陶玉婷 作品数:11 被引量:11 H指数:2 供职机构: 广西医科大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 广西壮族自治区自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 更多>>
马尔尼菲青霉菌双相转换相关基因AmyR和ctf1β功能的初步研究 研究背景: 马尔尼菲青霉菌(Penicillium marneffei,PM)是一种温度依赖性双相型条件致病真菌,可感染免疫缺陷人群,区域流行于东南亚地区和我国南方。近年来,随着HIV患者的增加,导致全球范围内马尔尼菲... 陶玉婷关键词:马尔尼菲青霉菌 转录因子 基因敲除 致病真菌 利用CRISPR/Cas9筛选膀胱癌T24细胞生长必需基因 2020年 目的:利用CRISPR/Cas9基因编辑技术,筛选维持膀胱癌T24细胞正常生长必需基因,为膀胱癌靶向治疗提供新的思路。方法:将人全基因组文库质粒进行扩繁并包装慢病毒,然后感染T24野生型细胞,用嘌呤霉素(puromycin)进行筛选。为了获取T24细胞生长必需基因表达变化情况,分别收集第1天的活细胞作为对照组,培养第14天的细胞作为实验组,分别提取两组细胞DNA,进行全基因组测序和生物信息学分析获得候选基因。对候选基因进行功能注释和通路分析,并结合TCGA数据库进行生存分析,了解这些基因的主要富集通路及对预后的影响。结果:筛选出了971个可能维持膀胱癌细胞正常生长的必需基因,这些基因主要富集在脂质代谢、糖代谢、细胞周期和蛋白质合成等通路中,其中部分基因可能影响膀胱癌预后。结论:本研究对于进一步验证这些基因在膀胱癌T24细胞中的功能和机制具有重要意义。 韦连心 陶玉婷 黄浩轩 冯超 陆钦晨 李天宇 李天宇关键词:膀胱癌 基于质谱流式技术的蛋白组学在肝癌肿瘤异质性的研究 被引量:1 2019年 目的:利用质谱流式技术建立研究肝细胞癌(HCC)肿瘤异质性的方法。方法:收集肝癌患者样本并制备成单细胞悬液。通过质谱流式技术用15种肿瘤干细胞标志物和28种免疫细胞相关的标志物对肝癌组织及其癌旁组织进行蛋白组学检测。结果:质谱流式分析有效地分出肝癌干细胞样亚群,并将免疫细胞分为25个细胞亚群。肝癌组织与其癌旁组织在肿瘤干细胞表达及免疫微环境组成方面存在差异。结论:质谱流式技术可实现对肿瘤干细胞样细胞和免疫细胞的精细分群,是检测肿瘤异质性的有效方法。 胡嘉欣 覃朝 陶玉婷 赖智勇 李枝键 齐亚鹏 林星谷 王秋雁关键词:肿瘤异质性 肝癌 马尔尼菲青霉菌内源启动子驱动的苯菌灵抗性基因盒构建及其应用 被引量:3 2014年 马尔尼菲青霉菌是一种区域性流行于东南亚及中国南部地区的条件致病性温度依赖性双相型病原真菌,它能对免疫功能低下者造成致命的全身性感染,25℃时呈现菌丝状生长,而在37℃或在宿主体内为酵母相生长。为深入研究马尔尼菲青霉菌致病性和双相转化的分子机制,原有的遗传转化筛选标记基因已不能满足研究需要。为此,我们通过用马尔尼菲青霉菌微管蛋白β亚基基因启动子替换粗脉孢菌苯菌灵抗性基因的启动子,构建了一个苯菌灵抗性基因盒,并成功地将其运用于马尔尼菲青霉菌的遗传转化研究中。 卢姗 毛从政 陶玉婷 黄勇奇 贺菽嘉 梁莹 梁晓乐 吴谦 何志义 蓝秀万关键词:马尔尼菲青霉菌 一种抗肝癌药物筛选细胞模型及其构建方法和应用 本发明公开了一种抗肝癌药物筛选细胞模型及其构建方法和应用。该模型的构建方法包括:1)将EGFP基因融合到Coilin基因的C端,并构建到CMV‑MCS‑EGFP‑PGK‑Puro慢病毒载体上,得到表达Coilin‑EGF... 