。(5)提出DNA子序列(subsequence)的概念并定义DNA子序列的定值部Xi(digitalvalue)和定位部Qi(locationvalue)及其计算公式。(6)推导出DNA序列的延长运算、删除运算、缺失运算、插入运算、转位运算、换位运算和置换运算等的运算法则。(7)通过按位加运算求得DNA序列的汉明距离dh,碱基距离dh′ ,基团距离dh″和共轭距离dG 以及这些距离的意义与联系。(8)分析结果表明DNA序列的数字编码比常规的字符编码在数学运算上具有明显的优越性。
- 陈惟昌陈志义陈志华王自强邱红霞
- 关键词：奇偶数单核苷酸多态性高维空间表达序列标签
- 基于宏特征的机器人自定位研究
- 胡占义蒋田仔吴福朝陈志义
- 该项目对图像宏特征的提取、图像宏特征与环境模型的匹配和机器人方位的误差分析进行了深入的研究。提出了参数空间分解法，比较了多种几何基元提取方法，研究了直线和圆的一般参数化形式，研究了禁区搜索算法在特征提取中的应用。发现了机...
- 关键词：
- 关键词：机器人自定位特征提取
- DNA序列的“双符三阶”图形编码被引量：4
- 2003年
- DNA的图形编码是在几何意义下,在不同位置,用不同的标记符号及不同的方向线段,对DNA的序列进行编码。DNA图形编码相对于DNA的字符编码而言,具有直观、简明、形象和便于比较局部DNA序列的相似性等特点。在分析已知各类DNA的图形表示模式的基础上,提出一种DNA序列的“双符三阶”图形编码,并以此对一些特异DNA编码序列进行分析。DNA图形编码与DNA字符编码呈一一对应关系,具有简便易行、编译方便、形象丰富、便于比较等优点。适用于DNA短序列的相似性检测与分析,在生物信息学上有一定的应用前景。
- 陈志华陈惟昌陈志义王自强房青李红艳
- 关键词：DNA序列字符编码
- 生物神经元网络特征的分析
- 陈惟昌陈志义
- 关键词：神经网络神经元生物学
