王广超
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
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- 支持向量机预测食管鳞癌患者术后生存期被引量：1
- 2015年
- 目的应用支持向量机(support vector machine,SVM)建立食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)术后生存期预测模型并评估该模型判断ESCC生存期的效能。方法随访168例接受根治性手术治疗的ESCC患者,分析ESCC临床病理特征和14-3-3σ、热休克蛋白gp96、巨噬细胞移动抑制因子(migration inhibitory factor,MIF)等3个蛋白的表达规律与ESCC生存期的相关性;应用Matlab软件进行SVM运算,对训练组128例ESCC患者建立最优预后分类模型ESCC-SVM,并用测试组40例患者验证分类效率,ROC曲线分析ESCC-SVM及其他预后相关因子对高低死亡风险ESCC的识别能力。结果 ESCC-SVM由性别、T分期、组织学分级、淋巴结转移、TNM分期、14-3-3σ和gp96等7个最优属性组成,该模型区分训练组和测试组ESCC五年整体生存率的最大AUC分别为0.96、0.86、准确率分别为97.7%、90.0%,明显优于目前临床应用的TNM分期(准确率分别为62.5%、67.5%)及其他各临床病理属性。Cox多因素比例风险回归模型分析发现年龄、T分期、gp96和ESCC-SVM是影响ESCC术后生存期的独立因素。ESCC-SVM与性别、T分期、组织学分级、淋巴结转移、TNM分期和14-3-3σ均显著相关。结论本研究建立的ESCC-SVM为预后评估、临床治疗方案选择及个体化治疗提供了理论依据。
- 张天晁玮霞赵云岗王明王广超贺红梅刘瑞敏魏书堂韩大正朱晗马瑾谷娟马远方齐义军
- 关键词：食管鳞状细胞癌支持向量机热休克蛋白GP96巨噬细胞移动抑制因子
- iTRAQ联用串联质谱鉴定食管鳞状细胞癌差异表达蛋白质及蛋白质相互作用网络被引量：2
- 2016年
- 基于质谱的蛋白质组学结果不仅具有重复性差和覆盖率低等缺陷,并且针对数十至百个差异表达蛋白质分子的分析非常具有挑战性,而蛋白质与蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPIN)分析能够在一定程度上弥补上述不足,使各种组学研究结果具有一致性和可比性。本研究应用同位素标记相对和绝对定量(i TRAQ)联用串联质谱技术鉴定了与食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)相关的差异表达蛋白质244个(ESCC中,升高和降低的蛋白质分别为119个和125个),基因本体论(gene ontology,GO)富集与肿瘤十大特征相关的17个GO条目;以该17个条目包含的117个蛋白质为种子蛋白搜索STRING(http://www.string-db.org)数据库,构建包含96个存在相互作用的PPIN和21个离散蛋白质。用Cyto Hubba算法确定34个中心节点蛋白质和36个瓶颈蛋白质,非重复49个中心节点和/或瓶颈蛋白质中含7个目前已报道的癌基因表达蛋白(PPP2R1A、CTNNB1、ENO1、EZR、TPM4、COL1A1、TPM3),确定与该7个癌蛋白直接相互作用的4个蛋白质(FN1、ITGB1、TAGLN和YWHAZ)可能为参与食管癌变的关键蛋白质,并应用Western印迹实验验证了FN1、ITGB1、TAGLN和YWHAZ等4个关键蛋白质在ESCC中具有显著的表达差异,表明PPIN分析是确定具有重要生物学意义分子的有效途经之一。
- 赵云岗张天谷娟王广超向慧妮刘瑞敏晁玮霞贾彩云韩大正杨文义马远方齐义军
- 关键词：食管鳞状细胞癌
