张舒婷
- 作品数：43 被引量：104H指数：6
- 供职机构：福建农林大学园艺学院园艺植物生物工程研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金福建省自然科学基金福建省科技重大专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程医药卫生更多>>
- 龙眼SPL基因家族全基因组鉴定及表达分析被引量：4
- 2020年
- 【目的】鉴定龙眼SPL(DlSPL)基因家族所有成员,并对其成员进行表达分析,为探究SPL在龙眼生长发育中的功能研究提供参考。【方法】采用生物信息学方法对龙眼SPL基因家族成员进行鉴定,并对其基本理化性质、基因结构、系统进化关系、启动子顺式作用元件、FPKM值进行分析;利用qRT-PCR技术检测其在非胚性愈伤组织(nonembryonic callus,NEC)、胚性培养物及不同激素处理下的胚性愈伤组织(embryonic callus,EC)中的表达情况。【结果】DlSPL基因家族共有14个成员,其基因结构和蛋白结构均高度保守且只有一个SBP结构域,DlSPL启动子存在大量的光反应元件、组织特异性调控元件、激素应答元件、胁迫响应元件和植物生长发育有关的顺式调控元件。RNA-seq表达量分析(FPKM值)表明,11个DlSPL成员在不同光质处理的EC中表达,只有DlSPL8在蓝光和白光处理下的EC中呈下调表达趋势;11个DlSPL成员在激素2,4-D和KT中表达,其中DlSPL3和DlSPL13在2,4-D和激动素(kinetin,KT)共同处理下的表达量高于2,4-D和KT分开处理;有13个DlSPL成员在非胚性及胚性培养物中表达,其中7个成员在NEC阶段表达量最高。qRT-PCR结果表明,在不同胚性培养物中,DlSPL1和DlSPL14在EC阶段表达最高,DlSPL5、DlSPL7和DlSPL13在不完全胚性紧实结构(incomplete embryonic compact structure,ICpEC)阶段表达量最高;DlSPL1、DlSPL5、DlSPL7和DlSPL13成员响应脱落酸(abscisic acid,ABA)信号并显著下调;DlSPL5响应茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)信号且呈上调表达趋势,其他3个成员呈下调表达趋势。【结论】共鉴定出龙眼SPL基因家族成员14个,均含有一个高度保守的SBP结构域;DlSPL可能参与龙眼体胚的形态建成,并响应ABA和MeJA的应答。
- 路保顺朱永静张舒婷吕煜梦李晓斐宋雨洋赖钟雄林玉玲
- 关键词：龙眼SPL
- 龙眼体胚发生早期SAUR 63/64基因克隆及表达分析
- 2022年
- SAUR(small auxin up-regulated RNA)是一类生长素早期响应基因,与植物的生长发育密切相关。为揭示SAUR 63和SAUR 64在龙眼体胚发生早期的调控作用,该研究采用TA克隆龙眼SAUR 63和SAUR 64基因,对其进行亚细胞定位、qRT-PCR表达分析和荧光原位杂交分析验证。结果显示:(1)龙眼SAUR 63和SAUR 64序列长度分别为386 bp和312 bp;系统发育树显示SAUR63、SAUR64与拟南芥亲缘关系较近;亚细胞定位结果显示SAUR63蛋白定位在细胞核与细胞外基质,SAUR64蛋白定位在叶绿体。(2)预测发现SAUR 63和SAUR 64同时作为LTCONS_00038949、LTCONS_00038950及LTCONS_00038952(lnc38949、lnc38950及lnc38952)的靶基因。(3)qRT-PCR检测发现SAUR 63、SAUR 64与3个lncRNAs均在不完全胚性紧实结构阶段高表达;SAUR 63与3个lncRNAs在100和500μmol·L^(-1)赤霉素(GA 3)处理下上调表达,且在500μmol·L^(-1) GA 3时表达量达到峰值;SAUR 63、SAUR 64、lnc38949和lnc38950均在35℃处理下被显著诱导表达,而lnc38950在35℃下受到抑制;此外,SAUR 63、SAUR 64和3个lncRNAs还响应SA、MeJA、盐胁迫和干旱胁迫的调控。(4)荧光原位杂交结果显示,SAUR 63与lnc38949均没有定位在合子胚特定部位,且lnc38949表达量高于SAUR 63。研究表明,SAUR 63、SAUR 64基因可能受到lncRNAs的调控,共同参与龙眼体胚发生早期的调控。
