徐飞
- 作品数：8 被引量：11H指数：1
- 供职机构：浙江省农业科学院更多>>
- 发文基金：浙江省自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生更多>>
- 利用加权基因共表达网络分析方法挖掘香菇发育不同阶段的关键基因被引量：1
- 2021年
- 香菇是世界产量第二大食用菌,栽培历史悠久。在木屑袋料栽培模式下,香菇发育可以分为菌丝生长期(G)、菌丝褐化期(B)、原基形成期(P)以及出菇期(FB)4个阶段。褐化期和原基形成期是香菇从营养生长期到生殖生长两个关键发育阶段,对香菇子实体产量和质量至关重要。本研究以3种不同栽培材料为重复,对香菇发育的前3个阶段进行了转录组分析。主成分分析和相似性分析表明,基因随着发育进程的推进,不同栽培基质样本的基因表达特征相似。以菌丝生长阶段的转录本为参照,通过基因差异表达分析,获得与菌丝褐化成熟和原基形成相关的基因,并对这些基因进行GO和KEGG功能富集分析;其次,对9个转录本数据进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),分别获得了与菌丝生长、褐化阶段及原基形成各阶段高度相关的黑色、蓝色及黄色基因模块,并利用网络节点分析获得了与菌丝褐化成熟和原基形成得到7个关键基因;最后,结合差异基因和基因模块分析,得到了菌丝生长阶段的17个重要基因、褐化阶段的167个重要基因以及原基形成阶段的67个重要基因。通过多分析手段结合为筛选候选基因提供了更为高效的方法。
- 宋婷婷沈颖越徐飞范丽军蔡为明
- 关键词：香菇关键基因发育相关基因
- 一种植物全基因组RNA-染色质互作的检测方法
- 本发明公开了一种植物全基因组RNA‑染色质互作的检测方法，该方法包括固定RNA与染色质的互作状态，制备双链接头，依次得到细胞核、染色质DNA片段、RNA/接头/DNA嵌合体、RNA‑DNA双链复合体；Tn5转座酶片段化切...
- 徐盛春陶晓园李素娟王剑陈光徐飞王钢军
- 砂梨山梨醇转运蛋白(SOT)基因家族成员表达特性及在果实糖积累中的作用初探被引量：10
- 2015年
- 山梨醇转运蛋白(SOT)是植物山梨醇运输的关键载体。参考已公布的白梨基因组数据,应用RNA-seq技术在砂梨果肉中鉴别出22个有表达的山梨醇转运蛋白(SOT)基因家族成员,其中10个高表达成员的表达量之和占总表达量的92%。q RT-PCR分析表明上述10个成员的表达存在明显的组织特异性,所有成员在种子中的表达丰度最低;Ppy SOT8在所有组织和器官中都有不同程度表达;Ppy SOT26仅在幼叶中有一定表达。在果实发育期间Ppy SOT2、Ppy SOT8、Ppy SOT10/28和Ppy SOT33的相对表达丰度与果实山梨醇积累呈现良好相关性。4℃贮藏期间果实山梨醇含量趋于下降,与Ppy SOT3、Ppy SOT4、Ppy SOT8、Ppy SOT25、Ppy SOT32和Ppy SOT33表达上调相关。
- 戴美松徐飞施泽彬徐昌杰
- 关键词：砂梨果实
- 一种用于异源基因体外表达的密码子优化方法及应用
- 本发明公开了一种用于异源基因体外表达的密码子优化方法，该方法包括：获取宿主细胞全基因组的核苷酸序列和全蛋白组的氨基酸序列；以密码子对为统计对象，统计每个密码子对在宿主细胞全基因组中的权重；选定待优化蛋白，构建一个以密码子...
- 徐盛春郑元庭徐飞李素娟邵健丰王钢军李琪恺
- 文献传递
- 一种利用CUT&Tag技术鉴定植物中转录因子与染色质互作的试剂盒及方法
- 本发明公开了一种利用CUT&Tag技术鉴定植物中转录因子与染色质互作的试剂盒及方法，该试剂盒包括：生物素化的Tn5转座酶、细胞核提取液、抗体杂交液、链霉亲和素洗涤液、DNA洗脱液、一抗、二抗、DNA纯化磁珠、链霉...
- 徐盛春陶晓园徐飞李素娟王钢军王剑陈光邵健丰
- 文献传递
- 一种水稻种子发芽能力的检测方法
- 本发明公开了一种基于高光谱成像和人工神经网络的水稻种子发芽能力的检测方法，该方法包括：获取原始高光谱成像数据；数据预处理；发芽试验，获得分组数据；选取特征波长，提取特征波长下的高光谱数据；进行标准归一化处理；利用主成分分...
- 徐盛春李琪恺郑元庭李素娟徐飞王钢军邵健丰
- 文献传递
- 一种基于高光谱成像和人工神经网络的水稻种子发芽能力的检测方法
- 本发明公开了一种基于高光谱成像和人工神经网络的水稻种子发芽能力的检测方法，该方法包括：获取原始高光谱成像数据；数据预处理；发芽试验，获得分组数据；选取特征波长，提取特征波长下的高光谱数据；进行标准归一化处理；利用主成分分...
- 徐盛春李琪恺郑元庭李素娟徐飞王钢军邵健丰
- 文献传递
- 一种用于异源基因体外表达的密码子优化方法及应用
- 本发明公开了一种用于异源基因体外表达的密码子优化方法，该方法包括：获取宿主细胞全基因组的核苷酸序列和全蛋白组的氨基酸序列；以密码子对为统计对象，统计每个密码子对在宿主细胞全基因组中的权重；选定待优化蛋白，构建一个以密码子...
- 徐盛春郑元庭徐飞李素娟邵健丰王钢军李琪恺
- 文献传递
