高雯
- 作品数：10 被引量：40H指数：4
- 供职机构：扬州大学动物科学与技术学院更多>>
- 发文基金：江苏省农业科技自主创新基金江苏高校优势学科建设工程资助项目国家级星火计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 感染大肠杆菌F17湖羊羔羊脾脏中差异circRNA分析被引量：2
- 2019年
- 【背景】羊大肠杆菌病是一种以剧烈腹泻和败血症为特征的急性传染病,是规模化羊场最为常见高发的细菌性疾病之一,尤其是初生羔羊易被产肠毒素大肠杆菌(ETEC)感染,引起羔羊腹泻,又叫羔羊白痢,使养殖场遭受严重的经济损失。而传统的抗生素治疗方案存在诸多缺陷。【目的】本研究通过让湖羊羔羊口服大肠杆菌F17菌株获得不腹泻和腹泻的羔羊个体,筛选出服用大肠杆菌F17菌毛后不腹泻与腹泻型个体中差异表达的circRNA,进而探究circRNA在绵羊抗腹泻中的作用,从而发现与抗大肠杆菌病性状相关的候选基因。从circRNA层面上,加深对绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的认识,确定绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的功能基因。【方法】用CIRI软件从头预测circRNA,利用RNA-seq技术,首次筛选出感染大肠杆菌F17菌株后不腹泻与腹泻型羔羊个体脾脏中差异表达的(DE)circRNA,对差异表达转录本进行GO富集分析,结合GO注释结果对其功能进行描述。统计每个GO条目中所包括的差异转录本个数,并用Fisher's exact test计算每个GO条目中差异转录本富集的显著性。然后随机选择6个DE circRNA,利用q-PCR分别验证这6个DE circRNA在不腹泻和腹泻组羔羊脾脏内的相对表达水平,进而利用Miranda软件来预测与miRNA结合的circRNA以及miRNA的靶基因,根据miRNA靶基因的功能注释来阐明此部分circRNA的功能,分析circRNA-miRNA-mRNA相互作用,最后用q-PCR验证circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平。【结果】绘制参考序列后,鉴定出已知的7 730个circRNA,DE circRNA与GO数据库进行比对,发现一共有60条circRNA被注释和分类到297个功能亚类中。利用RNA-seq在不腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出60个差异表达的(DE) circRNA,其中31个上调和29个下调,用q-PCR验证随机选择的6个DE circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果�
- 邹双霞金澄艳鲍建军王悦陈炜昊吴天弋王利宏吕晓阳高雯王步忠朱国强戴国俊师东方孙伟
- 关键词：湖羊
- 湖羊羔皮毛囊候选miRNA在不同花纹间的表达与毛囊发育特性关联的研究被引量：1
- 2018年
- 【目的】通过前期高通量测序技术结合生物信息学分析研究湖羊大花、中花和小花羔皮毛囊间miRNA的差异表达,筛选出了14个候选miRNA,现进一步研究14个候选miRNA在不同花纹组间的表达量与毛囊各指标的相关性,以了解候选miRNA与毛囊发育特性间的关联,筛选用于后期功能验证的miRNA。【方法】利用高通量测序技术筛选湖羊大花、中花、小花不同花纹羔皮毛囊中的差异表达miRNA。利用与高通量测序同一批样品所提取的RNA进行RT-RCR验证,随机选取高通量测序结果中的5个差异表达miRNA,验证高通量测序结果的可靠性。通过荧光定量PCR技术检测14个候选miRNA在不同组别间的表达量,制作不同花纹羔皮组织的石蜡切片以评估不同毛囊的结构,并结合组织学观察与显微观测技术,采用SPSS 17.0分析14个候选miRNA的表达水平与毛囊组织学性质的相关性。【结果】湖羊毛囊成群分布,以3毛囊群的居多,直径较大的为中心初级毛囊,直径较小的为侧部次级毛囊。在显微镜相同视野中,湖羊大花、中花和小花3种不同类型花纹羔皮的初级毛囊数差异不显著(P>0.05),小花组的次级毛囊数多于大花组和中花组的次级毛囊数且差异极显著(P<0.01),中花组与小花组二者次级毛囊数相仿,差异不显著(P>0.05),在相同的单位面积中,小花的毛囊总数要高于大花组和中花组;大花组的初级毛囊直径比中花组和小花组的初级毛囊直径要大的多,与中花组和小花组的初级毛囊直径差异极显著(P<0.01),大花组的次级毛囊直径也比中花组、小花组的次级毛囊直径大,同时也与二者均呈极显著差异(P<0.01),中花组和小花组二者的初级毛囊直径以及次级毛囊直径均差异不显著(P>0.05);在已知的miRNA中,miRNA-143在大花组中的表达量与小花组差异极显著(P<0.01),miRNA-10a在小花组的表达量与大花和中花组差异显著(P<0.05),let-7i在大花组