- 傅卓然李卓蕴陈燕张舒婷赖钟雄林玉玲
- 关键词：龙眼胁迫应答
- 茶树几丁质酶基因的克隆及其在干旱胁迫下的表达分析被引量：8
- 2017年
- 以铁观音茶树叶片为材料,利用逆转录PCR及RACE法,克隆了茶树几丁质酶基因Cs Chi(Gen Bank登录号为KR078345)。Cs Chi基因的c DNA全长为1 192 bp,包含972 bp的开放阅读框(ORF),编码323个氨基酸。生物信息学分析结果表明,Cs Chi蛋白的分子量为34.33 ku;理论等电点p I为8.44;原子组成为C1 519H2 285N413O464S18,总原子数为4 699;蛋白质结构分析显示该蛋白有6个蛋白的跨膜区域,属于跨膜蛋白;存在于细胞外;没有卷曲螺旋结构存在;Cs Chi基因编码的蛋白属于糖苷水解酶19家族,含有保守的Cht BD1结构域,与溶菌酶的保守结构域类似,可能兼具几丁质酶活性和溶菌酶活性,q PCR定量分析结果显示在不同干旱胁迫处理下茶树的Cs Chi基因的表达量,与对照组相比有所增加。推测Cs Chi基因在茶树干旱等逆境胁迫中起重要作用。
- 朱晨张舒婷常笑君赵姗姗王仲许长同张梓浩林玉玲赖钟雄郭玉琼
- 关键词：茶树几丁质酶基因克隆
- 石斛JmjC基因家族的鉴定及响应不同光周期的表达分析被引量：1
- 2020年
- 利用生物信息学方法对石斛组蛋白去甲基化关键酶基因JmjC进行全基因组鉴定,通过qRT-PCR检测DoJMJ组织表达模式及对不同光周期的响应。结果表明,在铁皮石斛(Dendrobium officinale)基因组上共鉴定到17个JmjC,保守结构域分析结果显示,该家族蛋白划分为5个亚家族(JARID1、JHDM3、JHDM2、JMJD6和JmjC-only),各亚家族所含保守结构域数量不等;基因结构分析发现,各亚家族的外显子和内含子数量有所差异,同一亚家族具有相似的外显子/内含子结构;启动子顺式作用元件分析发现DoJMJ家族成员启动子区域有诸多Auxin、ABA、GA、MeJA、SA等激素响应元件及光、干旱、低温、防御和胁迫等环境信号响应元件;qRT-PCR数据表明,金钗石斛(Dendrobiumnobile)中该家族10个成员在茎和叶片中表达量较高,少数成员在根中的表达较高,所有成员在果实中表达均较低,推测Do JMJ主要在茎和叶片发育过程发挥作用;此外,该家族成员在不同光周期下呈现不同的表达模式,11个成员在12 h(光照)/12 h(黑暗)下表达量较高,少数成员在4 h/20 h、8 h/16 h、24 h/0 h光周期下高表达。
- 赵桦张舒婷刘蒲东付帅叶炜陈裕坤林玉玲徐涵赖钟雄
- 关键词：铁皮石斛金钗石斛光周期
- 龙眼UGT家族全基因组鉴定、功能预测及表达模式被引量：1
- 2021年
- 植物中糖基转移酶(UDP-glycosyltransferases,UGTs)糖化各种植物激素和代谢物以应对生物和非生物胁迫.对龙眼UGTs(DlUGTs)家族进行全基因组鉴定,对各成员理化性质、系统发育进化树、基因结构、染色体定位、保守基序、全基因组共线性进行预测分析,并结合转录组对DlUGTs在龙眼体胚发育胚性愈伤组织(EC)、不完全胚性紧实结构(ICpEC)和球形胚(GE)3个阶段的表达模式进行分析.结果显示,DlUGTs家族共有167个成员.系统发育进化树分析发现这些成员分布于15个组中.蛋白保守基序分析发现所有成员均包含保守motif 1(PSPG-box)且同组成员的motif分布高度相似.对DlUGTs家族成员的基因结构进行分析,发现其内含子数目在0-4之间.启动子顺式作用元件分析发现,各成员启动子区包含众多响应生物与非生物胁迫的作用元件,如光、温、激素等.染色体定位分析发现DlUGTs家族成员分布在14条染色体上,33个成员定位在chr14.对DlUGTs在EC-ICpEC-GE阶段的表达模式分析发现共138(83%)个成员在3个阶段检测到表达量,其中7个成员在EC-ICpEC-GE阶段呈持续上调表达.本研究通过预测分析发现DlUGTs家族成员具备功能多样性,可能在龙眼应对胁迫、细胞代谢及体胚发育过程中发挥作用,结果可为UGT关键基因的进一步筛选和表征提供理论依据.
