鹿文英
- 作品数：14 被引量：90H指数：8
- 供职机构：第二军医大学更多>>
- 发文基金：上海市自然科学基金国家自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒基质蛋白及核蛋白基因进化分析被引量：8
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)基质蛋白(M)及核蛋白(NP)基因的进化规律。方法:从NCBI数据库下载147条甲型H1N1流感病毒M基因及NP基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对M基因和NP基因序列进行比对,并用NJ法构建进化树,同时采用EpiInfo软件分析1918～2009年人H1N1病毒的M基因和NP基因序列进化距离的线性趋势。采用MEGA4.0软件对M2蛋白氨基酸序列进行比对。结果:不同地区的2009年新型甲型H1N1流感病毒M基因、NP基因同源性高,但与历史上流行的H1N1流感病毒M基因、NP基因差异较大,且M基因进化距离随分离年限变化的趋势性检验结果有统计学意义(Ptrend=0.001)。2009年新型甲型A/H1N1流感病毒M2蛋白与1918～2008年人A/H1N1病毒M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示在第11、43、54、57、77、78氨基酸位点发生了改变;与猪、禽A/H1N1的M2蛋白氨基酸序列进行比对,结果显示仅在第43、77位氨基酸位点发生改变。结论:2009年新型甲型A/H1N1流感病毒NP基因片段较以往流行的人H1N1流感病毒NP基因发生了改变;M2蛋白位于胞外编码区的第11位氨基酸、位于TM结构域的第43位氨基酸突变可能导致了新型甲型A/H1N1流感病毒对金刚烷胺类特异性抗病毒药物产生耐药。
- 韩一芳谢佳新殷建华李淑华张宏伟韩磊鹿文英曹广文
- 关键词：M基因NP基因进化
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒非结构蛋白基因进化分析被引量：5
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒的非结构蛋白(NS)基因进化规律。方法:从NCBI下载2009年新型甲型H1N1流感病毒以及北美、欧洲、亚洲地区以往流行的甲型H1N1流感病毒NS基因序列,利用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对所选序列进行基因进化分析,并用NJ法构建进化树;对2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因核苷酸序列同源性及编码蛋白氨基酸序列进行分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,与2005～2007年猪A/H1N1流感病毒具有较高的同源性(97.5%～97.6%),与1930～2007年猪A/H1N1流感病毒具有明显的时间进化关系;其重要抗原及拮抗宿主抗病毒能力的氨基酸位点基本没有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,NS基因编码蛋白拮抗宿主抗病毒能力并没有改变。
- 李淑华韩一芳苏彤鹿文英曹广文
- 关键词：非结构蛋白进化
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶编码基因进化分析被引量：9
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)聚合酶PA、PB1和PB2编码基因的进化规律。方法:从NCBI流感病毒基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流行株的PA、PB1和PB2聚合酶编码基因序列以及人、猪和禽流感病毒相应的参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件比对和修剪此次流行株的代表序列及所有参考株序列并构建系统树,再比对和修剪此次流行株的代表序列及人A/H1N1病毒各年代(1918～2008年)参考序列并构建系统树,同时比对此次流行株的代表序列及人A/H1N1各年代(1918～2008年)参考序列编码PB2蛋白的氨基酸序列。结果:不同地区分离的2009年新型甲型H1N1流感病毒的聚合酶PA、PB1和PB2编码基因均具有高度同源性,并聚集在一个独特的进化支上,与猪流感病毒对应基因接近。三者均与2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒基因(A/Iowa/CEID23/2005/H1N1)具有高度的相似性。2009年新型甲型H1N1流感病毒、2005年美国爱荷华州流行的H1N1(DQ889682)病毒PB2蛋白第627位氨基酸与禽类流感病毒相同,均为谷氨酸,而与其他人A/H1N1(1918～2008年)病毒的赖氨酸不同。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶基因可能来源于2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒,禽流感病毒可能参与了聚合酶基因的重排过程。
- 韩磊殷建华谢佳新李淑华韩一芳鹿文英苏彤曹广文
- 关键词：基因重排
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析被引量：18
- 2009年
- 目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒(A/H1N1)全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对8条基因序列进行拼接和比对,分析2009年爆发株与历史流行株序列间的同源性;同时采用Simplot3.5.1软件分析新型流感病毒A/H1N1基因重组现象。结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymerase B1,PB1)基因来自于人H3N2,其同源性为93.7%;聚合酶B2(polymerase B2,PB2)和聚合酶A(polymerase A,PA)与禽H5N1同源性较高,同源性分别为89.0%、89.9%;血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structural protein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%;神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrixprotein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为90.5%、95.5%。全基因序列同源性分析发现2009年新型A/H1N1病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为83.9%。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒可能是人H3N2、北美地区猪H1N1、欧洲地区猪H1N1、禽H5N1的基因重排病毒。
- 殷建华谢佳新韩磊鹿文英韩一芳张宏伟曹广文
- 关键词：病毒基因组进化
- 乙肝病毒标准序列的建立及突变位点与乙肝相关肝病的关联分析
- 乙型肝炎病毒（HBV）慢性感染是肝细胞癌（HCC）的主要危险因素。流行病学研究也提供了大量的数据证明HBV感染与HCC有因果关联。自从PCR技术扩增病毒DNA面世后，对HBV基因组序列异质性及其在发病机制和病毒蛋白表达作...
