姚晨
- 作品数：11 被引量：10H指数：2
- 供职机构：电子科技大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金黑龙江省杰出青年科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 高纬数据流的异常检测
- 随着计算机技术的高速发展和网络应用的广泛普及和深入，对数据采集处理的方式也有巨大的变化，从传统的单一关系数据库分析处理逐渐发展为传输数据量巨大，接受速率极高，实时性很强的数据流技术。传统的数据库处理技术不能及时有效的处理...
- 姚晨
- 关键词：异常检测参数整定
- 文献传递
- 根据蛋白质互作网络预测前列腺癌相关蛋白质的细致功能
- 2008年
- 对于功能部分已知的前列腺癌相关蛋白质,提出了一种基于Gene Ontology的功能特异的子网构建方法来细化其功能注释。结果显示该方法能够以很高的精确率为前列腺癌相关蛋白质预测更为精细的功能。预测的相关蛋白质的功能对于指导实验研究前列腺癌的分子机制具有重要的价值。
- 李彦辉马文财郭政龚雪张敏姚晨王靖
- 关键词：前列腺癌蛋白质功能蛋白质互作网络GENEONTOLOGY
- 前列腺癌多阶段相关枢纽蛋白的差异共表达模式
- 2011年
- 通过枢纽蛋白与其互作邻居之间的共表达关系在从前列腺正常组织到原位癌及原位癌到转移的两个发展阶段的变化,寻找在前列腺癌发生和发展过程中动态改变的枢纽蛋白,为探讨前列腺癌的发病与转移机理提供线索。基于前列腺正常组织、原位癌与癌转移后组织的基因表达谱数据,在前列腺癌的两个发展阶段分别检测到1578和2347个动态改变的枢纽蛋白。平均超过95%的在一个发展阶段动态改变的枢纽蛋白与在另一发展阶段动态改变的枢纽蛋白中的至少一个蛋白共享显著多的互作邻居。另外,两组动态改变的枢纽蛋白中有780个交叠蛋白,其中大约50%的蛋白与其互作邻居之间的共表达关系在两个发展阶段的强弱变化方向相反。结果提示,在前列腺癌的发生和发展过程中,动态改变的枢纽蛋白影响的功能通路高度一致,但是它们与其互作邻居之间有着不同的共表达模式。
- 周成贵姚晨李红东郭政
- 关键词：共表达前列腺癌
- 利用癌功能类从癌基因组突变谱中识别癌基因
- 2008年
- 从大规模癌样本基因突变扫查数据中识别癌基因具有重要的意义.一些重要功能的改变对于癌的发生发展是必需的,因此将它们定义为癌功能类,并从GO(Gene Ontology)中选择一组显著富集已知癌基因的细致功能类来代表它们.为了评价以癌相关功能类作为特征识别癌基因的效果,将已知的蛋白激酶癌基因定义为阳性金标准,而将其他的蛋白激酶基因定义为阴性金标准.结果表明,与利用选择压力作为特征的方法比较,利用癌相关功能类作为特征的方法可以更有效地识别癌基因.进一步结合癌相关功能类与基因非同义突变个数可以产生更可靠的预测结果.最后,将46个注释到癌相关功能类并且其非同义突变个数至少为3的蛋白激酶基因预测为癌基因,预测精确率达到0.42.
- 李彦辉郭政彭春芳刘庆马文财王靖姚晨张敏朱晶
- 关键词：突变谱癌基因GENEONTOLOGY蛋白质功能
- 全基因组DNA甲基化芯片数据批次效应的评价被引量：1
- 2011年
- DNA甲基化芯片已广泛应用于癌症研究。但是有研究表明批次效应对基于高通量数据的研究有很大影响。癌症基因组计划(TCGA)数据库包含大量的不同批次的高通量甲基化数据。通过分析TCGA中7种癌症的数据,发现批次效应在各种类型的癌症数据中都广泛存在,可能会导致错误的生物学分析结论。最后,建议用一个简单的方法来避免批次效应。
- 姚晨李红东郭政
- 基于高通量数据筛选癌相关生物标记的可重复性研究
- 基因芯片等高通量检测技术对癌症等复杂疾病的研究产生了巨大影响。根据基因表达谱与蛋白质相互作用等高通量数据，采用数据挖掘技术寻找癌症的生物标记对了解疾病机制、预测疾病风险有重要的意义。然而，对同一种癌症的研究，由不同的实验...
- 姚晨
- 关键词：癌症生物标记功能模块数据筛选基因芯片
- 肾细胞癌DNA甲基化标记检测的重复性及其与基因表达改变的相关性被引量：1
- 2011年
- DNA甲基化是影响基因表达的重要因素之一。DNA甲基化芯片已广泛应用于寻找癌症的标志物,但是目前还没有研究对这些标志物的重复性进行评价。另外,DNA甲基化对基因表达的影响也存在争议。在本文中,通过分析肾细胞癌的两套甲基化数据,发现它们的差异甲基化基因的方向高度的一致,证明通过甲基化芯片获得的甲基化标记有很高的重复性。进一步分析甲基化基因对应的表达改变,发现肾细胞癌中高甲基化的基因显著影响表达下调,而低甲基化的基因与表达改变无显著关系。最后,通过功能分析,找到了三个同时发生甲基化和表达改变的通路。针对这些通路研究DNA甲基化抑制剂,可能有助于肾细胞癌的靶向治疗。
- 姚晨李红东郭政
- 关键词：肾细胞癌DNA甲基化
- 采用基于Gene Ontology的聚类方法研究白血病的遗传异质性被引量：3
- 2008年
- 采用基因表达谱可以研究基因功能模块与疾病异质性之间的关系。根据两套白血病基因表达谱数据,将富集高变异基因的Gene Ontology基因功能模块作为特征功能模块,将疾病样本聚为两类。通过对比原始多类标签,采用聚类评估指标来分析两类化聚类结果的效果,并探讨特征功能模块与疾病异质性之间的关系。实验结果显示:在两套不同的白血病基因表达谱数据中得到的特征功能模块类似,它们对白血病亚型有较强的分型能力。
- 肖国华李永进郭政彭春方王栋朱晶杨达姚晨王靖
- 关键词：基因表达谱GENEONTOLOGY遗传异质性
- 差异表达基因的重复性
- 对同一种疾病的研究,不同课题组运用基因芯片技术得到的差异基因列表通常非常不一致。这引起了人们对基因芯片可靠性的质疑。最近在自然杂志上发表的文章显示,用fold change对基因排秩比起常用的t检验有更高的重复性。然而这...
- 姚晨
- 关键词：基因芯片差异基因疾病分类复杂疾病
- 可识别多种癌症的基因功能模块被引量：2
- 2009年
- 在应用基因芯片技术研究包括癌症在内的多因素疾病时,筛选差异表达基因是最重要的问题之一.然而,目前基因芯片研究的样本量较小,不能完全反映在癌症中广泛的基因表达改变的特点,导致基于统计学方法筛选的差异表达基因在不同的研究中的重复性很低.本文通过分析7套癌症数据,发现每种癌症中都有大范围的功能模块发生了基因表达的改变,因此这些模块有很强的疾病识别能力.其中7个功能模块能够有效识别多种癌症的疾病样本,提示在不同癌症的发生与发展过程中存在着共同的基因表达改变机制.因此,功能模块可以作为疾病的功能性的标记来取代在基因芯片应用中难以重复发现的单个基因,用于研究癌症的核心机制和建立更稳定的诊断分类器.
- 姚晨张敏邹金凤李红东王栋朱晶郭政
- 关键词：差异表达基因功能模块癌症