王秋雁 陆钦晨 陶玉婷 王富博 朱广志基于质谱流式技术研究HBV和非HBV相关肝癌的免疫微环境 被引量:1 2021年 目的:利用单细胞质谱流式技术(CyTOF)研究HBV相关肝癌和非HBV相关肝癌的免疫微环境特征。方法:收集42例HCC患者的癌组织样本(28例HBV相关肝癌和14例非HBV相关肝癌)并制备成单细胞悬液。通过质谱流式技术用35种免疫细胞相关抗体对肝癌组织进行单细胞组学检测,并分析肿瘤浸润性免疫细胞中免疫相关标志物的表达情况。结果:CyTOF成功将HBV相关与非HBV相关肝癌的CD45+免疫细胞分成了21个细胞亚群。HBV相关肝癌组织与非HBV相关肝癌的免疫细胞组成存在明显差异,Th细胞在HBV相关HCC中占比最高,而Tc细胞在非HBV相关HCC中的占比最高。结论:成功构建HBV相关肝癌和非HBV相关肝癌的免疫微环境图谱,并揭示了HBV相关肝癌与非HBV相关肝癌的免疫微环境存在显著异质性。 韦连心 潘立鑫 胡嘉欣 李枝键 陆钦晨 王玺 冯超 向邦德 王秋雁 王秋雁关键词:免疫微环境 基于转录组测序的马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR内参基因筛选与鉴定 被引量:4 2016年 马尔尼菲青霉菌是一种温度依赖性双相型条件致病真菌,可感染免疫缺陷人群,区域流行于东南亚地和我国南方,但其双相转换和致病性分子机制尚不清楚。实时荧光定量PCR是马尔尼菲青霉菌双相转换和致病性分子机制研究的重要手段,但仍缺乏用于马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR标准化分析理想的内参基因。本研究根据转录组测序数据筛选了四个表达最稳定的Pfp、Rp123、FacpA、DigA基因与传统的内参基因18Sr RNA、β-actin(Act1)、β-tubulin(Btu)作为候选内参基因,用Best Keeper和ge Norm软件进行基因表达稳定性分析。结果表明FacpA和DigA基因在马尔尼菲青霉菌双相转换过程中表达最为稳定,可作为用于马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR标准化分析的内参基因。 陶玉婷 卢姗 王超 王俊杰 康雪晴 蓝秀万 梁晓乐 梁莹 何志义关键词:马尔尼菲青霉菌 内参基因 马尔尼菲青霉基于pkuB基因缺失的高效基因打靶系统构建 被引量:2 2015年 马尔尼菲青霉是温度依赖双相性条件性致病真菌,可感染免疫缺陷人群,区域流行于东南亚和我国南方。马尔尼菲青霉已成为研究真菌双相形态转换和病原-宿主相互作用分子机制的模式系统。功能基因组学研究为深入探讨马尔尼菲青霉双相转换和致病分子机制提供了线索,大量的候选基因功能需要高通量的基因修饰方法验证。在许多真菌中已建立基于阻断DNA非同源重组修复途径提高基因打靶效率的实验研究模型。本文报道在马尔尼菲青霉中通过缺失马尔尼菲青霉非同源重组修复途径的关键组分PKUB同源基因pkuB构建了一个高效基因打靶系统。结果表明,以pkuB基因缺失菌株(△pkuB)为出发菌株能降低外源DNA片段的非同源末端连接重组的概率而显著提高基因打靶效率,pkuB基因缺失不影响菌落形态和双相转换能力。高效基因打靶分子遗传实验模型的建立为大规模进行马尔尼菲青霉基因功能研究提供了有力的工具。 卢姗 蓝秀万 陶玉婷 王超 梁晓乐 梁莹 黄勇奇 黄勇奇 何志义关键词:马尔尼菲青霉 基因打靶 同源重组 基于组学技术分析lncRNA MBNL1-AS1对Basal型肌层浸润性膀胱癌的分子特征影响 2025年 目的探究肌层浸润性膀胱癌(muscle-invasive bladder cancer,MIBC)分子亚型特异性,为不同MIBC分子亚型患者的治疗提供指导。