陶玉敏
- 作品数：7 被引量：23H指数：2
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- 基因组重排问题的反转排序算法
- 基因组重排问题中的反转排序(Sorting by reversals)是研究基因组进化的一种重要模式,因而成为计算分子生物学中被广泛研究的一个重要问题.该问题分为两类:基因有方向的基因组重排的反转排序问题和基因无方向的基...
- 陶玉敏
- 关键词：基因组重排遗传模拟退火算法
- 文献传递
- 预测RNA二级结构的一种遗传模拟退火算法被引量：15
- 2004年
- 讨论了RNA二级结构的预测问题,首先提出一种用树表示RNA二级结构的方法,然后给出一种用于预测RNA二级结构的混合遗传算法———遗传模拟退火算法.在该算法中,个体(RNA二级结构)直接用茎序列编码,与个体用二进制串编码的同类型算法相比,在很大程度上缩短了个体的编码长度.计算结果表明该预测算法具有较高的精度.
- 任清华莫忠息陶玉敏
- 关键词：RNA二级结构遗传算法模拟退火算法
- 无向反转排序问题的遗传模拟退火求解
- 2009年
- 在推断两个基因组的进化关系上反转排序是一个重要问题。无向排列排序问题已被证明是一个NP-困难问题,目前,最好的算法是3/2-近似算法。基于一个无向排列π的反转距离等于由π所生成的包含2n个有向排列集Sign(π)中最优排列的反转距离,给出应用遗传模拟退火算法计算基因组重排的反转距离的方法。实验结果显示,这个方法优于3/2-近似算法。
- 陶玉敏
- 关键词：基因组重排遗传模拟退火算法
- 基于免疫遗传算法的多重序列比对被引量：7
- 2004年
- 提出一种基于免疫遗传算法的多重序列比对的方法,它将一种免疫算子加入到遗传算法的框架中,通过对个体接种疫苗来进一步提升个体的存活能力.实验结果表明,该方法可以加快收敛速度,并能求出比遗传算法更优的解.
- 李素贞莫忠息张轩陶玉敏
- 关键词：免疫遗传算法生物信息学数学模型
- 用模拟退火算法求解无向排列的反转排序问题
- 2004年
- 分子生物学中基因无方向的反转基因组重排问题在数学上已被证明是一个NP-难问题.目前,较好的算法是Christie(2001)的3/2-近似算法.本文给出一种适合于计算基因无方向的反转基因组重排问题的模拟退火算法,定义了解的邻域结构.数据实验的结果表明该算法性能优于3/2-近似算法.
- 陶玉敏曾涛莫舒园石艳霞
- 关键词：基因组重排模拟退火算法
- 基因组重排问题的一个近似算法被引量：1
- 2003年
- 分子生物学中基因无方向的反向基因组重排问题在数学上已被证明是一个NP困难问题.基于断点图的概念,给出一个时间复杂性为O(max{b3(π),nb(π)}),空间复杂性为O(n)的求其近似最优解的算法.其中n为基因组中基因个数,π=(π1,π2,…,πn)表示n个基因的一种排列,b(π)表示排列π中的断点数.数据实验的结果表明,该近似算法可以求得较好的结果.
- 陶玉敏莫忠息刘扬任清华李素贞
- 关键词：分子生物学最优解分枝定界算法
- 基于免疫算法的无向排列的反转排序问题
- 2005年
- 提出一种基于免疫算法的无向排列的反转排序的方法,将一种免疫算子加入到遗传算法的框架中,通过对个体接种疫苗来进一步提升个体的存活能力。数据实验的结果表明,该算法性能优于Christe提出的3/2 近似算法。
- 陶玉敏
- 关键词：基因组重排免疫算法