- 金澄艳吕晓阳高雯王悦陈炜昊盛水兴陈玲林杰孙伟
- 关键词：毛囊MIRNA毛囊发育
- 湖羊IGF-Ⅰ和MyoG基因表达的发育性变化及其与屠宰性状的关联分析被引量：1
- 2017年
- 以湖羊为研究对象,采用RT-PCR法对IGF-Ⅰ和MyoG在湖羊不同生长阶段背最长肌中的表达丰度及其与屠宰性状的相关性进行研究,以揭示湖羊肌肉生长性状的分子遗传学基础。结果表明:(1)随着年龄的增加,母羊IGF-Ⅰ在背最长肌中的表达趋势,由2日龄开始逐渐升高,并于6月龄达最高点;公羊IGF-Ⅰ在背最长肌中的表达趋势,先升高至1月龄时达一峰值,1~3月龄为一个降低的过程,且于3月龄降至与初生相近水平,此后随着年龄的逐渐增加,于6月龄达最高点。母羊MyoG在背最长肌中的表达趋势,先升高后降低再升高再降低最后再升高,并于6月龄达最高点;公羊MyoG在背最长肌的表达趋势,2日龄至1月龄处于上升过程,1~4月龄为下降过程,4~6月龄又逐渐上升,且于6月龄达最高点。IGF-Ⅰ和MyoG在湖羊各月龄间大多存在显著或极显著差异,公羊和母羊在相同生长阶段IGF-Ⅰ和MyoG的表达大多存在显著或极显著差异。(2)IGF-Ⅰ和MyoG表达呈极显著正相关,IGF-Ⅰ与宰前活重呈极显著正相关,与胴体重呈显著正相关,与净体重呈正相关。这一研究显示,IGF-Ⅰ和MyoG基因存在极显著正相关,受年龄的影响对湖羊早期肌肉生长发育具有重要的促进作用,且在湖羊早期肌肉生长发育过程中可能存在性别特异性。
- 王利宏高雯鲍建军于嘉瑞孙伟
- 关键词：湖羊MYOG基因基因表达屠宰性状
- F17大肠杆菌在湖羊羔羊个体脾脏中LncRNA表达谱变化被引量：3
- 2019年
- 【目的】通过筛选对大肠杆菌(E.coli)F17菌毛非腹泻型与腹泻型的绵羊脾脏中差异表达的lncRNA,来探究lncRNA对绵羊抗腹泻的作用。【方法】本研究通过对湖羊羔羊口服E.coli F17菌株获得非腹泻和腹泻型个体,利用羔羊肠道细菌计数、病理组织切片验证攻毒成功性;构建非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏的cDNA文库,使用Illumina HiSeq 2500平台进行配对测序;通过Gene Ontology(GO)和KEGG Pathway富集分析对差异表达转录本功能描述和细胞通路分析,利用FPKM法估计lncRNA和mRNA转录物的表达水平,并用高通量测序技术RNA-seq筛选出非腹泻和腹泻个体脾脏中的差异表达lncRNA;然后利用荧光定量PCR技术检测了非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏组织中DE lncRNA和DE mRNA的表达水平,来验证筛选的DE lncRNA在非腹泻组过程中发挥作用。【结果】羔羊口服E.coli F17菌株后,出现非腹泻和腹泻两种表型,腹泻组羔羊肠道中的细菌数量显著高于非腹泻组(P<0.05),同时腹泻组羔羊空肠黏膜组织出现不同程度的损伤,色泽暗沉,小肠绒毛部分脱落。笔者利用RNA-seq在非腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出34个差异表达的(DE)lncRNA,703个的DE mRNA,随机选择一共12个DE lncRNA和DE mRNA,用q-PCR验证它们在非腹泻型和腹泻型羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。通过Gene Ontology(GO)和KEGG Pathway富集分析,将DE lncRNA与GO数据库进行比对的结果表明一共有34条lncRNA被注释和分类到302个功能亚类中,绵羊蛋白质结合(GO:0005515),细胞核(GO:0005634),poly(A)RNA结合(GO:0044822),细胞质(GO:0005737),组织重塑(GO:0048771),内肽酶活性的调节(GO:0052548)),6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-双磷酸酶复合物(GO:0043540),磷脂酰肌醇磷酸化(GO:0046854),果糖-2,6-二磷酸2-磷酸酶活性(GO:0004331),钙依赖性磷脂酶C活性(GO:0050429)等10个功能亚类的lncRNA较多,而其余的功能亚类的lncRNA分布较少。将DE lncRN
