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半夏miR167及其靶基因响应大豆花叶病毒胁迫的表达: 2023年; MicroRNAs(miRNAs)是一类小的非编码RNA,在植物逆境及生物胁迫中通过调节靶基因来发挥重要的调控作用。半夏内源miR167是否参与了大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)的胁迫及相互作用关系尚不清楚。本研究利用茎环法扩增半夏内源miR167基因,命名为pt-miR167,采用生物信息学软件对其进行保守性分析,系统进化性分析及靶基因预测。在此基础上,采用qRT-PCR技术检测病毒积累量、miR167及其潜在的靶基因的表达水平,分析miR167及靶基因响应病毒侵染的表达模式。结果表明,病毒积累量在5~15 d时迅速增加,其中10 d时增加最快,随后呈现缓慢上升趋势。病毒侵染后,pt-miR167相比对照组,表达量呈下调,并且在10 d时表达量最低。进化树分析表明,pt-miR167与番茄(Solanum lycopersicum)中的sly-miR167a聚为一族,高度同源。预测的潜在主要靶基因ARF6表达量与pt-miR167表达量呈现正好相反的趋势,其在10 d时表达量达到最高。本研究表明,miRNA167参与了寄主半夏与病毒SMV的相互作用关系,研究结果有助于揭示SMV与寄主半夏之间的相互作用机制,为今后深入研究病毒与植物提供了参考,为半夏生产提供了研究的基础。; 王晨燕杜江马振男张丽王德富牛颜冰; 关键词：半夏大豆花叶病毒靶基因

基于金纳米和杂交链式反应可视化检测植物病毒RNA被引量：1: 2023年; 植物病毒病危害严重,严重制约着农业的可持续发展,可造成巨大的经济损失。监测植物健康和及早检测病毒病原对于减少疾病传播至关重要。为实现对植物病毒病的早期田间检测,本文将基于金纳米(AuNPs)的比色法与杂交链式反应(HCR)相结合,设计了一种灵敏、特异与高效的植物病毒RNA可视化检测技术。以烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus,TMV)为模型,根据TMV特异性保守片段设计2个具有单链尾的发夹结构H1/H2,TMV可打开发夹结构,使之交替形成长的双直链DNA。HCR反应前后核酸的2种状态与AuNPs之间的结合差异性致使比色信号产生,从而实现对TMV的可视化检测。经过对Tris-HAc浓度、发夹结构浓度、HCR反应时间等进行优化,得到最佳检测条件。在最优条件下,进一步分析了该技术的灵敏性、特异性以及进行了真实样本检测。结果表明,AuNPs的吸光度比值(A 620/A 520)与0~10 nmol/L范围内的目标片段浓度存在线性关系,最低检出限可达412 pmol/L;在实际样本检测中,该技术能从众多病样中准确检出目标病毒,且AuNPs的吸光度比值与0~40ng/μL的TMV也存在良好的线性关系,线性方程为y=0.00827x+0.14606,R 2=0.96405,检出限为4.68 ng/μL,裸眼检出限也可达10 ng/μL。所建立的检测技术具有快速简易、成本低廉、特异性强和灵敏度高等优点,能实现对植物病毒RNA的早期快速可视化检测,具有广阔的应用前景。; 李文慧王舒婷马振男杜江王德富牛颜冰

黄瓜绿斑驳花叶病毒山西西瓜分离物外壳蛋白基因序列分析被引量：4: 2015年; 通过病毒dsRNA分离技术、非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)技术和RTPCR等手段对采自山西太谷的西瓜病样进行了检测与鉴定,确定其为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)所侵染。为明确CGMMV西瓜分离物(CGMMV-SXTG)的分类地位,本研究进一步克隆了CGMMV-SXTG的外壳蛋白基因(coat protein,CP)全序列并进行序列分析,系统进化树分析显示该分离物与亚洲分离物亲缘关系较近,而与欧洲分离物亲缘关系较远,表明该病毒的不同分离物在分组上可能与地域有一定的关系;接着对不同分离物的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比对分析,结果表明该分离物与中国山东分离物(TANG)同源性最高,分别达到99.8%和99.6%。; 杜江成媛媛牛二波牛颜冰; 关键词：黄瓜绿斑驳花叶病毒外壳蛋白基因

