杨敏
- 作品数：14 被引量：13H指数：2
- 供职机构：中国科学院南海海洋研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技基础条件平台建设计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学一般工业技术自动化与计算机技术更多>>
- 神经坏死病毒衣壳蛋白核酸适配体的筛选
- 由神经坏死病毒(nervous necrosis virus,NNV)引起的鱼类病毒性神经坏死病是世界范围(除非洲以外)的一种鱼类流行性传染病,给各国海水养殖业造成了巨大的损失。
- 周伶俐李鹏飞杨敏俞也频黄友华魏世娜魏京广秦启伟
- 关键词：神经坏死病毒衣壳蛋白适配体
- 一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用
- 本发明公开一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用。在每轮筛选过程中，引入两次反筛的步骤，首先将前一轮的单链DNA文库与正常细胞结合，以去除与正常石斑鱼细胞结合的非特异ssDNA，然后将上清与被...
- 秦启伟李鹏飞魏世娜杨敏周伶俐俞也频
- 文献传递
- 一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用
- 本发明公开一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用。在每轮筛选过程中，引入两次反筛的步骤，首先将前一轮的单链DNA文库与正常细胞结合，以去除与正常石斑鱼细胞结合的非特异ssDNA，然后将上清与被...
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- 文献传递
- 青海湖不同支流中青海湖裸鲤的AFLP遗传多样性分析被引量：6
- 2015年
- 为研究青海湖不同支流中青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)群体间的遗传差异,我们对采自于不同支流中的群体进行了扩增片段长度多态性分析(AFLP)。应用10对多态性引物在6个青海湖裸鲤群体中共扩增位点348个,其中多态性位点184个,多态性条带占总扩增条带的比例为52.9%;筛选得到79个特异位点,构建了AFLP指纹图谱,根据谱带特征可以将不同支流中的青海湖裸鲤准确区分。遗传聚类分析对比结果表明:当遗传相似系数为0.87时,将六条河流的裸鲤归为为四支,沙柳河、甘子河、黑马河各归一支,哈尔盖河、泉吉河、布哈河为同一支。研究结果为青海湖裸鲤遗传多样性检测和亲本选育提供了技术参数,对青海湖裸鲤资源保护和人工增殖放流工作中野生亲鱼的选择策略具有指导意义。
- 王朝溪史建全卫福磊祁得林师园张娅祁洪芳杨敏秦启伟李长忠
- 关键词：支流裸鲤AFLP指纹图谱
- 一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用
- 本发明公开一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用。在每轮筛选过程中，引入两次反筛的步骤，首先将前一轮的单链DNA文库与正常细胞结合，以去除与正常石斑鱼细胞结合的非特异ssDNA，然后将上清与被...
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- 文献传递
- 一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用
- 本发明公开一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用。在每轮筛选过程中，引入两次反筛的步骤，首先将前一轮的单链DNA文库与正常细胞结合，以去除与正常石斑鱼细胞结合的非特异ssDNA，然后将上清与被...
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- 文献传递
- 鲽科10种鱼类核糖体ITS2序列比较分析被引量：2
- 2018年
- 为了解鲽科鱼类ITS2序列的多态性特征,本研究获得了鲽科10种鱼类310条ITS2序列,长度在419～486 bp之间。种内序列长度差异最小的为粒鲽(Clidoderma asperrima)(419～420 bp)和太平洋拟庸鲽(Hippoglossoides elassodon)(419～420 bp),其次为北岩鲽(Lepidopsetta polyxystra)(447～452 bp)和刺黄盖鲽(Limanda aspera)(457～463 bp),松木高眼鲽(Cleisthenes pinetorum)(452～462 bp)和圆斑星鲽(Verasper variegatus)(465～479 bp)的种内序列差异分别为10 bp和14 bp;其余4种鱼类根据长度差异(14～32 bp)分型为长(A型)、短(B型)序列类型,同时检测存在重组类型(R型),其中长度差异最大的是钝吻黄盖鲽(Pseudopleuronectes yokohamae)(454～486 bp),其次为尖吻黄盖鲽(P. herzensteini)(433～458 bp)、虫鲽(Eopsetta grigorjewi)(420～439 bp)、星突江鲽(Platichthys stellatus)(466～480 bp)。