廖堃
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：华中科技大学更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金国家自然科学基金国家科技基础条件平台建设计划更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 人类基因PolyA位点预测
- 2008年
- mRNA 3′端的多聚腺苷酸化是真核细胞内mRNA转录后处理的三个最主要步骤之一.对DNA序列上发生多聚腺苷酸化的位置即PolyA位点的识别,对于理解mRNA的形成机制以及进行基因结构预测具有重要作用.本研究利用机器学习方法对PolyA位点进行预测,其实现过程分为以下三个步骤:特征的生成、特征的筛选、特征的综合分析聚类.首先,我们采取统计k阶核苷酸频率的方法来生成初始的特征;然后,通过信息学知识来对特征进行筛选;最后,使用SVM(Support Vector Machines,支持向量机)的方法进行特征的综合分析,确定参数,建立预测模型.在独立的测试数据集上进行测试,当敏感度(Sn)固定为60%时,在内含子水平和外显子水平上的特异性(Sp)分别为71.67%和80.77%,在内含子水平上的预测精度明显优于国际上的同类软件.
- 廖堃段江波周艳红
- 关键词：支持向量机
- 基于序列特征的疾病基因预测
- 定位候选策略是目前发现疾病基因的主要方法,其关键问题之一是如何对采用连锁分析等方法定位的疾病区间中数以百计的候选基因进行致病风险评估。有效解决这一问题对于缩短疾病基因发现周期、减少花费等都具有重要意义。越来越多的疾病基因...
- 廖堃
- 关键词：疾病基因支持向量机主成分分析后验概率
- 文献传递