- 鹿文英
- 关键词：乙肝病毒基因型基因变异
- 文献传递
- JAK／STAT信号通路中关键分子基因多态性与肝细胞癌易感性的关系被引量：8
- 2012年
- 目的探讨宿主JAK／STAT信号通路中关键分子基因多态性与肝细胞癌（HCC）易感性的关系。方法采用病例对照研究，用质谱法对367例诊断明确的HBsAg阳性HCC患者（HCC组）和性别、年龄匹配的367例对照的IL-6（rs1800796，-572C〉G）、STAT3（rs744166，426312T〉C；rs3816769，＋42240T〉C；rs6503695，＋40980T〉C）、EGFR（rs11543848，＋142530A〉G）、mTOR（rs7211818，＋170278A〉G；rs9674559，＋196983A〉G；rs11653499，＋65678G〉A）进行多态性检测。单因素分析确定各位点多态性比值比（OR）和95％可信区问（凹）。结果IL-6、STAT3、EGFR、mTOR的8个多态性位点各基因型在HCC组和对照组中分布的差异无统计学意义（P〉0．05）。按性别分层后，在女性中，与TT基因型相比，携带STAT3＋26312CC、＋42240CC、十40980CC基因型个体患HCC的危险陛降低（OR=0．192，95％CI=0．047～0．784；OR=0．180，95％CI：0．045～0．725；OR=0．198，95％CI：0．049～0．806）。与AA基因型相比，EGFR＋142530（AG＋GG）基因型降低女性患HCC的风险（OR=0．422，95％CI：0．179-0．994）。结论IL-6（rs1800796）、mTOR（rs7211818，rs9674559，rs11653499）多态性与HCC易感性无关；女性携带STAT3（rs744166，rs3816769，rs6503695）CC基因型及EGFR（rs11543848）（AG＋GG）的个体患HCC的风险降低，但还需更大样本验证。
- 谢佳新殷建华张琪蒲蕊张玉伟鹿文英曹广文
- 关键词：肝细胞癌JAK/STAT信号通路单核苷酸多态性
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析被引量：24
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲(A)型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976～2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。
- 谢佳新殷建华李淑华鹿文英韩一芳韩磊张宏伟曹广文
- 关键词：血凝素基因进化基因重排
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析被引量：20
- 2009年
- 目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况。方法:从NCBI基因库检索获得43株不同年代不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒与禽H5N1流感病毒NA基因的同源性达到85%,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守,但糖基化位点有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA基因可能来源于禽H5N1流感病毒;神经氨酸酶抑制剂治疗有效。
- 苏彤李淑华常文军刘世建鹿文英韩一芳曹广文
- 关键词：神经氨酸酶进化
- 2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析及同源性比对被引量：8
- 2009年
- 目的分析2009年新型甲型H1N1流感爆发以来流感病毒的全基因组进化变异及重组情况。方法从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流感病毒(A/H1N1)代表性全基因组序列,先用MEGA4.0软件对8个基因序列片段进行比对和拼接;然后将历史上流行的H1N1、H5N1、H3N2等不同宿主(人、禽、猪)的流感病毒全基因组序列用MEGA做比对拼接,并用NJ法构建进化树。采用Simplot 3.5.1软件分析2009年新型甲型H1N1流感病毒基因重组情况。结果自2009年3月爆发新型甲型H1N1流感以来,截至9月,病毒基因没有出现变异,同源性为99.69%～99.93%。基因重组分析显示,新型甲型H1N1病毒株PB2、PB1、PA、HA、NP和NS基因来源于近年来北美地区猪源人H1N1,同源性分别为95.25%,95.08%,95.21%,93.52%,95.23%,94.78%;NA和MP与欧洲地区猪H1N1同源性较高,分别为90.21%,94.43%。全基因序列同源性分析发现2009年新型甲型H1N1流感病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为92.22%。结论2009年新型甲型H1N1流感病毒是由2005年北美地区猪H1N1病毒与欧洲猪H1N1的NA和MP片段重排进化而成,新病毒暂未发生变异,H1N1新流感疫苗具有保护作用。
- 鹿文英殷建华李淑华韩磊韩一芳苏彤曹广文
- 关键词：流感流感病毒A型H1N1亚型进化分子
- 利用环介导等温扩增技术检测西尼罗病毒被引量：4
- 2010年
- 目的建立一种早期快速检测西尼罗病毒的方法。方法以人工合成西尼罗病毒基因(1021～1240,NY99)作为模板,利用环介导等温扩增技术(LAMP)原理,设计合成3套6对引物,特异性识别人工合成西尼罗病毒基因的8个位点,在恒温63℃60min条件下扩增,80℃2min终止反应,通过real-timePCR仪实时监测反应过程,最终产物经凝胶电泳观察。同时将该方法的灵敏度及特异性与常规PCR进行比较。结果 LAMP反应在20min内即可完成,最终产物经电泳观察可见大小片段不等的呈梯度扩增条带,而同为黄病毒属的登革热病毒、流行性乙型脑炎病毒及阴性对照等均无扩增。灵敏性是常规PCR的10倍,可以检测到9.23copies/μl的病毒。结论该方法具有灵敏、特异、快速、简便、成本低等优点,适合基层和现场检测使用,对西尼罗病的早期诊断和流行病学筛查具有重要意义。
- 李淑华鹿文英曹广文
- 关键词：西尼罗病毒环介导等温扩增聚合酶链反应