基于小RNA深度测序技术的苜蓿病毒病鉴定与分析: 2023年; 紫花苜蓿是一种重要的牧草,然而紫花苜蓿病毒病的侵染严重影响其品质。本研究通过小RNA深度测序技术和RT-PCR/PCR的方法对采自山西农业大学植物园中表现花叶、皱缩、卷曲的紫花苜蓿样品进行病毒病原的鉴定,结果表明病样被苜蓿花叶病毒(AMV)、豌豆线条病毒(PeSV)、苜蓿矮化病毒(ADV)和苜蓿卷叶病毒(ALCV)4种病毒复合侵染。PCR扩增获得了ALCV山西太谷紫花苜蓿分离物SXTG(OP748371)的全基因组序列,分析表明该分离物与ALCV阿根廷紫花苜蓿分离物Colonia Dora(MG792026)的序列相似性最高,达到97.34%。对扩增获得的AMV CP基因(OP748369)核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行序列比对分析显示,AMV山西太谷紫花苜蓿分离物SX与阿根廷紫花苜蓿AMV分离物ACat(MW835977)相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别为99.24%和99.54%。同样将扩增获得的ADV CP基因序列上传至GenBank获得登录号OP957285,命名为ADV山西太谷紫花苜蓿分离物(SXJZ),通过序列分析表明该分离物与ADV分离物N1(MZ221810)亲缘关系最近,氨基酸序列相似性达到99.43%。进一步对扩增获得的PeSV CP基因编码的氨基酸(OQ108501)进行序列比对分析显示,PeSV山西紫花苜蓿分离物(SXJZ)与其他PeSV分离物CP基因编码的氨基酸相似性达到100%。这是首次从种植于山西的紫花苜蓿上检测到ALCV、ADV、AMV和PeSV的复合侵染,该研究结果有助于深入了解侵染紫花苜蓿的病毒病分子进化,为病毒病的防控提供一定的理论依据。; 杜江马振男王晨燕张丽王德富牛颜冰; 关键词：苜蓿花叶病毒

番红花小球茎乙醇提取物抗真菌活性分析被引量：1: 2021年; [目的]番红花富含多种天然活性成分,有关番红花的研究目前大多集中在药用部位柱头上,对非药用部位包括不能当作种栽的小球茎的研究鲜有报道。本实验以番红花小球茎(<8 g)为研究对象,开展番红花球茎乙醇提取物抗真菌活性研究,以提升番红花非药用部位资源的综合利用水平。[方法]以6种常见的食源性真菌(酿酒酵母、黑曲霉、桔青霉、黑根霉、米曲霉和绿色木霉)为供试菌种,测定其最小抑菌浓度和最低杀菌浓度,明确小球茎乙醇提取物的抑菌效果,并利用液液萃取和硅胶柱层析分离法对抑菌有效组分进行初步分离。[结果]番红花小球茎乙醇提取物对黑根霉和黑曲霉具有显著抑制作用,其EC_(50)分别为0.3513和0.4412 mg·mL^(-1),且随着提取物浓度的增高,其抑菌作用增强;此乙醇粗提物经石油醚、乙酸乙酯和正丁醇萃取分离,发现乙酸乙酯萃取组分对黑曲霉和黑根霉的抑制效果最好,其抑菌率分别达到了89.13%和74.36%,且该萃取组分经硅胶柱层析分离可得到9个分级产物,其中F6对黑曲霉和黑根霉的抑制效果最好,分别达到了90.95%和93.83%,说明F6为番红花小球茎乙醇提取物的最佳有效抑菌组分。[结论]番红花小球茎乙醇提取物抗真菌活性分析及有效抑菌组分的分离,为番红花小球茎抑菌活性成分的纯化研究奠定基础,也为番红花全资源利用及其在食品天然防腐剂领域的应用提供科学指导和借鉴作用。; 王德富张鹏王玉芬杜江牛颜冰; 关键词：番红花乙醇提取物抗真菌活性

侵染河北土贝母的中国南瓜曲叶病毒分子特征分析: 2023年; 0引言双生病毒是一类单链环状DNA病毒,为害多种农作物并造成巨大的经济损失。按照基因组结构、寄主范围和传播介体的不同,双生病毒科(Geminiviridae)被划分为14个属,其中菜豆金色黄花叶病毒属(Begomovirus)是双生病毒科中病毒种类最多,且造成危害最严重的病毒属[1-2]。中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl china virus,SLCCNV)属于菜豆金色黄花叶病毒属成员,主要由烟粉虱传播,其基因组包含大小为2.5~3.0kb的DNA-A和DNA-B,DNA-A编码AV1、AV2、AC1、AC2、AC3和AC56个蛋白,DNA-B编码BV1和BC12个蛋白[3-4]。; 杜江张丽崔丽艳马振男王晨燕王德富牛颜冰; 关键词：中国南瓜双生病毒曲叶病毒寄主范围土贝母

利用小RNA深度测序技术鉴定白芷病毒病病原: 2023年; [目的]白芷(Angelica dahurica)是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据。[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性分析明确白芷病毒病的分类地位。[结果]白芷样品经小RNA深度测序共获得22158005个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示比对到黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)3条正义链RNA 3、RNA 2、RNA 1的比对率分别为2.14%、1.28%和1.10%。利用特异引物克隆了CMV-BZ RNA3的外壳蛋白和移动蛋白基因全序列。通过序列比对分析,发现CMV-BZ CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠB中CMV分离物(CMV-SD-YT和CMV-SXCH)和(CMV-SD-QD)的相似性最高,分别为99.1%和99.5%;MP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组Ⅰ分离物Ah的相似性最高,为99.3%和99.0%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-BZ与中国大多数CMV分离物聚为一类,属于CMV亚组Ⅰ中的成员。[结论]首次在山西白芷上检测到CMV,该研究有助于深入了解CMV的分子进化,为白芷产业的健康发展提供一定启示,也为病毒病的防治提供一定的理论依据。; 杜江姚东作王晨燕崔丽艳王德富牛颜冰; 关键词：白芷黄瓜花叶病毒