通过双参数模型(K2P)计算遗传距离可见,种内遗传距离多集中于0.002～0.027之间,仅星突江鲽和尖吻黄盖鲽因类型差异导致较高数值(0.043和0.053);不同物种间遗传距离在0.046～0.180之间。10种鱼类ITS2的GC含量为63.95%～70.16%;9种鱼类的二级结构均为具有5个分支(HelixⅠ～Ⅴ)的闭合环状结构,仅圆斑星鲽中由于存在HelixⅣ变异形成HelixⅣ-a和HelixⅣ-b而具有6个分支。基于ITS2构建的鲽科10种鱼类的系统进化树显示,不同种鱼类的克隆序列均单独聚支。序列的多态性特征分析表明,在具有不同序列类型的虫鲽、星突江鲽、尖吻黄盖鲽和钝吻黄盖鲽4种鲽科鱼类中,ITS2以非协同进化的方式存在,而其他6种鱼类为协同进化;虽然存在种间K2P遗传距离小于种内的个例,但ITS2在属间不同物种的区分上具有适用性。本研究结果丰富了鲽形目鱼类的ITS2数据,也将为鱼类的核糖体RNA序列多态性的研究提供科学依据。
- 杨敏孔晓瑜孔晓瑜时伟
- 关键词：鲽科ITS2多态性协同进化
- 长臂缨鲆核糖体RNA基因序列多态性特征分析
- 2019年
- 为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombuskobensis(Jordan&Starks,1906)核糖体RNA基因的序列多态性特征,本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚类分析以及重组检测,结果显示5.8S (158bp)无长度变异,而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性,并可分为不同序列类型:18S (1856～1893 bp)有4种序列类型A、B、C和R; 28S (967～974bp)和ITS1 (407～505bp)均有3种类型A、B和R;ITS2(423～447bp)存在2种类型A和B。此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚,并且ITS2(71.14%)>ITS1(65.37%)>28S(62.22%)>5.8S(57.67%)>18S(54.95%)。对具有不同序列类型的18S、28S和ITS进行真、假基因推断时,通常的判别特征不足以提供有力依据,因此增加了与4种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopongrandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对。各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示:18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致,而其他序列类型则不同; ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失,因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因,而其他类型为假基因。ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性,没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断。长臂缨鲆核糖体RNA基因中, 5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式,而其他4个基因片段为非协同进化的方式。
- 杨敏孔晓瑜孔晓瑜时伟
- 关键词：核糖体RNA基因多态性假基因
- 5科11种鱼类ITS1特征分析及其在系统分类研究中的适用性被引量：6
- 2018年
- 为了探讨ITS1作为分子标记用于鱼类系统演化的适用性,实验选取鲈形目5科11种鱼类为研究对象,包括尖吻鲈科、射水鱼科、军曹鱼科、剑鱼科和鲹科。通过克隆和测序等技术共获得了348条ITS1序列,长度范围为442~661 bp;通过对所有序列的长度、变异位点数量、GC含量、核苷酸多样性及单倍型多样性指数等遗传特征比较分析发现,11种鱼类ITS1序列无论是在种内还是在种间,长度和序列都表现出较为明显的多态性。特别是在军曹鱼中,70条克隆的长度范围为648~661 bp,但有一条序列存在55 bp缺失,结合该序列的GC含量,二级结构和最小自由能,推断该序列为假基因。以鮣为外类群,基于核糖体ITS1序列构建的邻接树显示在物种种类水平上,不同个体的克隆都按种类聚支,ITS1可以用于该类群物种的区分;在属级水平上,ITS1将11属鱼类完全区分开,能够用于属级水平的区分;在科级水平上,虽然鲹科分为2支的分子结果和形态分类存在差异,但ITS1构建的系统关系与线粒体分子标记构建的系统进化树相似。研究表明,核糖体ITS1可以作为一种有效的分子标记用于研究鱼类的系统分类研究,并且不同的分类阶元其解析能力不同,这将为鱼类核糖体的研究提供科学依据。
- 武宝生司李真孔晓瑜时伟杨敏
- 关键词：鲈形目鲹科假基因
- 一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用
- 本发明公开一种用于检测石斑鱼虹彩病毒感染的DNA核酸适配体及其筛选方法和应用。在每轮筛选过程中，引入两次反筛的步骤，首先将前一轮的单链DNA文库与正常细胞结合，以去除与正常石斑鱼细胞结合的非特异ssDNA，然后将上清与被...
- 秦启伟李鹏飞魏世娜杨敏周伶俐俞也频