- 刘蒲东张舒婷申序李晓斐赵桦张梓浩陈裕坤林玉玲陈振光王晶王晶
- 关键词：龙眼糖基转移酶
- 龙眼TCP家族全基因组鉴定与表达分析
- 2021年
- 利用生物信息学方法对龙眼TCP(DlTCP)基因家族进行全基因组鉴定,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析龙眼TCP基因家族成员体胚发生早期表达模式及其对ABA和MeJA的响应模式。从龙眼基因组数据库中共鉴定获得20个龙眼TCP成员。这些DlTCP蛋白包含169~540个不等的氨基酸残基,分子量介于39.6~57.2 kD之间,理论等电点介于5.90~9.45。亚细胞定位预测显示,18个成员在细胞核中。染色体定位显示,DlTCP分布在龙眼15条染色体中的11条染色体上;共线性分析发现有12个DlTCP基因参与片段复制事件。启动子顺式作用元件分析显示,DlTCP成员启动子序列上含有响应激素应答、调控生长发育的元件。系统进化分析可将DlTCP分为2类,均具有典型TCP结构域。体胚发生早期表达模式分析表明,DlTCP2/4a/4b/13/17/18/19/23均在胚性愈伤组织阶段高表达,DlTCP5b/DlTCP8在不完全胚性紧实结构阶段表达量较高,DlTCP20a在球形胚阶段高表达,表明DlTCP在体胚发生早期阶段的优先表达可能有助于该阶段的形态建成。经外源ABA诱导后4个DlTCP成员表达量显著下调,4个上调;MeJA诱导后,3个成员表达量显著下调,4个上调,说明DlTCP成员可以响应ABA和MeJA。
- 蒋梦琦薛晓东苏立遥陈燕张舒婷李晓斐王培育张梓浩赖钟雄林玉玲
- 关键词：龙眼MEJA实时荧光定量PCR
- 香蕉MaSULTR3家族成员的全基因组鉴定与不同温度下表达模式分析被引量：1
- 2021年
- 利用生物信息学分析法对香蕉MaSULTR3基因家族成员进行全基因组鉴定、蛋白特性分析、分子进化树分析、启动子顺式作用元件分析以及低温胁迫下叶片转录组的FPKM值分析;其后,利用基因组数据结合RT-PCR方法克隆了‘天宝蕉’(Musa spp.,AAA Group)组培苗MaSULTR3.1-2基因的ORF序列;最后,利用qPCR技术分析了该基因在低温胁迫下的表达模式。结果表明,香蕉MaSULTR3家族有12个成员;MaSULTR3启动子区域含有光响应、激素响应、低温、干旱等逆境胁迫相关的响应元件;分子进化树分析表明MaSULTR3家族成员可分为4类:ClassⅠ包含2个MaSULTR3成员(MaSULTR3.3-2、MaSULTR3.3-1),与单子叶植物香蕉和水稻的SULTR3.3聚在一起;ClassⅡ包含3个MaSULTR3成员(MaSULTR3.4-2、MaSULTR3.4-1的2个不同转录本),与大部分物种的SULTR3.4和拟南芥的SULTR3.3/4聚在一起;ClassⅢ包含4个MaSULTR3成员(MaSULTR3.1-6、MaSULTR3.1-2、MaSULTR3.5-1、MaSULTR3.5-2),与香蕉和水稻的SULTR3.5聚在一起;ClassⅣ包含4个MaSULTR3成员(MaSULTR3.1-4、MaSULTR3.1-3、MaSULTR3.1-5、MaSULTR3.1-1),拟南芥、水稻和香蕉的SULTR3.1/2聚在一起。不同温度下叶片转录组的FPKM值分析表明:MaSULTR3在低温下整体呈上调趋势,在13℃处理下表达量最高,且MaSULTR3不同成员在应对低温胁迫下有不同的分工。天宝蕉MaSULTR3.1-2基因的ORF序列包含1959 bp的完整开放阅读框,编码652个氨基酸残基,属于SULTR3基因家族,不含信号肽,具有双向跨膜,为疏水性蛋白,PI为8.55,含有55个蛋白磷酸化位点,三级结构中α-螺旋和无规则卷曲占比较大。亚细胞定位预测结果显示MaSULTR3.1-2可能定位于细胞质。qRT-PCR结果显示,‘天宝蕉’MaSULTR3.1-2基因在所有检测组织部位均有表达,其中在叶片的表达量最高,并且在叶片表达量为随温度下降,表达量先下降后上升,在28℃表达量最高。本研究结果表明MaSULTR3.1-2基因可能参与低温胁迫下香蕉�
