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肺腺癌差异性lncRNAs表达谱分析: 背景:非小细胞肺癌(NSCLC)在肺癌中最为多见,约占肺癌总数的80%。由于NSCLC生物学行为具有高侵袭性及高转移性的特点,80%左右的患者在确诊时己为晚期,常导致治疗失败和死亡。目前对于NSCLC治疗的整体效果仍很不...; 王瑜敏许刚潘钦石张文辉陈坚丁鸿燕周铁丽余方友黄卡特; 关键词：非小细胞肺癌长链非编码RNA 肺腺癌基因芯片; 文献传递

肺鳞癌差异性长链非编码RNA表达谱分析及初步验证被引量：5: 2015年; 目的:探讨及分析肺鳞癌差异性长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱并进行初步验证。方法:采用Arraystar高通量lncRNAs基因芯片研究20例肺鳞癌混合组织及对应的癌旁组织,获得lncRNAs差异性表达谱。同时采用实时荧光定量PCR方法对40例肺鳞癌相关的lncR NA分子进行验证。结果:本实验所用的基因芯片包含30586个lncRNAs和26109个mRNAs探针;与癌旁组织比较肺鳞癌混合组织出现了1741条lncRNAs(≥2或≤0.5倍差异)和1716条mRNAs(≥2或≤0.5倍差异)差异性表达;信号通路分析显示了P53信号通路、细胞周期等发生明显变化。我们初步证实了10个lncRNAs分子在肺鳞癌组织中的表达与基因芯片一致,其中KRT16P2、BC016831是表达差异最为明显的lncRNAs分子。结论:肺鳞癌存在明显的lncRNAs差异性表达,这些lncRNAs及某些信号通路可能在肺鳞癌发生和发展中发挥重要作用。; 潘钦石陈坚许刚丁鸿燕黄卡特王瑜敏; 关键词：肺肿瘤长链非编码RNA 基因芯片

脑红蛋白在氯化钴诱导人肺癌A549细胞株缺氧损伤模型中的表达研究: 2015年; 目的研究脑红蛋白(NGB)在氯化钴诱导人肺癌A549细胞株缺氧损伤模型中的表达。方法采用不同浓度Co Cl2(0、50、100、200、300、400、500 mol/L)作用A549细胞,24 h后检测细胞活性,以GAPDH为内参基因,通过实时荧光定量RT-PCR检测缺氧损伤肺癌细胞A549中NGB、HIF1a m RNA表达变化。结果 Co Cl2半抑制浓度(IC50)为160 mol/L,随着Co Cl2浓度的增加,HIF1a、NGB m RNA表达量逐步增加;Co Cl2作用的A549细胞株随着时间延长,NGB m RNA表达量升高,在36 h达峰值。结论 NGB升高与缺氧程度行依赖性,可能参与肺癌缺氧调节作用。; 王瑜敏丁鸿燕潘钦石胡丽娟陈坚许刚; 关键词：脑红蛋白肺癌 A549细胞缺氧

肺鳞癌差异性长链非编码RNA表达谱分析及初步验证: 目的本研究通过长链非编码RNA(lncRNAs)高通量基因芯片检测比较肺鳞癌样本与相应的癌旁组织(NT)的样品,获得肺鳞癌差异性lncRNAs表达谱,并对候选lncRNA分子进行验证。方法收集温州医学院附属第一医院从20...; 王瑜敏许刚潘钦石张文辉陈坚丁鸿燕周铁丽余方友黄卡特; 关键词：非小细胞肺癌长链非编码RNA 肺鳞癌基因芯片; 文献传递

非酒精性脂肪性肝炎相关肝癌基因表达谱芯片分析: 2021年; 目的研究非酒精性脂肪性肝炎转变成肝癌(NASH-HCC)中的关键差异表达基因。方法选择4对NASH-HCC和癌旁石蜡组织进行Affymetric芯片表达谱检测,生物信息学技术筛选差异表达基因,利用DAVID数据库对差异表达基因进行GO功能和KEGG信号通路分析,应用STRING数据库对差异表达基因进行蛋白-蛋白互作网络分析,应用Cytoscape软件筛选核心基因。结果 NASH-HCC癌与癌旁组织中共筛选到279个差异表达基因,GO功能富集分析发现这些差异表达基因显著富集到脂肪代谢、糖脂生物合成、脂肪酸水解及细胞凋亡等相关的功能,KEGG通路富集分析表明差异表达的基因显著与脂肪酸合成与代谢、病毒感染及有机物代谢等通路相关。蛋白相互作用因子调控网络分析发现多能干性基因(c-Myc、Oct-4、KLF-4和Nanog)和形态分化基因(Gli-1)在人NASH-HCC标本中高表达,且在PPI中处中心位置,与其他差异表达基因存在广泛的蛋白互作关系。结论多能干性基因和形态分化基因可能在NASH-HCC病变过程中发挥至关重要的作用。; 许刚; 关键词：基因芯片

人工神经网络分析预测非小细胞肺癌患者EGFR基因突变的模型建立及其关联因素分析被引量：2: 2016年; 目的应用人工神经网络法(ANN)建立预测非小细胞肺癌(NSCLC)患者EGFR基因突变模型及分析其关联因素,为NSCLC治疗提供数据。方法采用扩增阻滞突变系统检测434例NSCLC患者样本的EGFR基因外显子19缺失、外显子20 T790M突变、外显子21 L858R突变,应用ANN建立NSCLC患者EGFR基因突变预测模型及分析其关联因素。结果显示434例NSCLC患者EGFR基因外显子19、20、21总突变率为42.6%,其中腺癌EGFR基因突变率明显高于鳞癌、大细胞癌,女性突变率明显高于男性。最终ANN预测模型变量包括吸烟、吸烟指数、病理类型、胸水CEA、性别、血液CEA,该模型曲线下面积、灵敏度、特异度分别为0.806、64.00%、73.50%。进一步分析显示较高胸水CEA、腺癌、吸烟人群、高血液CEA水平、高吸烟指数、女性肺癌患者更易发生EGFR突变。结论 NSCLC患者EGFR基因突变率较高;本研究建立了ANN预测NSCLC患者EGFR突变预测模型,具有较好的诊断效能。; 胡丽娟潘钦石许刚陈坚丁鸿燕王瑜敏; 关键词：非小细胞肺癌表皮生长因子受体突变

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许刚