郭文博
- 作品数：6 被引量：44H指数：3
- 供职机构：怀化学院生命科学系更多>>
- 发文基金：湖南省科技计划项目国家自然科学基金湖南省高校创新平台开放基金更多>>
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- 鱼腥草转录组SSR位点信息分析及其多态性研究被引量：26
- 2016年
- 目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer 3设计SSR引物,并随机选择50对SSR引物对16株不同来源的鱼腥草进行多态性扩增分析。结果在鱼腥草的转录组中,共搜索到4 800个SSRs,分布于4 413条unigenes,SSR位点出现频率为7.51%。SSRs位点中三核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的41.54%;其次是单核苷酸重复基序(占27.35%)。SSRs所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T是优势重复基元类型,占总SSRs的27.0%。利用Primer3共设计出3 068对SSR引物。随机选择50对引物进行PCR扩增,其中43对(86.0%)扩增出清晰、可重复的条带,且表现出多态性。利用UPGMA作图,将16个样品分为2类。结论鱼腥草转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建奠定基础。
- 黎晓英刘胜贵王丹黄豪兰龙强蒋玉红郭文博魏麟
- 关键词：鱼腥草转录组多态性引物
- 陆英HMGS基因cDNA克隆、不同器官中的差异表达及生物信息学分析被引量：9
- 2016年
- 目的克隆陆英Sambucus chinensis 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶(HMGS)基因并分析其差异表达。方法采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)方法获得HMGS基因c DNA序列并对HMGS蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析,并预测了该蛋白功能;利用RT-PCR方法检测了HMGS基因在陆英的根状茎、地上茎、叶、花中的表达情况。结果克隆获得的HMGS基因c DNA全长为1 401 bp,编码466个氨基酸。生物信息学预测HMGS蛋白无跨膜区,不含信号肽。HMGS基因主要在陆英的花和根状茎中表达较高,在叶中表达相对较低。结论首次从陆英中克隆了HMGS基因,为进一步阐明该基因在陆英萜类化合物代谢途径中的重要作用奠定基础。
- 姚元枝黎晓英郭文博刘宇魏麟
- 关键词：萜类化合物克隆
- 接骨草HMGR基因cDNA克隆、不同器官中的差异表达及生物信息学分析被引量：2
- 2015年
- 目的克隆接骨草Sambucus chinensis 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因并分析其差异表达。方法采用RT-PCR方法获得HMGR基因c DNA序列,并对HMGR蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三级结构预测分析,并预测该蛋白功能;利用实时荧光定量PCR方法检测HMGR基因在接骨草的根状茎、地上茎、叶、花中的表达情况。结果克隆获得的HMGR基因c DNA全长为1 626 bp,编码593个氨基酸。生物信息学预测HMGR蛋白含2个跨膜区,不含信号肽。HMGR基因主要在接骨草的花和地上茎中表达较高,其他器官表达相对较低。结论首次从接骨草中克隆了HMGR基因,为进一步阐明该基因在接骨草萜类化合物代谢途径中的重要作用奠定基础。
- 姚元枝黎晓英郭文博刘宇魏麟
- 关键词：实时荧光定量PCRDNA序列萜类化合物
- 鱼腥草HMGR基因cDNA克隆、差异表达及蛋白质结构分析
- 目的 克隆鱼腥草3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A 还原酶(HMGR)基因并分析其差异表达。方法 采用RT-PCR 方法获得HMGR 基因cDNA 序列并对HMGR 蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析，并预测了...
- 魏麟黎晓英刘胜贵王丹黄豪兰龙强蒋玉红郭文博伍贤进
- 关键词：鱼腥草萜类化合物
- 陆英HMGS基因cDNA克隆、不同器官中的差异表达及生物信息学分析
- 陆英Sambucus chinensis Lindl.为多年生草本植物,是一种传统中草药,具有抗氧化、抗病毒和抗肿瘤等功效,尤其对黄疸型和病毒性肝炎具有显著疗效,其发挥作用的主要成分均属萜类化合物.在高等植物中,萜类化合...
- 姚元枝黎晓英郭文博刘宇魏麟
- 关键词：萜类化合物克隆
- 鱼腥草HMGR基因cDNA克隆、差异表达及蛋白质结构分析被引量：7
- 2017年
- 目的克隆鱼腥草3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因并分析其差异表达。方法采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)方法获得HMGR基因cDNA序列并对HMGR蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析,并预测该蛋白功能;利用RT-PCR方法检测HMGR基因在鱼腥草的地下茎、地上茎、叶、花中的表达情况。结果克隆获得的HMGR基因cDNA全长为1 626 bp,编码541个氨基酸。生物信息学预测HMGR蛋白含2个跨膜区,不含信号肽。HMGR基因主要在鱼腥草的花中表达,其他器官中表达相对较低,地下茎中表达量最低。结论首次从鱼腥草中克隆了HMGR基因,为进一步阐明该基因在鱼腥草萜类化合物代谢途径中的作用奠定基础。
- 魏麟黎晓英刘胜贵王丹黄豪兰龙强蒋玉红郭文博伍贤进
- 关键词：鱼腥草萜类RT-PCRCDNA序列
