郝小虎
- 作品数：178 被引量：28H指数：3
- 供职机构：浙江工业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省重中之重学科开放基金浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术文化科学生物学交通运输工程更多>>
- 一种快速图形相似度判别方法
- 一种快速图形相似度判别方法，包括以下步骤：读入待比较图形对象，从图形对象里面提取出采样点的坐标；求得图形对象的质心坐标、离对象质心坐标最近和最远的采样点坐标，求得采样点和质心坐标、离对象质心坐标最近和最远的采样点坐标的平...
- 张贵军秦传庆周晓根郝小虎张贝金明洁
- 文献传递
- 蛋白质结构从头预测多级个体筛选进化算法被引量：1
- 2019年
- 针对蛋白质高维构象空间采样多样性问题,文中提出了一种蛋白质结构从头预测多级个体筛选进化算法(MlISEA)。基于进化算法框架,首先采用基于知识的Rosetta粗粒度能量模型作为优化目标函数,以降低构象空间优化变量维数;其次以基于9片段和3片段的片段组装技术为不同的变异策略,增加同代种群的多样性;同时,设计多级个体筛选方法,进一步增加不同代种群间的多样性;然后利用MonteCarlo算法较强的局部搜索能力对每个个体做局部增强,以得到当前的局部最优解;最后,得到全局最优解以及不同的局部最优解。10个目标蛋白的测试结果表明,所提方法能够有效提高采样多样性,得到TMscore大于0.5的预测构象,为进一步做结构修饰提供便利。
- 李章维郝小虎张贵军
- 关键词：进化算法MONTE
- 一种基于种群拥挤度识别的差分进化蛋白质结构预测方法
- 一种基于种群拥挤度识别的差分进化蛋白质结构预测方法，在差分进化算法(DE)的框架下，首先，对输入的查询序列进行随机片段组装，生成具有多样化折叠类型的初始构象种群；然后，依次选取种群中的个体作为目标个体，随机选取和目标个体...
- 张贵军郝小虎俞旭锋周晓根王柳静李章维
- 文献传递
- 一种基于模板自适应选择的多域蛋白结构组装方法
- 一种基于模板自适应选择的多域蛋白结构组装方法，首先，利用蛋白质比对工具对多域蛋白库的中各模板进行打分，并根据打分进行降序排名；然后，选择出排名靠前的部分模板进行组装，并对每个模板设置一个选择概率；其次，在组装过程中，每隔...
- 张贵军周晓根王柳静郝小虎
- 文献传递
- 一种基于残基接触信息辅助评价的蛋白质结构预测方法
- 一种基于残基接触信息辅助评价的蛋白质结构预测方法，首先，利用Robetta和RaptorX‑Contact得到片段库和接触图；其次，在种群进化的两个阶段，以不同的方式利用接触图辅助评价构象；最后，通过聚类得到最终预测结果...
- 张贵军谢腾宇孙科周晓根郝小虎王柳静
- 文献传递
- 一种基于LZW编码的道路交通空间数据压缩方法
- 一种基于LZW编码的道路交通空间数据压缩方法，首先，获取同一模态下、空间上的不同路段的道路交通数据建立道路交通特征参考序列，基于空间相关性分析，选择基准路段，并将其数据作为空间上的道路交通基准数据；其次，提取同一模态下、...
- 徐东伟王永东张贵军李章维周晓根郝小虎
- 一种基于局部抽象凸估计的群体全局优化方法
- 一种基于局部抽象凸估计的群体全局优化方法，在群体进化算法框架下，结合抽象凸理论，提出一种基于局部抽象凸估计的群体全局优化方法。通过对新生成个体的邻域信息构建松弛优化模型，基于分段线性凸包络的几何特征设计松弛模型的高效极值...
- 张贵军周晓根郝小虎梅珊陈铭秦传庆李章维
- 文献传递
- 一种基于副本交换和局部增强策略的群体构象空间搜索方法
- 一种基于副本交换和局部增强策略的群体构象空间搜索方法，在差分进化算法框架下，采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型来有效降低构象空间搜索维数、提高算法的收敛速度；引入基于知识的片段组装技术可以有效提高预测精度...
- 张贵军郝小虎俞旭锋周晓根陈凯徐东伟
- 文献传递
- 一种多域蛋白模板无缝比对方法
- 一种多域蛋白模板无缝比对方法，从各单域蛋白的三维结构出发，首先，对模板的两端加上允许长度的空白序列；然后，采用蛋白质模板比对工具TM‑align搜索第一个单域蛋白在模板上的最佳比对位置，并从最后一个比对位置后的模板中搜索...
- 张贵军周晓根王柳静郝小虎
- 文献传递
- 一种基于局部Lipschitz支撑面的双层差分进化蛋白质结构预测方法
- 一种基于局部Lipschitz支撑面的双层差分进化蛋白质结构预测方法，首先，根据能量值选取当前种群中的最优构象，计算其他构象到最优构象的距离，并根据距离对所有构象进行排名；然后，选取离最优构象最近的部分构象建立Lipsc...
- 张贵军周晓根俞旭锋郝小虎王柳静徐东伟李章维
- 文献传递
