李焱
- 作品数：12 被引量：0H指数：0
- 供职机构：中国科学院大连化学物理研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学自动化与计算机技术文化科学化学工程更多>>
- 构建任意分辨率粗粒化模型的方法
- 本发明属于分子动力学模拟领域，具体涉及一种构建任意分辨率粗粒化模型的方法。具体包括：一种可由用户任意定义分辨率的粗粒化模型；该粗粒化模型由成键粒子和非键粒子构成；该粗粒化模型中各粒子的键联关系方式；该粗粒化模型中各粒子参...
- 李国辉钟青庐楚慧郢张鼎林李焱张跃斌
- 文献传递
- 基于多尺度分子动力学模拟的RNA结构预测方法
- 本发明涉及基于多尺度分子动力学模拟的RNA结构预测方法，构建用3个粒子表示一个核苷酸的模型。其中包括该粗粒化模型中各粒子的键联关系方式；该粗粒化模型中各粒子参数的拟合方法；该粗粒化模型与全原子模型映射关系的拟合方法。本发...
- 李国辉张鼎林李焱
- 一种基于分块迭代法的高精度原子电荷计算方法
- 2017年
- 原子电荷是研究生物分子的重要物理化学参数。本文在系统分块法的基础上,通过迭代的量化计算,得到多分子体系在特定环境下的高精度原子电荷,并提出一套完整的多分子体系原子电荷计算方法,Partition Iterative Quantum(PIQ)。本文采用若干种主要的生物体系作为测试体系,验证了所提方法的可行性。并以完全的量子化学计算得到的原子电荷为标准,比较了不同初始电荷设置方式对计算精度和效率的影响。说明了所提方法是可以被应用于不同尺度的分子体系的电荷计算中。
- 李焱汤天宝金乐李冬婷李国辉许佩军
- 关键词：原子电荷分子力场
- 生物大分子模拟的理论计算研究新方法
- 生物大分子模拟是化学生物学与创新药物发现中非常重要的研究课题。分子力场对于生物大分子模拟理论计算研究起到决定性的作用。现有的可极化分子力场虽然精度很高,但是计算速度非常慢,很难用于复杂体系长时间分子动力学模拟。我们提出了...
- 李国辉李焱楚慧郢张明波彭向达张鼎林
- 关键词：量子力学计算人工神经网络预测
- 荧光光谱无用散射的自动去除算法
- 2021年
- 三维荧光光谱是用于分析荧光数据的重要手段.光谱数据中存在的拉曼、瑞利散射,直接影响分析过程中对目标物质判断的准确程度.于是,去除荧光光谱中的这两种无用散射具有重要的实际意义.现有的方法中,通过人为设定无用散射宽度,主观性强且效率较低,为了解决这一不足,提出一种根据光谱数据自动去除无用散射的判断机制,并在去除无用散射后,实现对空白数据的补全.在数值实验中,分别通过依据理论生成的荧光光谱和实验得到的荧光光谱数据验证了所提算法的有效性.实验结果表明,该算法可以为实现大量含无用散射的光谱数据的批量处理提供可能.
- 许佩军周末张明振郭秋含牟晓红李焱
- 关键词：拉曼散射瑞利散射荧光光谱
- BP神经网络预测二肽模型多极展开属性计算方法
- 本发明涉及基于BP神经网络预测二肽模型多极展开属性计算方法，包括以下步骤：通过量子力学计算软件Gaussian优化不同二肽构象的结构，并计算其物理化学参数及原子间相互距离；选择部分二肽构象的原子的物理化学参数以及原子间相...
- 李国辉李焱彭向达张鼎林
- 一种基于有限元表示的分子模拟方法
- 本发明涉及一种基于有限元表示的分子模拟方法，包括以下步骤：获取生物大分子的空间点云数据做表面三角网格剖分，并生成有限元；取有限元外表面每一个三角形表面的几何中心作为待拟合电荷的位置；通过对有限元大分子周围静电势的拟合得到...
- 李国辉张鼎林李焱钟青庐楚慧郢张跃斌
- 文献传递
- 荧光光谱无用散射自动去除方法
- 本发明属于分析化学领域，具体涉及一种自动识别散射区域，去除散射数据并填补去除部分的计算方法。包括以下步骤：首先，对于二维的光谱数据，通过拉曼散射和瑞利散射机理以及其对应的能量判断散射位置；然后，在一维光谱数据的基础上，通...
- 翁俊贲李国辉李焱郭秋含牟晓红
- 基于三维空间静电势重构的新型蛋白质粗粒化计算方法
- 本发明涉及基于三维空间静电势重构的新型蛋白质粗粒化计算方法，包括以下步骤：首先计算不规则表面蛋白质表面离散点电荷的位置；然后将该离散点电荷进行优化并采用最小二乘法得到优化的点电荷的电量，得到蛋白质粗粒化的结果；根据优化后...
- 李国辉仲心珏李焱沈虎俊张鼎林
- 文献传递
- 高精度生物大分子多尺度模型的建立及应用研究
- 生物大分子模拟不论在化学生物学、生物物理化学、药物设计,还是在舍命科学、生物医药和生物能源与技术等领域都有着极其重要的研究价值和科学意义。尽管经过了近半个世纪的发展取得了长足的进步,但是由于生物学实验技术的快速发展和医药...
- 李国辉李焱彭向达沈虎峻王洪磊张鼎林
