蒋璐
- 作品数：10 被引量：29H指数：4
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- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 陆地棉油菜素内酯信号基因GhBES1家族的鉴定及表达分析被引量：3
- 2017年
- BES1基因是植物激素油菜素内酯信号转导过程中的重要转录因子,为了解陆地棉油菜素内酯信号基因Gh BESI家族,通过对陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库的全面分析和鉴定,获得21个GhBES1基因,这些基因分布在不同的亚基因组,有9对基因在A亚组和D亚组上存在对应关系,AD亚组对应基因序列一致性高于95%。根据进化分析,21个GhBES1基因分为4个亚家族,除了亚家族Ⅲ,其他3个亚家族在拟南芥中均有对应基因;除了亚家族Ⅳ基因和亚家族Ⅱ中GhBES1-1基因外,其他GhBES1基因均有2个外显子。亚细胞定位结果表明,21个GhBES1蛋白主要定位到细胞核、细胞质等部位,其中7对基因的蛋白亚细胞定位完全一致。GhBES1基因在根、茎、叶、顶端分生组织中均有表达,但不同亚家族基因在不同组织中的表达水平存在差异。研究结果为棉花GhBES1基因家族功能的深入研究奠定了基础。
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- 关键词：陆地棉系统进化分析基因表达
- 陆地棉GhZIP基因家族全基因组分析被引量：5
- 2015年
- ZIP基因家族是生物体内非常重要的一类金属阳离子转运蛋白基因家族,通过对陆地棉基因组的全面分析和鉴定,获得GhZIP基因家族系统性的生物学信息。运用比较基因组学的方法,从陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库中鉴定出45个GhZIP基因,这些基因分布在除了A04、A09、D04和D09号亚基因组以外的22个亚基因组,D亚组比A亚组多5个GhZIP基因,有16对基因在A亚组和相对的D亚组上存在一一对应关系。有44个GhZIP基因具有跨膜结构,其中有36个GhZIP基因的跨膜结构域是6~9个,具有His富集区序列并位于膜内侧可变区的有20个GhZIP基因,只有1个GhZIP基因亚细胞定位不在细胞质膜。对NCBI中陆地棉的EST数据库做比对统计,有21个GhZIP基因没有可匹配的EST序列,其他24个GhZIP基因在棉花的根、茎、叶、花、胚珠、纤维等组织中广泛表达,其中有18个基因在根和/或茎中表达。研究结果为GhZIP基因的克隆和功能研究提供了理论基础。
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- 关键词：棉花
- 菊科植物青蒿细胞色素P450基因家族分析被引量：2
- 2015年
- 从NCBI中下载了青蒿P450全部全长序列,经过一致性鉴定,共获得41个P450单加氧酶基因。根据P450标准命名规则,这41个基因分布在3个基因簇的11个家族中。与水稻、拟南芥P450氨基酸序列比对发现,拟南芥中所特有的CYP82、CYP83和CYP716 3个家族在青蒿中出现,而水稻特有的CYP92家族在双子叶植物青蒿中也存在。对青蒿P450蛋白质的理化性质和结构特性进行了分析,二级结构分析结果表明,青蒿P450蛋白质的二级结构以α-螺旋为主。
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- 关键词：青蒿细胞色素P450生物信息学
- 陆地棉PHYB基因生物信息学分析（英文）
- 2016年
- [目的]对陆地棉PHYB基因有一个全面的认识和生物信息学分析。[方法]在陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库中共鉴定获得2个PHYB基因,这2个基因分别分布在A10和D10亚基因组。利用生物信息学方法对这两个基因进行初步分析。[结果]棉花的PHYB具有其他植物PHYB相同的基序和结构域,不管是数目还是分部位置都比较一致;不同植物的PHYB氨基酸序列同源性比对及构建的进化树都显示棉花的PHYB同可可的在同源性和进化关系上都是最高的,同水稻、玉米等单子叶植物的同源性及进化关系较低;基因结构的比对结果同样显示植物PHYB基因在进化上比较保守;棉花PHYB存在几十个可能磷酸化的位点,这些位点的磷酸化作用可能影响光敏色素的功能及其介导的信号通路。[结论]该研究结果为陆地棉PHYB基因的克隆和功能研究提供了理论基础。
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- 关键词：陆地棉生物信息学
- 陆地棉EPSPS基因全基因组分析被引量：2
- 2016年
- 当前在NCBI中提交的来源于陆地棉的EPSPS基因有2个,随着陆地棉基因组测序结果的公布,为在陆地棉基因组中全面鉴定EPSPS基因的存在提供了便利条件。从陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库中共搜寻获得4个EPSPS同源基因,这4个基因分别分布在A07、A12、D07和D12亚基因组。从这4个基因的核苷酸序列、氨基酸序列和基因结构的比对,构建进化树的系统发育分析以及基因的转录情况研究来看,定位在A07和D07亚基因组的2个基因属于共线性高度同源基因,定位在A12和D12亚基因组的2个基因也是相同的情况。序列比对结果表明,已经在NCBI中提交的2个EPSPS基因分别是定位在A12和D12亚基因组上的基因,研究结果为定位在A07和D07亚基因组上EPSPS基因的克隆和功能研究提供了基础理论依据。
