鹿涛
- 作品数：7 被引量：5H指数：2
- 供职机构：南开大学化学学院更多>>
- 相关领域：理学自动化与计算机技术医药卫生机械工程更多>>
- 大型矩阵求逆的实现与应用
- ＜正＞矩阵求逆在科学计算中具有重要应用价值。由于计算机软硬件的限制,传统的计算方法在PC上很难实现大型矩阵求逆运算。本文提出了一种求解方法,一方面用内存映射文件存储数据,另一
- 宋端磊鹿涛乔园园
- 关键词：矩阵求逆内存映射OPENMP
- 文献传递
- NKChemSQL——针对MySQL的化学信息学扩展被引量：2
- 2009年
- 化学数据库是进行化学信息学研究的重要资源,分子属性与指纹计算、分子结构格式转换、分子相似度匹配、精确匹配和子结构匹配以及分子结构图片导出等,都是必需的基本服务内容。应用广泛的数据库系统MySQL却缺乏这些功能,难以满足化学信息处理、网站开发等开发的需求。NKChemSQL是自行编制的MySQL扩展库,通过对开源软件OpenBabel的功能进行包装,以SQL语言的格式完成相应操作。NKChemSQL具有良好的运行表现,经过对含26万余条分子结构信息的NCI数据库进行的测试,全结构匹配只需不到1秒而子结构匹配达300个结构/秒,相似度匹配则达1万个结构/秒。NKChemSQL为开发化学信息学软件和网站提供了非常便利的新方式。
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- 关键词：开源软件分子指纹MYSQL
- 有机热物性数据库应用系统的设计与开发
- 从专家系统的基本概念出发,建立了有机化合物的热力学参数和物性估算数据库,完整地编制了一套实用性较强的有机热物性数据库应用系统,借助这一系统,用户可以完成有机物热物性数据查询,热化学计算、热物性数据估算和实验数据处理.
- 粟智车云霞鹿涛申泮文
- 关键词：数据处理专家系统
- 文献传递
- 分子路径概念和算法
- ＜正＞分析已知配体找出其与受体作用点相关的特征,往往成为新药设计的入手点。而配体上与受体相作用的几个部分,很难用原来的子结构概念来描述。因此,提出了一种新的概念,即路径（Path）,
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- 关键词：药物设计
- 文献传递
- 有机热物性数据库应用系统的设计与开发
- 2006年
- 从专家系统的基本概念出发,建立了有机化合物的热力学参数和物性估算数据库,完整地编制了一套实用性较强的有机热物性数据库应用系统,借助这一系统,用户可以完成有机物热物性数据查询,热化学计算、热物性数据估算和实验数据处理。
- 粟智车云霞鹿涛申泮文
- 关键词：数据处理专家系统
- 化学信息学与生物信息学开放性比较被引量：4
- 2007年
- 通过对化学信息学与生物信息学在公共资源、数据文件格式、软件编程语言、科学文献与教材等诸方面的比较与分析,指出生物信息学的成功因素在于其开放性;与之相比,虽然高等学校、研究所等教育科研领域和商业公司(特别是药物研发公司)都发布了不少化学信息学开源或自由软件以及一些开放数据,但化学信息学仍然由于各种原因使得开放性不足。有鉴于此,国内建立了化学化工资源导航系统,启动了《计算化学e-science研究及示范应用》等国家自然科学基金重大项目。在教育、教学方面也应继续改革,使化学信息学能真正适应和促进当前药物发现研究。
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- 关键词：化学信息学生物信息学开放性药物发现
- 分子路径及其在药物发现中的应用
- 2010年
- 提出了分子结构搜索的新方法即分子路径,不仅包括了配体所应该具备的原子(官能团),还包含了所需要的支撑结构,优于已有的子结构和指纹法,能够更好地体现药效团的含义,从而大大提高筛选效率。开发了分子路径搜索程序。以INNO-406为例进行搜索实验,显示了新方法的作用。
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- 关键词：药物发现
