曾爽
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：南方医科大学生物技术学院生物治疗研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金广东省大学生创新实验项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Catalase模拟表位
- 2012年
- 目的利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Catalase蛋白模拟表位的性质，并与手工比对结果进行比较。方法将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的5个Catalase模拟表位输入Mimox网站，参数设定为默认值，进行模拟表位的比对，寻找共同序列并分析其性质。结果从ClustalW界面比对结果看，氨基酸P、T、S、L、A出现频率较高，通过统计学的方法推导出的共同序列为-[HST]X[DST]FRPXA[TNQ][LV][Fw]T-，其中氨基酸P（80％）和A（60％）的出现频率较高。通过JalView界面推导出的共同序列为-H—DFRP—AT—T-，保守性上氨基酸T（分值8）、P（分值6）、D（分值5）比较高；特性上氨基酸T（分值2．4595077）、P（分值2．235784）、R（分值2．1615076）比较高；共同性（consensus）上氨基酸P（80％）、A（60％）、T（60％）比较高，与先前手工比对得出的结论基本相符。结论结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对模拟表位进行分析，可以获得较全面的表位信息。
- 李妍曾爽宁云山
- 关键词：模拟表位幽门螺杆菌CATALASE
- 基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位
- 2013年
- 目的利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位的性质。方法将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的6个Lpp20模拟表位输入Mimox网站,参数设为默认值,进行模拟表位的比对,寻找其共同序列并分析其性质。结果从ClustalW界面比对结果看,氨基酸D、A、S、G、L在模拟表位中出现的频率较高。通过统计学的方法推导出的共同序列为-[-W][PST][LDE]H[SDE][DM]ASG-[LT][YFW][-R]-,第2位置氨基酸W(50%),第7位置氨基酸D(67%),第8位置氨基酸A(50%),第9位置氨基酸S(50%),第12位置氨基酸L(50%)的出现频率较高。通过JalView界面推导出的共同序列为-WPLHSDASG-LYR-,保守性上第6位置S(分值6)、第7位置D(分值5)、第12位置L(分值5)比较高;特异性上第6位置S(分值2.067 059)、第12位置L(分值2.529 612)、第10位置G(分值1.805 491 4)、第3位置P(分值1.761 471 6)比较高;共同性上第7位置D(66%)、第8位置A(50%)、第9位置S(50%)、第10位置G(66%)比较高。结论结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对抗原模拟表位进行分析并获得较全面的表位信息,为进一步确定抗原表位及研制新型表位疫苗奠定基础。
- 李妍温月媚曾爽陈中标陈艳宁云山
- 关键词：模拟肽幽门螺杆菌LPP20