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- 关键词：陆地棉
- 菊科植物青蒿细胞色素P450基因家族分析（英文）
- 2016年
- 菊科植物青蒿由于体内含有青蒿素-目前世界公认的抗疟疾首选药物,而倍受科学家的关注。本研究从NCBI中下载到青蒿P450全部全长序列,经过一致性鉴定,共获得41个P450单加氧酶基因。根据P450标准命名规则,这41个基因分布在3个基因簇的11个家族中。与水稻、拟南芥P450比对发现,拟南芥中所特有的CYP82、CYP83和CYP716中有3个家族在青蒿中出现,而水稻特有的CYP92家族在双子叶植物青蒿中也存在。对青蒿P450蛋白的理化性质和结构特性进行了分析,次级结构分析表明,青蒿P450蛋白二级结构极其相似,其高级结构以α-螺旋为主。
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- 关键词：青蒿细胞色素P450生物信息学
- 西红花苷的生物合成及CCD家族基因研究进展被引量：4
- 2016年
- 西红花苷属于脱辅基类胡萝卜素化合物,是中国传统珍贵药材西红花(藏红花)的主要活性成分。为解析西红花苷合成途径及明确参与该途径的基因功能,本文系统综述了西红花苷的结构特征、生物合成过程及前体物质、西红花苷合成过程中类胡萝卜素裂解双加氧酶(CCD)家族基因(CCD1、CCD4、CCD7、CCD8)的功能及表达特征等方面的研究进展。指出了西红花苷合成途径及关键基因现阶段研究中存在的问题,认为随着分子生物学技术的发展,更多参与西红花苷合成途径的基因将被挖掘鉴定,有助于明确西红花苷合成途径。
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- 关键词：西红花苷生物合成途径
- 西红花CCD家族基因序列分析及表达特性被引量：8
- 2017年
- 西红花苷属于脱辅基类胡萝卜素化合物,是中国传统珍贵药材西红花(藏红花)的主要活性成分。CCDs(类胡萝卜素裂解双加氧酶)是催化玉米黄质形成西红花苷等脱辅基类胡萝卜素的重要酶,为了解西红花CCD家族基因的差异,本研究从NCBI数据库中检索获得11个西红花CCD家族基因,对基因序列及表达特性进行分析。结果表明,西红花CsCCD家族基因包括CCD1、CCD4、CCD7、CCD8 4个亚基因家族,各个亚家族的基因序列较为保守、编码的蛋白质三维结构存在差异。通过表达分析发现不同CsCCD基因在不同花器官中的表达特性存在明显差异,这一结果与通过转录组测序得到的CsCCD基因表达水平相符。推测不同CsCCD基因在西红花苷合成过程中的功能存在差异。
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- 关键词：西红花
- 甜菊糖苷积累与其生物合成基因表达的关系被引量：4
- 2017年
- 为探究甜叶菊叶片中甜菊糖苷积累与其合成途径上关键基因表达的关系,本研究分别检测了鑫丰3号苗期不同冠层和3个不同品种甜叶菊(守田3号、江甜3号、谱星1号)收获期混合叶片样品中多种糖苷的含量,同时定量检测对应样品中甜菊糖苷合成关键基因的表达水平。结果显示,总糖苷在鑫丰3号顶叶中最高,底叶中最低,而多数检测基因(6/8)表达水平也在顶叶最高底叶中最低;单一糖苷甜菊苷在顶叶中积累最高,而其催化酶编码基因Sr UGT74G1表达也在顶叶中最高;莱鲍迪苷A则在底叶中积累最多,其催化酶编码基因Sr UGT76G1表达水平也在底叶中表达最高。3个品种相比,总糖苷和莱鲍迪苷A的积累在江甜3号中最高,谱星1号中最低;甜菊苷的积累在守田3号中最高,江甜3号中最低,但基因表达水平与糖苷积累趋势一致的类似结果并未在不同品种间出现。由此可知,甜菊糖苷合成基因的表达水平可以影响总糖苷的积累,且在同一甜叶菊品种中单一糖苷合成调控基因的表达水平可以反映其调控的单糖苷的积累量。
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- 关键词：甜叶菊冠层甜菊糖苷基因表达
- 甜叶菊中新KAH基因的克隆及表达模式分析被引量：2
- 2017年
- 为进一步揭示甜菊糖苷生物合成途径的分子调控机制,探究甜菊糖苷在甜叶菊叶片中积累差异原因。从不同甜叶菊材料中分别克隆关键分支点酶KAH的编码基因,并对获得的核苷酸序列进行生物学功能分析和预测。结果显示,最终共获得6条高度同源的核苷酸序列,个别关键碱基的突变造成序列开放读码框位置和大小的显著差异,共预测获得7个不同KAH编码基因。KAH1、KAH2同时存在于SR1、SR3、鑫丰3号、谱星1号和守田3号中,KAH3存在于江甜1号和守田3号中,KAH4存在于江甜3号中,KAH5、KAH6、KAH7均存在于SR2中且Sr KAHs在甜菊糖苷积累多的品种和组织部位中表达更高。7个KAH基因均含有P450保守结构域且均属于CYP716家族成员;亚细胞定位预测KAH2和KAH4定位于细胞质其他5个均定位在叶绿体中。甜叶菊中KAH编码基因的数目、氨基酸长度及在亚细胞结构的定位差异或许是导致甜叶菊不同品种和组织中Sr KAHs表达和功能差异的主要原因并最终糖苷的积累差异。
- 朱静雯郭书巧束红梅巩元勇蒋璐倪万潮
- 关键词：甜叶菊甜菊糖苷
