郭亚
- 作品数：6 被引量：17H指数：3
- 供职机构：上海交通大学系统生物医学研究院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 检测原钙粘蛋白基因簇γ的方法及试剂盒
- 本发明涉及一种生物技术领域的检测原钙粘蛋白基因簇γ(PCDHG)的方法及试剂盒，所述方法包括如下步骤：(a)抽提出组织或细胞内的总RNA，反转录获得cDNA；(b)以cDNA为模板，PCR扩增目的片段；(c)通过检测PC...
- 吴强郭亚汤元霄
- 文献传递
- 检测原钙粘蛋白基因簇γ的方法及试剂盒
- 本发明涉及一种生物技术领域的检测原钙粘蛋白基因簇γ(PCDHG)的方法及试剂盒，所述方法包括如下步骤：(a)抽提出组织或细胞内的总RNA，反转录获得cDNA；(b)以cDNA为模板，PCR扩增目的片段；(c)通过检测PC...
- 吴强郭亚汤元霄
- 采用DNA片段编辑技术反转CTCF结合位点改变基因组拓扑结构和增强子与启动子功能被引量：5
- 2015年
- 人类的祖先很早就观察到生物性状的遗传现象，但是直到19世纪60年代孟德尔发现遗传因子的分〈br〉 离定律和自由组合定律，遗传学才真正建立并快速发展起来。尽管人类很快有了基因的概念，并认识了核酸和蛋白质，但直到1953年沃森和克里克阐明了DNA的双螺旋结构之后，人类对基因才有了本质的认识，从而开启了分子遗传学时代。随着人类基因组计划测序工作的完成以及最近大规模测序技术的突破，越来越多的研究发现很多遗传疾病相关位点不仅位于启动子和基因编码区，而且也大量地存在于调控组织发育基因表达的增强子中。更多的遗传疾病相关位点则位于功能未知的基因组区域。近年研究发现这些遗传疾病相关位点可能与三维基因组（3D genome）息息相关并通过染色体高级拓扑架构（Higher-order topological chromosome architec-ture）起作用。
- 郭亚吴强
- 关键词：启动子功能DNA片段拓扑结构增强子结合位点CTCF
- 人类原钙粘蛋白基因簇调控元件的克隆及对其启动子活性的影响被引量：3
- 2014年
- 人类原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含53个成串排列非常相似的基因,组成3个紧密相连的基因簇(α,β和γ)。原钙粘蛋白基因簇γ通过启动子选择性表达产生神经元细胞膜表面的分子多样性,但是,该多样性产生的分子机制还不清楚。调控元件HS7L和HS5-1aL作为候选的增强子可能具有调控Pcdhγ基因表达的作用。利用分子克隆的方法,将调控元件HS7L和HS5-1aL分别克隆至包含γa9、γa10、γb3、γb7和γc3启动子的荧光素酶报告基因的下游。通过荧光素酶报告基因试验检测其对该5种Pcdhγ启动子活性的影响,发现HS7L对5种启动子活性具有增强作用,HS5-1aL对γa10启动子活性具有增强作用。之后,通过基因沉默绝缘子CTCF,发现下调CTCF不仅降低γb1基因表达,而且能够显著降低γb1启动子报告基因活性。试验结果表明调控元件HS7L和HS5-1aL能够增强Pcdhγ启动子活性,推测可能通过CTCF介导的增强子-启动子相互作用调控Pcdhγ的细胞特异性基因表达。
- 吴海洋郭亚李伟吴强
- 原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF结合位点分析被引量：14
- 2016年
- 哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)以及神经突触信号转导中发挥重要作用。前期的工作已证实转录因子CTCF(CCCTC-binding factor)与CTCF结合位点(CTCF-binding site,CBS)的方向性结合能够决定增强子和启动子环化的方向以及其远距离交互作用的特异性,并进一步在Pcdh基因座(Locus)形成两个(Pcdh?和Pcdh?)染色质拓扑结构域(CTCF/cohesin-mediated chromatin domain,CCD),而且染色质拓扑结构域对于控制基因表达调控至关重要。本文通过生物信息学方法对比人类和小鼠序列,发现Pcdh??染色质拓扑结构域调控区域中的DNase I超敏位点(DNase I hypersensitive sites,HSs)较为保守。染色质免疫沉淀及大规模测序实验(Chromatin immunoprecipitation and massive parallel sequencing,Ch IP-Seq)揭示CBS位点在Pcdh??调控区域中成簇分布并且具有相同的方向。凝胶电泳迁移实验(Electrophoresis mobility shift assay,EMSA)确定Pcdh??调控区域内具体的42 bp CBS位点并且发现一个CTCF峰包含两个CBS位点。在全基因组范围内,运用计算生物学方法分析CTCF和增强子、启动子等调控元件的关系,发现CBS位点在调控元件附近有较多分布,推测CTCF通过介导增强子和启动子的特异性交互作用,在细胞核三维基因组内形成活性转录枢纽调控基因精准表达。
- 翟亚男许泉郭亚吴强
- CTCF蛋白介导的DNA相互作用构建规律
- 真核生物基因组在增强子、启动子和绝缘子等DNA元件的组织下，形成高度有序的结构，辅助基因组实现复杂而精细的转录调控。绝缘子结合蛋白CTCF（CCCTC-binding factor)在cohesin的辅助下特异性地介导基...
- 郭亚
- 关键词：人神经母细胞瘤
- 文献传递