- 黄赛男金澄艳鲍建军王悦陈炜昊吴天弋王利宏吕晓阳高雯王步忠朱国强戴国俊孙伟
- 实时定量PCR测定爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数被引量：3
- 2018年
- 为测定爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)隐蔽质粒的拷贝数,并探究不同基因组制备方式及定量策略对质粒拷贝数测定的影响,分别采用试剂盒和水煮法制备爱德华氏菌基因组,通过绝对定量和相对定量PCR测定两种不同总DNA制备方式下的隐蔽质粒拷贝数,同时测定试剂盒对染色体DNA和质粒DNA的回收率。结果显示,以试剂盒提取的总DNA测得的pEI1和p EI2拷贝数绝对定量和相对定量分别为3.63±0.30、5.04±0.18和4.22±0.15、5.13±0.50,显著低于以水煮法测得的pEI1和p EI2拷贝数的绝对定量11.84±0.80、11.70±0.25和相对定量13.85±1.64、11.90±0.97。回收率结果显示,试剂盒对染色体DNA的回收率(45.8±4.1)%,显著高于对质粒pEII的回收率(25.1±0.5)%和pEI2的回收率(31.3±1.7)%。结果表明:通过实时定量PCR测定爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数时,基因组的制备以水煮法为宜,爱德华氏菌隐蔽质粒pEI1和pEI2均属于中拷贝质粒。
- 付立霞付立霞高雯韩先干高波张晓君曾令兵
- 关键词：质粒拷贝数实时定量PCR
- 海门山羊、徐淮山羊两个产羔性状候选基因的遗传多样性及其与繁殖力的关联分析被引量：4
- 2016年
- 为海门山羊和徐淮山羊繁殖力标记辅助选择提供依据,以海门山羊(113只)和徐淮山羊(78只)为试验动物,将FSH-β和GDF-9基因第2外显子作为影响山羊产羔性状的候选基因,对其第2外显子进行扩增、测序、序列比对以及PCR-SSCP检测,探讨FSH-β和GDF-9基因第2外显子的遗传特征,寻找与产羔数相关的遗传标记。结果表明:FSH-β基因在海门山羊中有AA、AB、AC和CC 4种基因型,基因型频率分别为0.477 9、0.017 7、0.407 1和0.097 3。FSH-β基因在徐淮山羊中有AA、AB和AC3种基因型,基因型频率分别为0.397 7、0.477 3和0.125 0。GDF-9基因在海门山羊和徐淮山羊中有GG和GH 2种基因型,在海门山羊中基因型频率分别为0.539 8和0.460 2,在徐淮山羊中基因型频率分别为0.784 1和0.215 9。FSH-β基因在海门山羊产羔数中AC基因型最小二乘均值比AA型多0.160只,比AB型多0.250只,比CC型多0.300只,各基因型产羔数无显著差异。GDF-9基因在海门山羊产羔数中GH基因型最小二乘均值比GG型多0.179只,各基因型产羔数无显著差异。试验初步认为FSH-β和GDF-9基因不是影响海门山羊多胎性能的主效基因。
- 吕晓阳孙伟吕伟伟高雯于嘉瑞鲍建军王利宏王庆增李拥军张争劲胡永周洪徐厚生花卫华
- 关键词：海门山羊徐淮山羊多态性繁殖力
- 利用9个微卫星标记分析海门山羊和徐淮山羊的遗传多样性被引量：9
- 2016年
- 本研究以海门山羊和徐淮山羊为研究对象,应用微卫星标记技术检测这2个山羊品种的遗传结构,并通过与其他地方山羊品种的比较研究,分析了9个微卫星位点(DRBP1、SPS113、OARAE54、MAF209、SRCRSP3、ILSTS087、MAF065、SRCRSP8、ETH10)在这2个品种群体内的遗传变异,包括多态信息含量(PIC)、等位基因频率(AF)、群体杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、等位基因丰度(AR)等。结果表明:所选择的9种微卫星标记在这2种山羊群体上没有表现丰富的多态信息含量,而且变异程度不高。其中,海门山羊、徐淮山羊的平均有效等位基因数分别为2.5179、2.5106;平均多态信息含量分别为0.3110、0.4115;平均等位基因丰度为3.2222、3.5556。海门山羊和徐淮山羊遗传多样性目前不够丰富,急需做好品种遗传资源保护和纯种群体扩繁和提纯复壮恢复工作。
- 吕晓阳孙伟张想想高雯李拥军张争劲胡勇周洪徐厚生花卫华
- 关键词：海门山羊徐淮山羊微卫星标记种质资源评价
- Smads与Hippo通道中YAP1基因在湖羊肌肉组织中时空表达研究及关联分析被引量：5
- 2016年