- 倪珊珊林争春刘彦英陈裕坤田栩瑞王秀美李小芳张舒婷赖钟雄
- 关键词：香蕉基因克隆低温胁迫
- 龙眼体胚发生过程HD-Zip全基因组与生物功能分析被引量：3
- 2019年
- [目的]了解龙眼HD-Zip基因家族的结构特征以及在不同体胚及不同组织器官中的作用。[方法]采用生物信息学分析方法对龙眼HD-Zip基因家族进行基因鉴定。对其蛋白质结构域及性质、内含子外显子结构位置分布、系统进化树、保守基序和结构域以及在体胚发生早期不同阶段和不同组织中基因表达的FPKM值进行分析。[结果]龙眼HD-Zip基因家族有18个成员,分为4个亚家族,各家族的氨基酸数目不同,等电点介于4.70~9.37,基因家族的内含子数目可能与家族分类有关,且此基因家族具有多个保守的结构域。龙眼HD-Zip基因在不同的体胚与组织器官中表达模式多样。[结论]龙眼HD-Zip家族基因可能参与胚胎发育与组织器官的形成,展现其功能的多样性。
- 张春渝徐小萍陈晓慧张舒婷张梓浩陈裕坤林玉玲赖钟雄
- 关键词：龙眼体胚发生HD-ZIP基因家族
- 三明野生黄精无菌体系的建立被引量：6
- 2019年
- 通过优化消毒和不定芽诱导条件等,建立了三明野生黄精根状茎的组培体系。结果表明:将野生黄精外植体依次在清水下用软毛刷刷洗去野生黄精根状茎表面的泥土,在加洗衣粉的自来水中冲洗16 h,在3%多菌灵浸泡2 d(期间时常振荡摇晃),用清水洗去表面残留的多菌灵后置于滤纸上晾放5 h,再用75%酒精处理30 s,加0.2%氯化汞浸泡15 min消毒处理之后,野生黄精外植体的污染率低至20.2%。春季3-4月的野生黄精外植体的不定芽萌发能力和长势均明显优于11-12月。三明野生黄精的最佳不定芽诱导培养基为:MS+6-BA 4.0 mg/L+NAA 0.2 mg/L,在其上培养时诱导出芽率高达88.0%。
- 吕煜梦徐小萍张舒婷郭志鹏王锦锋林玉玲王天池赖钟雄
- 关键词：不定芽诱导
- 非洲菊PR-1基因的克隆与表达分析被引量：3
- 2021年
- 以非洲菊‘G088’为材料,基于本研究所测序得到的非洲菊转录组数据(SRA:SRR9937065)的基础上,采用RT-PCR技术克隆获得2个病程相关蛋白1(PR-1)基因,分别命名为GjPR-1-like1和GjPR-1-like2(GenBank登录号:MW057342和MW057343),GjPR-1-like1和GjPR-1-like2编码序列长度分别为534 bp和489 bp,可编码177和162个氨基酸。生物信息学分析表明,GjPR-1-like1属于碱性不稳定性蛋白,GjPR-1-like2属于弱酸性稳定蛋白;它们编码的蛋白质均含有CAP_PR-1和CAP superfamily保守结构域,属于富含半胱氨酸超家族蛋白,含有信号肽、跨膜结构和磷酸化位点;亚细胞定位表明均位于液泡中。PR-1基因在不同组织(叶、叶柄和根)、不同激素与逆境(SA、MeJA、ABA、NaCl)以及根腐病病原菌处理非洲菊的表达模式分析结果表明,GjPR-1-like1和GjPR-1-like2均在叶片中表达水平最高,在SA、MeJA、ABA和NaCl胁迫以及根腐病病原菌处理下,均显著影响GjPR-1-like1和GjPR-1-like2的表达水平。研究表明,GjPR-1-like1和GjPR-1-like2可能参与调控非洲菊生长发育过程,尤其是叶片的发育过程;且可能参与了非洲菊生物及非生物胁迫过程,尤其在响应非洲菊根腐病的抗病防御过程中发挥了一定的作用。
- 李乾玉王秀美倪珊珊王乐张舒婷夏朝水叶炜陈裕坤赖钟雄
- 关键词：非洲菊基因克隆激素根腐病
