孙宁
- 作品数：11 被引量：12H指数：2
- 供职机构：南京军区南京总医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省科技计划项目江苏省青年科技基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 双重PCR快速检测KPC和NDM耐药基因被引量：2
- 2018年
- 目的检测耐药基因的核酸技术,已成为有效监测和控制耐药菌扩散的强有力工具之一。建立一种快速检测KPC和NDM两种耐药基因的方法,以指导临床用药和监控院内细菌耐药性流行情况。方法根据肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(KPC)和新德里金属β-内酰胺酶(NDM)的基因保守区,设计PCR反应的引物,优化扩增体系,建立同时检测耐药基因KPC和NDM的方法,分析方法的灵敏度和特异性,并应用于铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌株的检测。结果 KPC和NDM基因的序列比对结果与原序列相比一致性为100%。KPC-2阳性标准品和标准菌株肺炎克雷伯菌ATCC BAA-1705均出现预期大小一致的目的片段(151 bp); NDM-2阳性标准品与NDM阳性肺炎克雷伯菌出现与预期大小一致的目的片段(261 bp),均无非特异性扩增。经对PCR产物进行测序验证,产物序列与耐药基因KPC-2和NDM-1序列一致性为100%。双重PCR检测耐药基因KPC和NDM的最低可检测浓度分别为7×102和5×102copies/反应。13株对碳青霉烯耐药的肺炎克雷伯菌株中12株检测到耐药基因,检出率为92.3%,其中KPC阳性10株(83.3%),NDM阳性2株(16.7%),其余10株碳青霉烯敏感的肺炎克雷伯菌株未检测到KPC和NDM; 13株铜绿假单胞菌中6株对碳青霉烯耐药的菌株中2株检测到耐药基因,均为KPC,检出率为33.3%,其余7株均未检测到KPC和NDM。结论双重PCR方法能够快速有效地用于KPC和NDM两种耐药基因的检测,并具有灵敏度高、特异性强等优点,对于指导临床用药与监控院内细菌碳青霉烯类抗生素耐药性的传播具有重要意义。
- 顾芸芸孙宁姚新月史利宁陈芳芳李晓军
- 关键词：双重PCR
- 一种PCR‑LF技术检测碳青霉烯类耐药基因KPC和NDM的引物组合物及其应用
- 本发明公开了一种PCR‑LF技术检测碳青霉烯类耐药基因KPC和NDM的引物组合物及其应用。所述引物组合物包含：用于检测KPC基因的上游引物如SEQ ID No.1所示，下游引物序列如SEQ ID No.2；用于检测NDM...
- 李晓军顾芸芸孙宁史利宁姚新月王卫萍陈芳芳黄梅王颖杨阳
- 一种用于甲型流感病毒检测及H1和H3分型的多重RT-RPA引物组合及其应用
- 本发明属于分子生物学检测领域，涉及一种用于甲型流感病毒检测及H1和H3分型的多重RT‑RPA引物组合及其应用。本发明公开了一种用于甲型流感病毒检测及H1和H3分型的多重RT‑RPA引物组合，包括用于检测甲型流感病毒Mat...
- 李晓军孙宁王卫萍姚新月陈芳芳杨阳王洁
- 文献传递
- 一个中国Alport综合征家系中剪接突变及致病性分析被引量：1
- 2019年
- 目的对一个中国Alport综合征家系进行基因变异检测,并对发现的基因变异进行致病性分析。方法采用目标序列捕获芯片联合高通量测序技术对先证者进行基因变异检测,应用Sanger测序技术对可疑位点进行家系验证,通过体外 Mini 基因实验分析基因变异对 pre-mRNA 剪接过程的影响。结果先证者 COL4A5 基因 32 号外显子发现一杂合变异c.2767G>T(p.Gly923Cys),为新发现的变异。Sanger 测序验证此变异在家系中与疾病呈现共分离。体外 Minigene 实验表明, c.2767G>T 突变可造成 COL4A5基因 32号外显子缺失。结论通过目标序列捕获芯片联合高通量测序技术发现一个新的COL4A5基因突变,丰富了Alport综合征突变谱;通过体外Minigene实验证实c.2767G>T突变为一剪接突变,促进了对Alport综合征分子发病机制的理解。
- 吕幸吴维青崔英霞陈芳芳孙宁姚新月夏正坤刘志红李晓军
- 关键词：ALPORT综合征COL4A5基因高通量测序
- 类风湿关节炎患者血清长链非编码RNA HOTAIR表达研究
- 目的 :探讨HOTAIR等3种长链非编码RNA(lncRNA)在类风湿关节炎(RA)、系统性红斑狼疮(SLE)和健康对照组血清中的差异表达。方法 :收取50例RA疾病组,50例SLE疾病对照组,60例健康对照组患者血清,...