利用小RNA深度测序技术鉴定西瓜病毒病病原: 2024年; 西瓜是一种重要的园艺植物,近年来饱受病毒病危害。为明确西瓜病毒病害病原,对采自山西太谷区表现花叶、皱缩等症状的西瓜叶片进行小RNA深度测序,同时利用RT-PCR的方法并结合生物信息学的手段,综合分析造成西瓜花叶、皱缩症状的病毒病原。结果表明,表现皱缩、花叶症状的西瓜样品被瓜类蚜传黄化病毒(cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)、甜瓜潜隐病毒(cucumis melo cryptic virus,CmCV)、西瓜病毒A(watermelon virus A,WVA)、西瓜皱叶病毒2号(watermelon crinkle leaf-associated virus 2,WCLaV2)和黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)5种病毒复合侵染。利用RT-PCR的方法分别扩增获得5种病毒的外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列,进一步通过序列一致率分析和系统进化分析发现,本研究获得的西瓜CABYV分离物CABYV-SXJZ(GenBank登录号:OP957280)核苷酸序列与中国南瓜CABYV分离物Inner Mongolia(GenBank登录号:EU262627)的核苷酸序列一致率最高,达到100%;西瓜WVA分离物WVA-SXJZ(GenBank登录号:OP957281)核苷酸序列与同样来自中国瓠瓜WVA分离物WVA-Huizhou(Gen-Bank登录号:MK292710)和西瓜WVA分离物WVA-KF15(GenBank登录号:KY363796)核苷酸序列一致率最高,分别达到93.6%%和99.9%;WCLaV2分离物WCLaV2-SXJZ(GenBank登录号:OP957282)核苷酸序列与WCLaV2巴西西瓜分离物Ju-01(GenBank登录号:LC636075)核苷酸序列一致率最高,达到99.6%;本研究首次从西瓜上获得的CmCV分离物Cm-CV-SXJZ(GenBank登录号:OP957283)核苷酸序列与中国甜瓜分离物CmCV-HLJ(GenBank登录号:MH479773)的核苷酸一致率高达99.9%;本研究获得的CGMMV分离物CGMMV-SXJZ(GenBank登录号:OP957284)核苷酸序列与CGMMV分离物GDLZ(GenBank登录号:MK933286)、CG038(GenBank登录号:MH271443)、CGMMV-pXT1(GenBank登录号:KY753929)、eWT(GenBank登录号:KY753928)、C284R(GenBank登录号:KY753927)、CGMMV-XG(GenBank登录号:KP868654)、JD2(GenBank登录号:KM873785); 杜江马振男王晨燕崔丽艳王德富牛颜冰; 关键词：西瓜病毒

苜蓿卷叶病毒山西苜蓿分离物外壳蛋白基因序列分析: 2023年; 苜蓿(Medicago sativa L.)中蛋白质、维生素等多种营养成分含量丰富,是一种在世界范围内被广泛种植的重要牧草,然而苜蓿卷叶病毒(Alfalfa leafcurlvirus,ALCV)的侵染严重影响了苜蓿的品质和产量。为了为苜蓿产业的抗病毒育种提供一定启示,为苜蓿病毒病的防治提供一定的理论依据,研究通过双生病毒通用引物(SPG1/SPG2)在山西省晋中市太谷区山西农业大学植物园中表现出卷曲、皱缩症状的苜蓿样品中检测到ALCV的侵染,并进一步利用PCR技术对ALCV山西苜蓿分离物(ALCV-Taigu)的外壳蛋白(Coatprotein,CP)基因全序列进行克隆和比对分析。结果表明,ALCV-Taigu CP基因与ALCV其他株系核苷酸同源性为82.7%~96.6%,氨基酸同源性为82.4%~97.1%。对ALCV-Taigu CP氨基酸序列系统进化分析表明,ALCV-Taigu与法国、西班牙、意大利等欧洲国家和黎巴嫩、伊朗等中东国家的ALCV分离物距离较远,亲缘关系较远;与中国和阿根廷的ALCV分离物距离较近,聚集为一个大分支,亲缘关系较近;ALCV-Taigu与中国苜蓿ALCV-Helinger/N1分离物距离最近,聚为一簇。这是首次在山西苜蓿上检测到ALCV,该研究结果有助于深入了解ALCV的分子进化。; 杜江王晨燕崔丽艳马海会姚东作王德富牛颜冰; 关键词：苜蓿病原鉴定

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杜江

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