阮吉寿
- 作品数：19 被引量：134H指数：4
- 供职机构：南开大学数学科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学医药卫生一般工业技术更多>>
- 生物序列的语义分析与第二密码规则的探索(续)被引量：3
- 2004年
- 本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结构序列的核心词词典,并由此讨论数据库的复杂性问题、同源蛋白质的分类、预测与比对等问题。
- 沈世镒余涛开波阮吉寿
- 5’非翻译区条形码揭示2019新型冠状病毒毒力
- 2020年
- 2019年12月,中国武汉报道了2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎。在前期研究中,我们在国际上首次报道了有关2019-nCoV的两个重要发现:①Beta冠状病毒B亚群存在大量的可变翻译;②2019-nCoV的S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。本研究在国际上首次报道了2019-nCoV的5’非翻译区分析的结果:Beta冠状病毒可以根据其5’非翻译区条形码分为不同毒力的四个类;这四类对应Beta冠状病毒的四个亚群;已知的2019-nCoV与SARS冠状病毒的5’非翻译区条形码完全一样。作为本研究的最大贡献,我们在国际上首次提出5’非翻译区条形码可应用于病毒的检测、鉴定、分类以及进化研究。这种方法对于冠状病毒的预警和防控至关重要。本研究的最重要发现是内部核糖体进入位点很可能是影响冠状病毒毒力的重要因素。这个发现从分子水平揭示了2019-nCoV的毒力,并且为药物、抗体和疫苗的开发等应用提供直接指导。同时,我们提出一个基础理论方面的假说,起始密码子上游临近的茎环结构在真核生物的蛋白质翻译中起到重要作用。
- 段广有施劲松宣益波陈嘉源刘畅刘畅阮吉寿高山
- 关键词：冠状病毒毒力内部核糖体进入位点
- MODS修订评分对老年多器官功能障碍综合征患者的预后评估被引量：5
- 2020年
- 目的比较多器官功能障碍综合征(MODS)评分修订系统与现用评分系统对老年多器官功能不全综合征(MODSE)患者的预后评估价值。方法回顾性分析解放军总医院2009年1月至2012年6月收治的387例符合MODSE标准患者入重症监护室后第一个24 h的急性生理及慢性健康状态评分(APACHEⅡ、APACHEⅢ)、简化急性生理评分(SAPSⅡ)、MODS评分、MODS联合年龄评分、MODS联合年龄评分加倍修订、MODS联合年龄评分指数修订系统,评估并检验各自预后评估效能。结果与女性组相比,男性组平均住ICU时间和死亡平均年龄显著降低,28天病死率和总体病死率高于女性组;随着年龄增大,器官衰竭数目、28天病死率和总体病死率逐渐增加,平均住ICU时间逐渐缩短;与生存组相比,死亡组年龄及各种评分均高,差异具有统计学意义;APACHEⅡ、APACHEⅢ、SAPSⅡ、MODS、MODS联合年龄评分、MODS联合年龄评分加倍修订、MODS联合年龄评分指数化修订系统受试者工作曲线下面积:0.810、0.791、0.712、0.801、0.834、0.787、0.793。其中MODS联合年龄评分敏感性最高,APACHEⅡ特异性最好,MODS联合年龄评分系统Youden指数和曲线下面积最大。结论MODS评分修订系统与现用评分系统均可较好的早期评估老年多器官功能不全综合征患者的预后;其中MODS联合年龄评分系统具有更优秀的预后评估效能。
- 肖坤郭超阮吉寿闫鹏解立新
- 关键词：多器官功能障碍综合征评分系统预后
- 基于氨基酸序列预测蛋白质功能性点突变位点被引量：3
- 2007年
- 突变是研究蛋白质结构和功能的重要方法。点突变实验中,突变位点的选择随机性大,若能对突变后蛋白质功能是否发生变化做出预测,将大大减少实验的盲目性。为此,作者设计了一个基于信号处理的单点替换突变预测模型,对序列上每个位点所有可能的氨基酸替换的效果进行估计。使用蛋白质突变数据库(Protein Mutant Database,PMD)里的11个蛋白共2600多个点突变的数据集,对以上模型进行了验证。结果表明正确率高达81.2%,并且推荐出的替换选择位点仅占所有可能替换突变的3.1%。在体外定点突变实验中,使用本模型推荐的高可能性功能突变位点将有助于提高实验的成功率。该模型使用蛋白质的氨基酸序列信息,特别是对未知结构的蛋白质同样适用。然而,由于缺乏足够的突变实验数据,本模型的应用仍需进一步完善和验证。
