沈晓静
- 作品数：11 被引量：63H指数：5
- 供职机构：江苏师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省“青蓝工程”基金江苏省普通高校研究生科研创新计划项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 嗜水气单胞菌粘附素和外膜蛋白A基因克隆与结构预测被引量：5
- 2014年
- 采用PCR方法扩增嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）外膜蛋白相关基因,即粘附素（Aha）、外膜蛋白A（OmpA）基因全长序列,进行DNA测序及生物信息学分析。结果表明：Aha基因长1 314 bp,推导编码355 aa,5～24 aa区域为跨膜螺旋,26～355 aa区域为革兰氏阴性菌孔蛋白结构域（PF00267）,Aha蛋白三级结构与模板（PDB：1PHO_A）相似性达28.21%;OmpA基因长1 102 bp,推导编码338 aa,含有OmpA跨膜结构域（PF01389）和OmpA结构域（PF00691）,预测OmpA蛋白抗原表位位于64～69 aa、160～171 aa、244～249 aa、259～274 aa和295～301 aa区域,OmpA蛋白三级结构OmpA跨膜结构域和OmpA结构域与模板（PDB：1BXW_A,PDB：4ERH_A）相似性分别为27.45%和57.58%;进一步采用拉马钱德兰图（Ramachandran plot）检测分析,与Aha、OmpA基因蛋白三级结构预测结果一致。本研究有助于理解嗜水气单胞菌致病的分子机制,为鱼类疾病防治及疫苗应用提供科学参考。
- 李雪胡秀彩兰云沈晓静朱爱华吕爱军
- 关键词：嗜水气单胞菌粘附素外膜蛋白
- 鲫皮肤蛋白质组双向电泳与部分蛋白点的质谱鉴定
- 2016年
- 为了建立鱼类皮肤蛋白质组双向电泳图谱及质谱鉴定,以鲫为实验动物,采用蛋白双向电泳（2-DE）结合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF/TOF-MS）技术,进行鲫皮肤的蛋白质组学研究。结果表明,当上样量为800μg,采用18 cm、p H3-10 IPG胶条,等电聚焦80 000 Vh,2-DE图谱检测为214个皮肤蛋白点,匹配率达88%;对其中31个蛋白点进行MS/MS鉴定为22种蛋白,包括肌球蛋白、肌动蛋白、角蛋白、锌指蛋白585B、效应蛋白Rab15、卷曲螺旋结构域蛋白168、NCK1相关蛋白,肌酸激酶、烯醇化酶、丙酮酸脱氢酶、腺苷酸激酶同工酶等;进行蛋白功能聚类（GO）分析发现12种生物学过程,主要参与代谢、细胞、有机体、免疫应答、生物调节和信号等过程。本研究首次初步揭示鲫皮肤蛋白质组及分子机制,以期为鱼类病害的预防和治疗提供科学参考。
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- 关键词：皮肤蛋白质组双向电泳质谱
- 嗜水气单胞菌丝氨酸蛋白酶基因克隆与序列分析被引量：3
- 2014年
- 目的:克隆嗜水气单胞菌丝氨酸蛋白酶(Ahp)基因,进一步分析序列、预测三级结构。方法:设计Ahp基因特异性引物,利用PCR方法扩增基因序列,亚克隆至pMD18-T载体,进行DNA测序及生物信息学分析。结果:获得Ahp基因大小为1 645bp,推导编码548aa,含有天冬氨酸(82-93aa)、组氨酸(123-133aa)和丝氨酸活性位点(342-352aa)。Ahp蛋白三级结构与模板(PDB:3HJR_A)相似性达81.48%,预测60-392aa区域为肽酶S8结构域(PF00082)、480-548aa区域为前蛋白转化酶P结构域(PF01483),其中3个氨基酸活性位点分布于三级结构N端,与拉马钱德兰图检测分析Ahp蛋白的空间结构基本一致。结论:该研究对嗜水气单胞菌Zf1菌株Ahp基因编码蛋白进行结构预测,有助于理解嗜水气单胞菌丝氨酸蛋白酶的作用机理。
