董新龙
- 作品数：8 被引量：41H指数：4
- 供职机构：扬州大学动物科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家肉鸡产业技术体系建设专项国家自然科学基金国家肉羊产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘被引量：8
- 2017年
- 鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只(高产组4只、低产组4只)300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。
- 董新龙张向前韩昆鹏凌姣姣张跟喜王金玉王永娟
- 关键词：京海黄鸡新基因功能注释
- 绵羊Izumo1基因多态性及其与产羔数关联分析被引量：2
- 2020年
- 为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135A>G和g.54412107C>A 2个位点。Izumo1基因g.54412135A>G位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107C>A在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(P<0.01);群体遗传学分析得出g.54412135A>G多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PIC<0.25);g.54412107C>A多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25G和g.54412107C>A位点的不同基因型与小尾寒羊不同胎次产羔数之间不存在显著关联(P>0.05)。
- 胡文萍董新龙董新龙汤继顺刘秋月汤继顺刘秋月王翔宇狄冉张效生张金龙
- 关键词：绵羊克隆多态性SNP产羔数
- 京海黄鸡中HOXC10基因表达规律及其生物信息学分析被引量：2
- 2016年
- 同源异型盒基因（homeobox genes,HOX）是在酵母乃至人类等几乎所有的真核细胞中均表达的一类基因。为了探究HOXC10基因表达规律及其生物信息学,采用qRT-PCR方法研究HOXC10基因在8周龄京海黄鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、腿肌、下丘脑和卵巢组织中的表达规律,检测其在300日龄高、低产组卵巢组织的表达差异,并通过多种在线软件对原鸡HOXC10基因进行生物信息学分析。结果显示,HOXC10基因在京海黄鸡腿肌中表达丰度极显著高于其他组织（P〈0.01）,且300日龄高产组中HOXC10基因表达丰度显著低于低产组（P〈0.05）。原鸡HOXC10基因序列与火鸡、野鸽、绿头鸭、人、小鼠、牛、猪、山羊及非洲爪蟾的同源性分别为77.4%、94.8%、98.6%、68.3%、67.9%、66.0%、59.0%、68.1%和79.4%;HOXC10基因共编码354个氨基酸,其中丝氨酸的含量最高,潜在的磷酸化位点有24个,在280~342的氨基酸序列内存在一个同源结构域,蛋白质亚细胞主要定位在细胞核中,且不包含跨膜结构。HOXC10基因在京海黄鸡生长和繁殖的基因调控网络中发挥了重要作用。
- 张向前董新龙凌姣姣韩昆鹏张涛王金玉王永娟
- 关键词：京海黄鸡组织表达分析生物信息学
- 优质肉鸡S3系IGFBP-2和STAT5b基因多态性与繁殖性状的相关性分析被引量：1
- 2016年
- 以优质肉鸡S3系产蛋母鸡为材料,采用PCR-SSCP技术研究IGFBP-2基因内含子3和STAT5b基因内舍子13序列的多态位点,并分析多态位点对繁殖性状的影响。结果表明:在IGFBP-2基因内含子3检测到1个多态位点,形成2种基因型,该位点为中度多态,但2种基因型繁殖性状间无显著差异;在STAT5b基因内含子13检测到1个多态位点,形成3种基因型,该位点也为中度多态,BB基因型开产日龄显著早于AA基因型,但其余性状间无显著差异。2个基因的多态性对优质肉鸡S3系繁殖性状的影响不大。
- 张向前吴鹏飞董新龙凌姣姣黎寿丰张跟喜王金玉
- 关键词：PCR-SSCPIGFBP-2STAT5B繁殖性状
- 京海黄鸡Myf5基因表达谱及表达规律被引量：4
- 2016年
- 为了探究Myf5基因的表达谱和表达规律,研究其可能的作用机理,本研究根据GenBank上的原鸡(Gallus gallus)Myf5基因cDNA序列,跨内含子设计1对荧光定量引物,采用实时荧光定量PCR技术检测Myf5基因在不同组织的表达情况,绘制其组织表达谱;并选取4个时间点,检测在高表达组织中的表达情况,以研究其表达规律。结果显示,无论是在公鸡还是母鸡中,Myf5基因均在胸肌和腿肌中的表达量最高。在公鸡的其他组织中表达量很低或几乎不表达,母鸡中,除在卵巢中有少量表达外,其他组织中表达量很低或几乎不表达。无论是在公鸡腿肌和胸肌中,还是在母鸡腿肌和胸肌中,Myf5基因的表达量总体呈下降趋势,在16周龄接近体成熟时表达量最低。本研究揭示了京海黄鸡(Gallus gallus)Myf5基因的表达谱以及随肌肉生长发育的表达规律,为进一步研究Myf5基因的作用机理、表达调控以及与MyoG基因相互作用机理奠定基础。
- 张涛张向前董新龙张跟喜王金玉樊庆灿王文浩王永娟
- 关键词：MYF5京海黄鸡表达谱
- 京海黄鸡4个肉质性状的全基因组关联分析被引量：5
- 2015年
- 肉质性状对于家禽产业来说非常重要。为了获得影响鸡肉质性状的SNPs以及候选基因,本研究使用Illumina公司的鸡60K SNP芯片,对京海黄鸡的4个肉质性状(FLM、FBM、PLM、PBM)进行全基因组关联分析。结果表明:共鉴定出9个与肉质性状显著关联的SNPs位点,其中,有2个SNPs达到5%Bonferroni全基因组显著水平(P<1.8E-6),7个SNPs位点达到5%Bonferroni全基因组潜在显著水平(P<3.59E-6)。9个SNPs定位于LOC101747478、CBLN2、HPGDS、SETD2、ANKRD46、ZFPM2和GRM4 7个基因的附近或内部,该7个基因可能为影响京海黄鸡4个肉质性状的重要候选基因。构建5 650种单倍型,单倍型分析表明,只有一种单倍型与FLM性状显著相关。以上结果显示,本研究发现的9个SNPs和7个基因可能为影响京海黄鸡4个肉质性状的重要候选标记和基因。
- 张向前董新龙凌姣姣樊庆灿张跟喜王金玉王永娟
- 关键词：京海黄鸡全基因组关联分析肉质性状单倍型
- 不同鸡品种IGF-I基因5′调控区TrulⅠ位点的多态性分析
- 2015年
- 胰岛素样生长因子-I是调节动物生命活动重要的多肽生长因子之一,它对动物的生长发育及代谢有重要的调控作用。本研究根据Gen Bank中发表的鸡胰岛素样生长因子I基因(IGF-I)的序列针对5′调控区的TrulⅠ位点设计1对引物。采用PCR-RFLP技术检测边鸡、京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡TrulⅠ位点的多态性,并试图探索Trul I位点的多态性和边鸡经济性状的关系。结果表明:边鸡、京海黄鸡和尤溪麻鸡TrulⅠ位点存在多态性,而AA鸡不存在多态性;在京海黄鸡和尤溪麻鸡中形成AA、AB和BB 3种基因型,在边鸡中仅存在AA和AB基因型,基因型分布在4个鸡品种中并不一致。该位点能否作为边鸡经济性状的一个遗传标记有待进一步研究。
- 张向前董新龙李虹凌姣姣张跟喜王金玉
- 关键词：多态性