- 宋卓张宁阮吉寿杨卓张涛
- 关键词：点突变蛋白质功能预测信号处理
- 2019新型冠状病毒基因组的生物信息学分析被引量：75
- 2020年
- 2019年12月,中国武汉报道了冠状病毒引起的肺炎,其临床症状与2003年爆发的严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS)不同,因此推断该病毒可能是冠状病毒的一个新变种。不同于简单使用全基因组序列的其它研究,我们于2018年在国际上首次提出分子功能与进化分析相结合的研究思想,并应用于Beta冠状病毒B亚群(BB冠状病毒)基因组的研究。在这一思想指导下,本研究使用BB冠状病毒基因组中的一个互补回文序列(命名为Nankai complemented palindrome)与其所在的编码区(命名为Nankai CDS)对新发布的2019新型冠状病毒基因组(GenBank:MN908947)进行分析以期准确溯源,并对BB冠状病毒的跨物种传播和宿主适应性进行初步研究。溯源分析的结果支持2019新型冠状病毒源自蝙蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异一致。本研究的最重要发现是BB冠状病毒存在大量的可变翻译,从分子水平揭示了BB冠状病毒变异快、多样性高的特点。从BB冠状病毒可变翻译中获取的信息可应用于(但不限于)其快速检测、基因分型、疫苗开发以及药物设计。另外,我们推断BB冠状病毒可能通过可变翻译以适应不同宿主。基于大量基因组数据的实证分析,本研究在国际上首次从分子水平尝试解释了BB冠状病毒变异快、宿主多且具有较强的宿主适应性的原因。
- 陈嘉源施劲松丘栋安刘畅李鑫赵强阮吉寿高山
- 关键词：冠状病毒SARS
- 2019新型冠状病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点被引量：28
- 2020年
- 2019年12月,中国武汉报道了2019新型冠状病毒(2019 novel Coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎。基于基因组信息,我们前期研究结果显示2019-nCoV与SARS冠状病毒虽然同属于Beta冠状病毒B亚群(BB冠状病毒),但两种病毒差异较大,这一结果与两者临床症状差异一致。前期研究还发现了BB冠状病毒存在大量的可变翻译,并从分子水平揭示了BB冠状病毒变异快、多样性高的特点。本研究在国际上首次报道Beta冠状病毒S蛋白上的一个重要突变,这个突变使2019-nCoV具有了一个可供Furin蛋白酶切的位点,是大部分Beta冠状病毒(特别是SARS和SARS样(SARS-like)冠状病毒)所不具有的。我们的一个结论是这个突变有可能增强了2019-nCoV侵染细胞的效率,进而使其传播力显著大于SARS冠状病毒。由于这个突变,2019-nCoV的感染机制也会不同于SARS等大部分Beta冠状病毒,而与鼠肝炎冠状病毒、HIV、埃博拉病毒和一些禽流感病毒的感染机制更相似。我们意外发现一些禽流感病毒也可以通过突变获得Furin蛋白酶切位点,这说明自然突变可以引入Furin酶切位点。除此之外,在2019-nCoV的S蛋白中插入的“CGGCGG”序列编码两个精氨酸,然而“CGG”对于宿主(人)来说是蛋白质翻译的稀有密码子。我们的另一个结论是引入Furin蛋白酶切位点的插入突变中包含的“CGGCGG”是传播到人之前形成的;2019-nCoV的中间宿主应该是密码子“CGG”相对使用频率更高的哺乳动物。使用我们提供的密码子“CGG”相对频率表结合2019-nCoV检测阳性的动物样品信息可以准确地确定2019-nCoV的中间宿主。对这个重要突变的后续研究将为揭示2019-nCoV传播力强的原因,以及为药物、抗体和疫苗的开发等工作奠定基础。
- 李鑫李鑫张伟施劲松陈嘉源陈舜梅高山高山
- 关键词：冠状病毒中间宿主
- 新基因MDL1及其定量检测方法
- 本发明公开了人类线粒体新基因MDL1和MDL1AS的全长核苷酸序列及其表达量的定量检测方法，属于生物技术领域。基因MDL1的核苷酸序列为：1)SEQ ID NO.1所示核苷酸序列；或2)SEQ ID NO.1所示核苷酸序...
