鲤科鱼类在东亚分布广泛且数量丰富,在物种演化上具有重要的系统发育地位.本研究基于S6K1基因5′端功能调控序列,通过PCR扩增、克隆和测序,共获得30种鱼类S6K1前端部分DNA序列(外显子1,外显子2及内含子1),对序列变异进行分析,并采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(Bayesian)重建鲤科鱼类系统发育关系.亚口鱼科的胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)作为外类群,通过4种方法所得系统发育分支图大致相同,均以较高的节点支持率支持雅罗鱼系和鲃系的划分,雅罗鱼系包括雅罗鱼亚科东亚类群(East Asian group in Leuciscinae)、鲢亚科(Hypophthalmichthyinae)、鲴亚科(Xenocyprinae)、鲌亚科(Cultrinae)、亚科(Gobioninae)、鳑鲏亚科(Acheilognathinae)和亚科(Danioninae)部分种类;系统分支图也以较高的节点支持率支持鲤科鱼类东亚类群形成单系群.鲃系包括裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)、鲃亚科(Barbinae)、鲤亚科(Cyprininae)和野鲮亚科(Labeoninae);另外,亚科中的斑马鱼(Danio rerio),麦氏(Danio myersi)和三线波鱼(Rasbora trilineata)形成一个单系群,位于系统树基部.以内含子1中大片段的插入或缺失(Indel)对物种分化及亲缘关系进行分析,以帮助理解鲤科鱼类系统发育关系或争议物种之间的亲缘关系.结果显示,内含子1中大片段的插入或缺失与物种分化具有一定的相关性,对于理解系统发育关系具有补充作用;内含子1中有许多区域较为保守,可能与功能调控有关,但本研究中并未发现S6K1序列变异与鱼类物种特征尺寸之间具有对应关系.
金线鲃属分布于中国云贵高原及周边地区,包括10多种适应于洞穴生活、具有不同程度眼睛和色素退化的典型洞穴鱼类.迄今为止,金线鲃属的系统发育关系还存在很大争议.我们获得了34种金线鲃属鱼类及外类群的细胞色素b和ND4基因序列,用贝叶斯联合模型分析数据,重建了金线鲃属的系统发育关系;并用松散分子钟估算了本属及内部分支的起源时间.金线鲃属的单系性得到强烈的支持,本属可分为6个分支.此外,本研究结果还支持洞穴物种的多系起源假说以及季氏金线鲃(Sinocyclocheilus jii)的基部位置.松散分子钟估算表明,金线鲃属起源于晚中新世,在11百万年前(million years ago,Ma)左右,比以前设想的要古老.