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- 关键词：嗜水气单胞菌丝氨酸蛋白酶
- 金鱼类志贺邻单胞菌的分离鉴定及药敏试验被引量：10
- 2015年
- 从患病金鱼肝脏中分离获得一株细菌,编号为ZP-1,通过细菌形态学观察、理化特征、16SrDNA克隆测序以及系统进化树分析等方法进行鉴定。试验结果表明,ZP-1菌株为革兰氏阴性短杆菌,可以发酵葡萄糖、乳糖产酸、还原硝酸盐、产生吲哚等。进一步采用PCR方法扩增ZP-1菌株16SrDNA,将其亚克隆至pMD18-T载体中测序,获得长度为1464bp(登录号:KM458852),与鱼源致病性类志贺邻单胞菌(KC825322)同源性为99.80%,最终确定ZP-1菌株为类志贺邻单胞菌。采用30种抗生素进行药敏试验,ZP-1菌株对头孢噻肟、头孢克肟、头孢孟多、庆大霉素、丁胺卡那霉素、萘啶酸、氯霉素、氧氟沙星等药物敏感。
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- 关键词：金鱼类志贺邻单胞菌药敏试验
- 嗜水气单胞菌转录调控蛋白基因的克隆与序列分析被引量：1
- 2014年
- 根据嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)转录调控蛋白(AhyR)基因序列设计特异性引物,采用PCR方法克隆嗜水气单胞菌Zf1菌株AhyR基因,测序目的基因大小为1 063 bp。对AhyR基因编码蛋白进行生物信息学分析,推导其开放阅读框(ORF)编码260 aa,含有自体诱导物结合域(18-168 aa)、LuxR型螺旋-转角-螺旋(HTH)DNA结合结构域(176-241 aa),以及13个磷酸化位点(15S、30T、62S、144S、145S、156S、161Y、173S、184T、188T、200S、227S、231Y)。AhyR蛋白三级结构与模板(PDB:3SZT_A)相似性达28.40%,结果显示LuxR型螺旋-转角-螺旋结构域主要以α螺旋分布在C端外侧,这与拉马钱德兰图(Ramach andran plot)检测分析AhyR蛋白空间结构基本一致。
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- 关键词：嗜水气单胞菌
- 鲫鱼鳃中迟钝爱德华氏菌的分离与鉴定被引量：7
- 2013年
- 以市售鲫鱼(Carassius auratus)为研究对象,从鳃中分离获得一株细菌,编号为Et-1,通过细菌形态学观察、理化特征鉴定、16S rDNA克隆测序及系统发育进化树构建等方法进行系统鉴定,结果表明Et-1菌株为革兰阴性杆菌,进一步PCR扩增Et-1菌株的16S rDNA序列为1 508 bp;系统进化树分析表明,Et-1菌株与迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)亲缘关系最近,自然聚为一支,序列同源性达98.7%～100%,最终确定Et-1为迟钝爱德华氏菌。
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- 关键词：鲫鱼迟钝爱德华氏菌DNA测序
- 黄喉拟水龟腐皮病病原菌的分离鉴定及药敏试验被引量：6
- 2014年