- 【目的】通过在m RNA表达水平检测TGF-β/smad信号通路基因在湖羊肌肉组织中时空表达,来探究各基因的表达规律及内在联系。【方法】利用荧光定量PCR技术对湖羊Smads基因在出生后不同生长阶段(2日龄,2月龄和6月龄)不同性别的两种不同骨骼肌(腓肠肌、趾长伸肌)的相对表达进行分析,以及对湖羊Smad家族(Smad2、Smad3、Smad4、Smad7)基因、YAP1基因的表达相关性分析。【结果】湖羊肌肉TGF-β/smad信号通路中Smads基因时空表达规律研究发现:Smads在不同肌肉组织的表达分析中,Smads在腓肠肌中的表达高于趾长伸肌,可能与这两种骨骼肌分属不同部位有关;Smads在不同月龄的表达分析中,Smad2、Smad3、Smad4在2日龄的表达量均高于其它月龄,而Smad7在2日龄的表达量低于6月龄,2月龄时表达量最低;在不同性别的表达分析中,Smads在2日龄公羊中的表达量高于母羊,Smad2、Smad4、Smad7在2月龄和6月龄则低于母羊;Smad3在不同生长阶段中公羊表达量高于母羊。湖羊肌肉TGF-β/smad信号通路中Smads、YAP1基因表达相关性研究发现:在2日龄腓肠肌中,Smad2、Smad3、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著(P>0.05);在2月龄腓肠肌中,Smad2的表达与YAP1存在显著正相关(P<0.05),Smad3、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著(P>0.05);在6月龄腓肠肌中,Smad2、Smad3、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著(P>0.05);在腓肠肌的不同生长阶段中,Smad3的表达YAP1存在极显著负相关(P<0.01),Smad2、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著(P>0.05)。在2日龄趾长伸肌中,Smad3的表达与YAP1存在极显著正相关(P<0.01),Smad2、Smad4、Smad7的表达与YAP1存在显著正相关(P<0.05);在2月龄趾长伸肌中,Smad2、Smad3、Smad4、Smad7的表达与YAP1相关不显著(P>0.05);在6月龄趾长伸肌中,Smad7与YAP1存在极显著正相关(P<0.01);Smad2、Smad3、Smad4的表达与YAP1相关不显著(P>0.05);在趾长伸肌的不同生长阶段中,S
- 鲍建军苏锐王庆增吕晓阳高雯于嘉瑞王利宏陈玲吴文忠盛水兴周洪孙伟戴国俊
- 关键词：湖羊SMADS
- 水温、pH值和光照对斑马鱼受精卵孵化率的影响被引量：7
- 2016年
- 分别通过单因素实验和正交实验探究水温、pH值和光照对斑马鱼受精卵孵化率的影响。依次进行的单因素实验显示,水温28℃,pH值7.5,光照强度100 lx,光周期10L∶14D时孵化率最高。正交实验结果表明上述因素对斑马鱼受精卵孵化率的影响为:水温>pH=光照强度>光照周期,理论最佳孵化条件为水温28℃,pH值8.0,光照强度100l x,光周期12L∶12D。在孵化过程中,受精卵孵化时间随着孵化温度的提高而缩短,且在发育过程中存在不同步现象。
- 陈楠高雯张磊董罗涛沈泽恩魏文志付立霞
- 关键词：斑马鱼孵化率水温PH值光照
- 绵羊ADAMTS-1基因遗传变异及其与产羔性状关联的分析被引量：7
- 2016年
- 为了研究ADAMTS-1基因的重要功能区与湖羊繁殖性状的关联性,试验采用湖羊作为研究对象,以我国固有品种小尾寒羊、洼地绵羊、阿勒泰羊作为参照群体,拟以ADAMTS-1去解链金属蛋白酶基因作为繁殖性状的候选基因,根据NCBI发表的ADAMTS-1基因序列设计引物,利用PCRSSCP方法检测4种绵羊ADAMTS-1基因第7,8外显子的多态性,分析绵羊ADAMTS-1基因部分重要功能区单核苷酸多态性及遗传变异水平。结果表明:ADAMTS-1第7外显子发现了1处A→G的碱基突变,除小尾寒羊外,其他3种羊的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,各基因型频率分布在4种绵羊间的差异均不显著;第8外显子发现了1处T→C的碱基突变,除湖羊外,其他3种绵羊的基因型分布全部符合Hardy-Weinberg平衡;第7外显子的GG基因型在产羔数上比GH基因型高0.094 7;第8外显子的IJ基因型在产羔数上比II基因型高0.053 3,说明GG和IJ基因型对湖羊的产羔性状有一定的影响,但是两个位点的不同基因型在产羔数上差异均未达显著水平(P>0.05)。说明各基因型与产羔性状关联性表现为差异不显著,初步认为ADAMTS-1基因不能作为湖羊高繁殖力的候选基因。
- 鲍建军王晶高雯于嘉瑞王利宏吕晓阳王庆增孙伟
- 关键词：绵羊产羔性状候选基因
