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基于语义的疾病表型相似性被引量：1: 2012年; 已知一种药物可用于治疗某疾病,则该药物可能对与该疾病具有相似表型的其他疾病有疗效。因此,大规模地计算疾病表型相似性可辅助发现的疾病新的治疗方法。我们从OMIM下载了3742种疾病的表型信息,从Mesh词库下载13721个关联解剖学和疾病症状的注释词。我们将以上的Mesh词逐一在3742种疾病的表型信息文本中搜索,得到每种疾病涉及的Mesh词汇列表,进而基于语义分析的方法系统地计算了疾病表型的两两相似性矩阵。我们发现疾病关联生物通路最多的有肿瘤生物通路,胰岛素信号通路,肥大心肌病通路和细胞粘附通路等。随疾病对表型相似度的增加,其更涉及相同KEGG生物通路的概率亦增加,证明了本文方法的可靠性。疾病表型相似性可作为疾病在基因水平相似性的补充,有望为药物发现研究提供一条新途径。; 王志刚谢丽芳陈鑫杨啸林彭屹张正国; 关键词：语义

儿童青少年肺通气功能预测的后向传播神经网络方法被引量：1: 2011年; 本文旨在研究儿童青少年肺通气功能预测的后向传播神经网络（backpropagation neural network,BPNN）方法,以期得到更准确的肺通气功能预计值。样本数据包括内蒙古自治区10~18岁汉族健康儿童青少年999人（男性500人,女性499人）,测量身高和体重,使用肺功能仪检测肺通气功能。利用BPNN和多元逐步回归,对用力肺活量（forced vital capacity,FVC）、用力呼气一秒量（forced expiratory volume in one second,FEV1）、最大呼气流量（peak expiratory flow,PEF）、用力呼出25%肺活量时呼气流量（forced expiratory flow at25%of forced vital capacity,FEF25%）、用力呼出50%肺活量时呼气流量（forced expiratoryflow at50%of forced vital capacity,FEF50%）、最大呼气中段流量（maximal mid-expiratory flow,MMEF）、用力呼出75%肺活量时呼气流量（forced expiratory flow at75%of forced vital capacity,FEF75%）,分性别建立BPNN预测模型和预计方程式,并利用均方差异（mean squared difference,MSD）和相关系数（R）评价BPNN、基于本工作所建立的线性回归方程（LR方程）、香港Ip等报道的Ip方程和国外较常用的Zapletal方程的预测准确程度。结果显示：无论性别,由BPNN所得各指标的预计值与实测值的MSD均小于其它各个预计方程式,且其预计值与实测值的R均大于其它各个预计方程式;由LR方程所得各个指标的预计值与实测值的MSD均小于Ip方程和Zapletal方程,且其R均大于Ip方程和Zapletal方程。FEF50%、MMEF、FEF75%等3个指标的变异系数（coefficient of variance,CV）均大于其它肺通气功能指标,而这3个指标由BPNN所得预计值和实测值的R较LR方程所得R的增幅ΔR（%）也相应大于其它指标。综上所述,进行肺通气功能预测的BPNN方法要优于传统的多元线性回归方法。肺通气指标的CV越大时,BPNN较传统回归方法的预测优势也越明显。; 陈鑫张正国冯逵陈莉韩少梅朱广瑾; 关键词：用力肺活量人工神经网络儿童青少年

药物化学结构在线分析系统: 2012年; 高通量的筛选药物结构数据库,可以辅助药物设计。该文从DrugBank数据库获取4 886种药物的化学结构信息,建立了一个免费的在线药物化学结构分析平台。基于Tanimoto系数预先计算了药物两两化学结构相似性矩阵作为后台数据,从而提高了高通量药物结构分析的速度。该平台实现了药物通用名、商品名和别名的检索,药物化学结构相似性搜索查看及其聚类分析可视化的功能。应用该系统进一步验证了与相同靶蛋白关联的药物,其化学结构更相似的结论。本文系统可通过http://122.70.220.99/bme的Drug and Disease访问。; 王志刚陈鑫谢丽芳彭屹张正国; 关键词：药物筛选

药物功能模式相似度及其聚类被引量：3: 2011年; 对现有已知药物的功能模式进行分析,可以帮助发现其可能的新应用,指导联合用药或预测药物的未知毒副作用。提出将药物化学结构信息和GO注释信息结合,分析药物功能模式相似度。药物化学结构和GO注释信息下载自DrugBank数据库,其中GO注释信息包括生物过程、分子功能和细胞定位等3个分支。计算现有4886种药物的功能模式相似度,并对其进行聚类分析。基于Tanimoto系数计算药物化学结构相似度,基于语义分析计算药物GO注释中3个分支的相似度。分别使用Logistic回归、算术均值、几何均值将上述4个药物相似度结合,得到反映多方信息的复合相似度。将一种药物与所有其他药物的相似度向量作为该药物的特征谱,对药物进行层次聚类。使用药物解剖学、治疗学及化学分类(ATC)的标准评价不同的相似度和聚类结果。结果显示:药物化学结构相似度与基于GO的3个分支的相似度均线性相关,表明药物的结构信息能在一定程度上反映功能信息;Logistic回归复合相似度能够很好地反映两个药物是否属于同一个ATC分类;基于GO注释生物过程分支语义相似度和几何均数复合相似度聚类结果与ATC分类第一层次强关联。所提出的方法结果可靠,可望用于辅助药物发现和预测不良反应。; 王志刚陈鑫谢丽芳杨啸林张正国; 关键词：药物发现相似度聚类

FlexDB:在线个人健康评估系统: 2012年; 建立一个基于网络的心血管疾病风险评估系统,包括数据库中人群生理参数分析比较、心血管疾病风险评估和附加功能3个功能模块,其中心血管疾病风险评估模块使用3个Framingham模型。利用该系统对6 000余名黑龙江省人群健康状况进行评估。; 王志刚陈鑫王茜彭屹杨啸林张正国; 关键词：心血管疾病

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陈鑫

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