- 高山姚雪卜文俊阮吉寿程智
- 文献传递
- 基于PacBio平台的全长转录组测序被引量：16
- 2016年
- 当前,绝大多数的转录组数据都是基于以Illumina平台为代表的第二代高通量测序技术获得的,但是第二代测序技术无法提供大量的长转录本并且丢失可变剪接等重要信息,因而大大制约了转录组数据的深度利用.通过以PacBio为代表的第三代测序技术,可以获得更长乃至全长转录组,但由于Pac Bio转录组测序近几年才刚兴起,只有少量的物种基于PacBio平台获得了转录组.PacBio全长转录组测序,在国际上才刚开展但发展很快,其实验与数据分析标准和质量控制方面的研究对于未来的大规模应用至关重要.本研究在国际上首次尝试依据PacBio平台最新试剂(P6/C4)优化实验参数,设计质量控制指标并使全长转录组测序标准化.本文基于一组昆虫(麻皮椿)全长转录组数据,对已取得的部分结果进行报告.
- 任毅鹏张佳庆孙瑜吴振峰阮吉寿贺秉军刘国卿高山卜文俊
- 关键词：PACBIO
- 弱Takens嵌入定理被引量：2
- 2002年
- 大量的经济问题和自然现象的问题都可以看成是某个 m-维紧流形M中的状态向量信号 X(t) .一般人们只关心在某种特定的等距点上关于 X(t)的采样值 X (0 ) ,X (Δ ) ,… ,X(NΔ ) ,… (为了数学推理方便 ,不妨设Δ=1 )且认为它遵从 M上的某个动力系统Φ :M→M,X(n+1 ) =Φ (X(n) )进行演化 .如果人们能够知道动力系统 Φ的一些性质和某个成份因素的性质 ,比如 ,能够验证它们满足 Takens嵌入定理 ,那么由该定理就可以通过构造一个等价的动力系统来实现对未来时刻的状态值 X(N +1 )的预测 .然而 ,在实际中 ,人们只能获得其有限等距观测值 X(0 ) ,X(1 ) ,… ,X(N)和它相应的某个成份因素 y(t)的观测值 y(0 ) ,y(1 ) ,… ,y(N ) ,其它一无所知 .如何利用这些数据自身预测下一个等距时刻的状态值 X((N+1 ) )就成为难题 .文中给出一个弱 Takens嵌入定理 。
- 阮吉寿沈世镒
- MDL1及其定量检测方法
- 本发明公开了人线粒体基因MDL1和MDL1AS转录的RNA的cDNA序列及其定量检测方法，属于生物技术领域。基因MDL1转录的RNA的cDNA序列为：1)SEQ ID NO.1所示核苷酸序列；或2)SEQ ID NO.1...
- 高山姚雪卜文俊阮吉寿程智
- 文献传递