- 李晓军宋淑圣于娟孙宁李昂吕幸陈芳芳杨阳
- 关键词：XIST类风湿关节炎
- 文献传递
- 产KPC铜绿假单胞菌的耐药分子机制及其临床分布被引量：4
- 2021年
- 目的产KPC铜绿假单胞菌(PA)常为泛耐药菌,增加了临床治疗的难度。探讨产KPC的PA的分子耐药传播机制及其临床分布,为预防和控制耐药菌株的传播以及临床治疗提供理论依据。方法收集东部战区总医院2018年7月至2018年12月临床分离的泛耐药PA,16S rRNA测序法进行菌种鉴定;改良CarpaNP法检测碳青霉烯酶的类型;PCR法进行碳青霉烯酶基因检测和质粒同源性分析;高通量全基因组测序技术对其质粒进行测序。结果112株泛耐药PA中有20株菌检出A类碳青霉烯酶,占17.9%,经PCR验证均携带bla KPC基因。其中16株来自ICU病房,占80.0%。质粒全序测定结果显示,质粒全长51.6 kb,有69个开放阅读框(ORFs),平均GC含量59.2%,是一个全新的带bla KPC质粒,它有全新的骨架区和1个新的Tn 1403-based bla KPC-2单元转座子。结论产KPC酶是PA对碳青霉烯类药物耐药的重要原因,PA中出现携带bla KPC-2的耐药质粒,提示这种耐药特性将如同其在肠杆菌科一样在PA中播散。
- 陈勇史利宁胡毓安曹进孙宁姚新月张静王颖范明王卫萍
- 关键词：铜绿假单胞菌碳青霉烯酶
- 靶序列富集多重PCR-液相芯片联合检测4种常见呼吸道病毒
- :建立一种基于液相芯片系统的4种常见呼吸道病毒快速分子检测方法,为有效防控其发生和流行提供有力手段。 方法:针对A型流感病毒(FluA)、B型流感病毒(FluB)、呼吸道合胞病毒A型(RSVA)和B型(RSVB)的...
- 王洁王卫萍孙宁李晓军
- 关键词：呼吸道病毒分子检测聚合酶链反应液相芯片
- 重组酶聚合酶扩增技术在流感病毒检测中的探索性研究被引量：4
- 2019年
- 目的建立和评估反转录酶-重组酶聚合酶扩增(reverse transriptase-recombinase polymerase amplification,RT-RPA)技术在流感病毒检测中的应用。方法分别以甲型流感病毒基质蛋白(matrix)基因、血凝素(HA)基因,以及乙型流感病毒非结构蛋白(NS)基因为靶标基因,设计引物,建立流感病毒检测和亚型(H1、H3)鉴定的RT-RPA方法,并分析该方法的特异性和灵敏性。结果所建立的流感病毒RPA检测方法仅对相应靶基因出现特异性扩增产物,对其他呼吸道病毒均无扩增,表明该方法特异性较高。利用上述方法检测流感病毒的检测限均为100拷贝/μl。SYBR Green I可与RT-RPA相结合检测乙型流感病毒,最低检测限为100拷贝/μl。结论初步证实了利用RPA方法检测流感病毒的可行性。
- 孙宁于娟严孝岭严孝岭高德玉王卫萍王卫萍
- 关键词：流感病毒
- 纳米磁分离实时荧光RT-PCR检测食管鳞状细胞癌患者血清miR-21表达的价值被引量：1
- 2016年
- 目的建立食管鳞状细胞癌(ESCC)患者血清中miR-21纳米磁分离(MS)实时荧光RT-PCR检测方法,观察ESCC患者血清miR-21的表达。方法分别采用Trizol法和MS法提取60例ESCC患者及60例健康体检者血清总RNA,采用实时荧光RT-PCR检测miR-21的表达。利用Bland-Altman法检验Trizol法与MS法提取的血清中miR-21表达量的一致性,利用ROC曲线评价MS法提取的miR-21表达量筛查ESCC的效能。结果 MS法能够提取血清中miR-21,其灵敏度与Trizol方法相当,Bland-Altman法检验结果显示两种方法提取的miR-21表达量具有很好的一致性。ESCC患者miR-21表达量明显高于健康体检者(P<0.05)。ROC曲线下面积为0.878,最佳临界值为1.115,此时敏感度为85.00%,特异度为81.67%。ESCC患者血清miR-21的表达与TNM分期以及淋巴结转移情况相关(P<0.05)。结论 MS实时荧光RT-PCR在血清miRNA检测中有着很大的应用价值,血清miR-21的表达水平有可能作为食管癌诊断一个新的分子生物学指标。
- 郭文涛畅灵丽赵青张清伟朱利伟李亚光孙宁张威
- 关键词：实时荧光RT-PCRMIR-21食管鳞状细胞癌
- 一种用于甲型流感病毒检测及H1和H3分型的多重RT-RPA引物组合及其应用
- 本发明属于分子生物学检测领域，涉及一种用于甲型流感病毒检测及H1和H3分型的多重RT‑RPA引物组合及其应用。本发明公开了一种用于甲型流感病毒检测及H1和H3分型的多重RT‑RPA引物组合，包括用于检测甲型流感病毒Mat...
- 李晓军孙宁王卫萍姚新月陈芳芳杨阳王洁
