王茂春
- 作品数：14 被引量：1H指数：1
- 供职机构：东华大学更多>>
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- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 一种利用荧光PCR技术对小鼠的分型鉴定方法
- 本发明涉及一种利用荧光PCR技术对小鼠的分型鉴定方法，利用荧光PCR引物，经PCR扩增后将产物与已知片段大小的ROX混合，利用377测序，使用Genemapper软件计算出PCR产物的大小，从而达到鉴定小鼠基因型的目的，...
- 肖君华李雨王茂春仝莉周宇荀
- 文献传递
- 小鼠后肢特异表达基因的筛选及验证
- 2019年
- 目的对比小鼠前后肢基因表达谱的变化,筛选小鼠后肢特异表达的基因。方法通过NCBI GEO数据库查找小鼠前后肢基因表达芯片,使用Transcriptome Analysis Console软件对原始数据(5个前肢E10. 5 d芯片及4个后肢E10. 5 d芯片)进行质控,利用差异倍数为2倍以上或0. 5倍以下及P值小于0. 05进行数据过滤,绘制差异表达基因的火山图,并进行聚类分析,构建后肢特异表达基因的相互作用分子网络图。结果小鼠胚胎E10. 5d后肢相较于前肢的差异表达的基因共有275个,其中上调的基因45个,下调的基因230个,构建了后肢特异表达的差异基因分子网络图,找到后肢特异表达核心基因,使用q PCR检测部分后肢特异表达的基因,结果与芯片结果一致。结论应用小鼠表达谱芯片成功筛选出后肢特异表达的基因,为哺乳动物肢体发育的研究提供基础。
- 王茂春段维旺李凯周宇荀肖君华
- 关键词：基因芯片小鼠
- 特异性逆转录microRNA-505的高效茎环引物的设计
- 2015年
- 目的:构建一个高效且特异性的逆转录茎环引物,以准确定量检测小鼠的mi RNA-505基因,同时探讨茎环引物的结构对逆转录效率的影响。方法:规律性地改变通用茎环引物的茎部和环部的碱基结构,再进行不同的组合,利用逆转录-聚合酶链式反应(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)技术,探寻效率最高的茎环引物。结果:当固定茎部结构为14对碱基,规律性改变环部碱基个数(15,18,21),经RT-PCR检测的CT值无差异,均为28.5;当固定环部结构为21个碱基,CT值随茎部碱基对(8,11,14)规律性地延长而逐渐增大;当环部结构为21个碱基,茎部结构为8对碱基时CT值最小,为26.7。结论:环部结构对茎环引物的效率无贡献;当环部结构为21个碱基,茎部结构为8对碱基时,茎环引物的效率和特异性是最佳的,适用于准确检测小家鼠的mi RNA-505基因。
- 熊黎仝莉王茂春周宇荀李凯肖君华
- 关键词：MI逆转录
- 基于表达谱芯片数据的小鼠高脂响应基因挖掘
- 2020年
- 为进一步挖掘小鼠高脂响应基因并阐明其分子机制,采用生物信息学方法分析正常和高脂诱导小鼠肝脏的基因表达谱芯片,鉴定出82个与小鼠高脂响应相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。对DEGs进行基因本体(gene ontology,GO)分析,结果显示这些DEGs主要参与了胆固醇运输、类固醇生物合成和脂质稳态等生物学过程。京都百科全书基因和基因组(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析结果表明,DEGs主要和系统性红斑狼疮、类固醇激素生物合成、胆固醇代谢等通路有关。对DEGs构建蛋白蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,通过cytoHubba计算得到Pcsk9、Lpl、Cd68、Saa3、Lgals3、Cxcl9、Orm2、Abcg5、H2-Ab1、Lyz2、Anxa5、Anxa2等12个关键基因(hub genes),其中,Pcsk9、Lpl、Abcg5为已报道的血脂代谢相关基因,其余9个为新发现的小鼠高脂响应基因。研究结果将有助于阐明小鼠高脂响应基因的机制,为血脂代谢相关分子机制研究提供理论基础。
- 段维旺王茂春崔茂生汤晨赵莹李凯周宇荀肖君华
- 关键词：高脂差异表达基因生物信息学脂代谢
- miR-505-3p对GT1-7细胞株基因表达谱的影响
- 2016年
- 目的了解微小RNA 505-3p(miR-505-3p)对下丘脑GnRH神经元GT1-7稳转细胞株表达谱的影响。方法用慢病毒转染GT1-7细胞获得稳定表达miR-505-3p的细胞株,感染实验分为3组:空白对照组(未经处理的GT1-7细胞),阴性对照组(感染pLenti6.3-nc空病毒),实验组(感染pLenti6.3-miR-505-3p病毒)。采用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)技术检测稳定细胞株中miR-505-3p的表达丰度,并进一步利用芯片检测对照组和实验组细胞的表达谱结合生物信息学方法探寻差异表达基因。采用GO分析和Pathway分析差异表达基因,解析miR-505-3p的功能。结果在稳定表达miR-505-3p的GT1-7细胞中,165个基因的表达量变化在2倍以上,这些基因主要参与细胞粘附、GTP分解代谢、神经系统发育等生物过程。结论 miR-505-3p可能通过影响下丘脑GnRH神经元中相应靶基因的表达调控细胞粘附、GTP分解代谢、神经系统发育等生物过程,和间隙连接、轴突导向和胃酸分泌等信号通路。