方法基于MIBC分子分型方法中的UNC分型法,应用转录组测序数据,将48例MIBC患者分为2种分子亚型即Basal型和Luminal型,并进行差异表达分析以探究MIBC特异性的lncRNAs,并进一步探讨其分子特征和临床意义。结合单细胞质谱流式细胞术(single-cell mass cytometry,CyTOF)和镜像质谱流式细胞术(imaging mass cytometry,IMC)分析MBNL1-AS1高表达组和低表达组Basal型MIBC患者的免疫微环境异质性。结果基于分子分型法筛选发现了在MIBC特异性表达的lncRNA MBNL1-AS1,其低表达与Basal型MIBC患者的不良预后密切相关(P=0.022)。且进一步分析转录组测序数据后发现,在Basal型MIBC中,MBNL1-AS1低表达组具有去分化(P=0.008)、高干性(P=0.020)和高增殖(P=0.010)的特征。MBNL1-AS1低表达组的Basal型MIBC患者的免疫评分与NK CD56bright细胞和Treg细胞的评分呈负相关(P<0.05),而MBNL1-AS1高表达组的B细胞和CD8+T细胞相关基因的表达水平较高。高维度单细胞蛋白质组学分析结果显示,MBNL1-AS1低表达的Basal型MIBC患者表现出较高的Treg细胞亚群丰度(P=0.016)。结论MBNL1-AS1低表达组的Basal型MIBC患者具有去分化、高干性、高增殖和免疫抑制的特点。MBNL1-AS1具有作为Basal型MIBC免疫响应生物标志物的潜能。 梁双 谢远亮 冯超 陆钦晨 陶玉婷 吕宇琦 李天宇 李天宇 王秋雁YAP信号激活在肝细胞癌细胞外基质重塑中的临床意义及分子机制 2025年 目的探讨Yes相关蛋白(Yes-associated protein,YAP)信号激活与肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者临床特征的关联性,并分析YAP信号通过重塑细胞外基质(extracellular matrix,ECM)促进HCC进展的潜在分子机制。方法收集2018年5月至2019年7月在广西医科大学附属肿瘤医院接受肝切除术的116例HCC患者的组织样本及临床病理数据。基于YAP上调基因集,采用基因集变异分析方法对患者进行分型。采用转录组测序分析探讨YAP信号激活的临床意义及分子特征,并在癌症基因组图谱数据库的HCC队列中进行验证。从基因表达综合数据库下载10例HCC单细胞测序数据,分析YAP高评分肿瘤细胞的分子特征,利用CellChat算法研究YAP高评分肿瘤细胞与成纤维细胞之间的相互作用机制。结果YAP高评分组的总生存期显著短于YAP低评分组(P<0.001),并与更多的微血管侵犯(P<0.001)、高艾德蒙森分级(P=0.005)、高巴塞罗那肝癌分期(P=0.008)相关。YAP高评分是HCC患者总生存期的独立危险因素(HR=2.467,95%CI:1.121~5.429,P=0.025)。差异基因分析显示,YAP高评分组上调基因显著富集于ECM相关信号通路。单细胞分析结果显示,ECM刚度促进肌成纤维细胞(myCAF)中的YAP信号激活,进一步升高纤维化相关基因表达,加速ECM沉积与重塑。此外,CellChat分析显示,myCAF通过COL1A1/COL1A2-CD44配体-受体轴特异性激活肿瘤细胞中的YAP信号。结论YAP信号激活与HCC患者不良预后密切相关。YAP诱导myCAF分泌促纤维化相关基因增强ECM刚度,并通过COL1A1/COL1A2-CD44轴进一步激活肿瘤细胞YAP信号,形成正反馈循环。 张诗怡 孙家敏 钟鉴宏 王秋雁 陶玉婷关键词:肝细胞癌 细胞外基质 刚度