- 分离鉴定黄喉拟水龟腐皮病致病菌,以了解其致病性和药敏特性。通过形态学观察、生理生化特性、16SrDNA序列扩增及系统发育树分析等方法系统鉴定,并进行动物感染试验、药敏试验。结果从发病黄喉拟水龟体表病灶分离到一株革兰阴性短杆菌,编号为TSM13032菌株,PCR扩增获得16SrDNA序列片段大小为1 482bp(登录号:KF611897),该分离菌与人源类香味菌属(Myroides sp.)参考菌株基因序列同源性达99.92%;系统发育树分析表明,TSM13032菌株与Myroides sp.(登录号:JX966100)亲缘关系最近,自然聚类为一支;动物感染试验表明对稚龟有致病性;对氨苄西林、哌拉西林、头孢哌酮、头孢噻吩、头孢孟多、阿奇霉素、萘啶酸、氯霉素、磺胺异恶唑等9种抗生素高度敏感。初步鉴定该菌为类香味菌属新种(Myroides sp.),首次报道黄喉拟水龟腐皮病病原与类香味菌有关。
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- 关键词：黄喉拟水龟药敏试验
- 嗜水气单胞菌气溶素基因克隆与蛋白结构预测被引量：4
- 2013年
- 目的:对嗜水气单胞菌气溶素(Aer)基因进行克隆、序列分析及蛋白三级结构(3D结构)预测。方法:利用PCR方法扩增嗜水气单胞菌Zf1菌株的Aer基因,进行生物信息学分析。结果:获得Aer基因长1 479bp,推导编码493aa,预测Aer蛋白抗原表位位于44-48、230-236、355-361、370-374和447-459,并含有APT结构域(PF03440)、Aer结构域(PF01117),以及2个高度保守序列SYLAHYLGYAWVGG(140-153)和GFLRWGGNAW(343-352)。Aer蛋白的3D结构与模板(PDB:3G4O_B)相似性达93.79%,其中气溶素生理活性相关亚单位(PS50233)构成Aer的核心区,抗原表位(447-459)位于C端外侧表面,并与拉马钱德兰图检测分析Aer蛋白的空间结构基本一致。结论:对嗜水气单胞Zf1菌株Aer基因编码蛋白分子进行结构和功能分析,有助于理解其致病机理,为进一步验证Aer生物学特性提供科学参考。
- 李雪王艺兰云沈晓静胡秀彩吕爱军
- 关键词：嗜水气单胞菌
- 锦鲤荧光假单胞菌的分离鉴定及药敏试验被引量：16
- 2014年
- 对锦鲤赤皮病病原菌进行分离鉴定,自患病锦鲤心脏、皮肤病变组织中离到1株革兰氏阴性杆菌(KC-1),通过细菌形态学观察、生理生化特征、16SrRNA、gyrB基因克隆测序以及构建发育进化树分析,测序结果获得该菌株的16SrRNA、gyrB基因片段大小分别为1501bp、1215bp,与荧光假单胞菌标准菌株LMG5831的16SrRNA序列同源性为99.87%,系统发育进化树分析显示KC-1菌株与荧光假单胞菌(登录号:GU198110)的亲缘关系最近,自然聚类为一支,最终鉴定KC-1菌株为荧光假单胞菌。药敏试验结果显示,KC-1菌株对庆大霉素、丁胺卡那霉素、乙基西梭霉素、诺氟沙星、氧氟沙星、哌拉西林、头孢哌酮、四环素等8种抗生素敏感,对氨苄西林、阿莫西林等24种抗生素耐药。
- 沈晓静胡秀彩兰云李雪朱爱华张培吕爱军
- 关键词：锦鲤荧光假单胞菌药敏试验
- 黄喉拟水龟摩氏摩根菌的分离鉴定及药敏试验被引量：15
- 2014年
- 黄喉拟水龟(Mauremys mutica),俗称石龟、石金钱龟、黄板龟等,为龟科拟水龟属,主要分布于中国江苏、安徽、福建以及越南、日本等。黄喉拟水龟具有食用、药用和观赏价值,近年来野生资源日趋减少,人工养殖发展迅速。细菌性病原感染是黄喉拟水龟养殖过程中常见疾病,目前已报道黏质沙雷氏菌(Serratia marcescens)[1]、松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri)[2]、摩氏摩根菌(Morganella morganii)[3]。
- 兰云胡秀彩吕爱军沈晓静朱爱华冯照军
- 关键词：黄喉拟水龟药敏试验