- 仝莉李雨王茂春周宇荀肖君华
- 关键词：表达谱
- 利用荧光PCR技术对Crispr/Cas9敲除microRNA505的小鼠进行鉴定
- 2016年
- 利用荧光PCR技术对Crispr/Cas9系统敲除的micro RNA 505小鼠进行鉴定,能快速检测出敲除小鼠的基因型,有效加快敲除小鼠基因功能验证的进程。首先,在Crispr/Cas9系统敲除的基因位点区域设计PCR引物,并在上游引物的5′端使用羟基荧光素(5-carboxyfluorescein,FAM)荧光修饰。模板经过PCR的扩增后,将PCR产物与已知片段大小的6-羧基-X-罗丹明琥珀酰亚胺酯(6-carboxy-X-rhodamine,ROX)混合,在377测序仪上通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。随后,根据相对分子质量内标法计算出PCR产物大小,从而达到鉴定小鼠基因型的目的。将上述荧光PCR技术应用于实践发现,两只奠基鼠、16只F1代小鼠以及26只F2代小鼠都能得到准确的鉴定,其中包括microRNA 505基因区段被敲除了17 bp和23 bp。因此,利用荧光PCR技术可以快速、准确地鉴定Crispr/Cas9敲除小鼠。
- 仝莉王茂春李雨李凯周宇荀肖君华金力
- 关键词：荧光PCR技术基因型鉴定
- 二代测序应用于检测GT1-7细胞中KISS1和GnRH启动子的DNA甲基化状态的研究被引量：1
- 2017年
- 目的:利用二代测序技术检测GT1-7细胞中KISS1和GnRH基因启动子范围内的甲基化状态,并用金标准的亚硫酸氢盐修饰后的克隆测序作为对照,比较二代测序与金标准克隆测序在研究DNA甲基化检测中的差别。方法:提取GT1-7细胞基因组DNA并进行亚硫酸氢盐处理。进行巢式PCR,将PCR产物进行二代测序。同时采用金标准的亚硫酸氢盐修饰后克隆测序的方法作为对照,对相同批次的PCR产物进行克隆测序。结果:PCR产物二代测序结果表明KISS1和GnRH两个基因的27个CpG甲基化位点信息完整,结果准确。挑取10个克隆进行一代测序结果表明序列无丢失,KISS1和GnRH两个基因的27个CpG甲基化位点信息完整。结论:利用高通量的二代测序技术能够有效的对DNA甲基化的PCR产物进行检测,二代测序和克隆测序都是研究DNA甲基化的有效方法,但前者与克隆测序相比每一个读取序列(reads)都相当于一个单克隆,且二代测序每个区段得到成百上千个reads,因此二代测序结果更加精确。
- 贾梅兰王茂春徐园周宇荀李凯肖君华
- 关键词：启动子甲基化克隆测序
- 一种用于等位基因PCR的发夹修饰引物
- 本发明涉及一种发夹修饰的AS‑PCR引物、试剂盒及其在SNP检测中的应用。在一个PCR内即可完成基因型识别的扩增，包括在前两个循环利用发夹结构的引物，减少多重二聚体的产生，同时发夹的存在提高了3’末端碱基识别的特异性；以...
- 肖君华王茂春董晶晶
- qPCR array检测分析C57BL/6小鼠胚胎后肢发育基因表达谱
- 2018年
- 目的:胚胎生育过程中因肢体发育异常造成的出生缺陷比率不低,其相关基因表达模式尚不明确。本实验通过建立实时定量PCR芯片(Real-time quantitative polymerasechain reaction array,qPCR array)检测方案,研究C57BL/6品系小鼠后肢发育相关基因的表达谱。方法:以同源异形盒基因家族(Hox)、Wnt5a、配对同源结构域基因(Pitx1)、成纤维生长因子(Fgf8)、音猬因子(Shh)等小鼠肢体发育相关的重要基因制作基因检测表达谱,以C57BL/6品系怀孕雌鼠为材料,取胚胎肢芽发育的四个关键时期(E10.5,E11.5,E12.5,E13.5)的胎鼠后肢,利用qPCR array方案检测表达谱中基因的相对表达水平差异。结果:通过已建立的qPCR array检测了C57BL/6品系小鼠胚胎后肢发育时期Hox家族、Wnt5a、Pitx1、Fgf8、Shh等基因的表达差异。以E10.5为对照,检测出在后肢发育时期基因呈三种表达模式,即Hoxb6、Hoxb8、Hoxc8、Hoxc9、Hoxc10、Hoxd9和Shh基因的表达水平呈上调;Hoxa11、Hoxa13、Hoxc12、Hoxc13、Hoxd13等基因表达出现下调;Hoxc9、Hoxc10、Hoxc11、Hoxd9、Hoxd12、Fgf8和Pitx1等基因的相对表达量呈先上调后下调的曲线表达模式,且有少部分基因在小鼠后肢发育时期表达水平无明显变化。结论:Hox家族、Wnt5a、Pitx1、Fgf8、Shh等基因在小鼠后肢发育时期表达,并且表达模式存在明显差异。
- 杨柳王茂春肖君华周宇荀李凯曲妍佳
- 关键词：HOX基因
- 一种用于等位基因PCR的发夹修饰引物
- 本发明涉及一种发夹修饰的AS‑PCR引物、试剂盒及其在SNP检测中的应用。在一个PCR内即可完成基因型识别的扩增，包括在前两个循环利用发夹结构的引物，减少多重二聚体的产生，同时发夹的存在提高了3’末端碱基识别的特异性；以...
- 肖君华王茂春董晶晶
- 文献传递
