程金金
- 作品数：5 被引量：35H指数：2
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- 相关领域：生物学农业科学自动化与计算机技术经济管理更多>>
- 林烟草Sigma因子Nssig2的生物信息学分析
- 2016年
- 在植物体内,sigma因子由一个较小的核基因家族编码,并在叶绿体中发挥转录起始的作用。本研究通过生物信息学的方法,对林烟草的sig2基因及其蛋白序列进行了一系列的结构和功能分析。结果分析表明,林烟草的Nssig2为不稳定蛋白,不含信号肽序列,不是分泌蛋白,也不是细胞膜蛋白,最可能定位在叶绿体;二级结构预测表明林烟草Nssig2蛋白中的二级构象主要有两种,即α-螺旋和无规则卷曲,各自所占比例分别为50.34%和29.81%。本研究能够对于深入研究烟草sig2因子的功能及叶绿体转录机制提供线索。
- 刘红云程思远程金金范会刘征
- 关键词：生物信息学
- 谷子、大麦、高粱抗黄矮病候选基因的生物信息学比较分析被引量：12
- 2016年
- 黄矮病是禾本类作物的主要病害之一,该病主要由大麦黄矮病毒侵染所致,侵染该病毒后植株生理活动紊乱,叶片黄化至红化,结实率低,严重影响农作物的产量。大麦黄矮病毒最早发现于大麦作物中,对大麦抗黄矮病的研究较早,但至今仍未从大麦克隆到黄矮病抗病基因。利用病毒诱导基因沉默系统和转基因技术,TIRB基因被验证具有抗黄矮病功能,是小麦抗黄矮病的关键基因。我们通过用小麦TIRB基因序列,在谷子、高粱和大麦基因库进行BLAST比对,发掘了谷子、高粱和大麦抗黄矮病候选基因,并运用生物信息学软件,分析、比较了这些基因所表达蛋白的理化性质,蛋白的亲疏水性及亚细胞定位,信号肽预测及三级结构等。不同物种中的这些蛋白相似的性质暗示着它们可能执行相近的抗病机制。总之,三种候选基因的发现,对于通过生物信息手段发掘作物抗病基因具有一定的指导意义。
- 程金金刘红云范会程思远张书敏陈宇龙刘征
- 关键词：谷子大麦高粱黄矮病生物信息学
- 谷子蔗糖磷酸合成酶及互作蛋白的生物信息和基因表达分析被引量：1
- 2017年
- 蔗糖在植物的生长过程中发挥至关重要的作用,蔗糖磷酸合成酶(SPS)是蔗糖合成的关键限速酶。生物信息分析显示,在谷子中,SPS-Si000130m与海藻糖6-磷酸合成酶基因TPS-Si016303m、尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶基因UGD-Si035452m存在显著的相互作用。高通量测序对谷子3种基因的表达谱研究进一步表明,在谷子根、茎、叶、穗中SPS-Si000130m基因与TPS-Si016303m基因的表达模式呈正相关,与UGD-Si0354-52m基因的表达模式呈负相关。但无论是正相关还是负相关,TPS-Si016303m和UGD-Si035452m沿谷子叶片梯度的表达模式均与SPS-Si000130m基因存在差异。SPS-Si000130m的表达集中在叶片光合作用的功能部位,而TPS-Si016303m的转录物在叶片梯度各部位均可检测到,可见即使这两个基因呈现正相关,它们之间仍存在自身独特的表达、调控特点;负相关基因(即UGD-Si035452m和SPS-Si000130m)沿叶片梯度相反的表达模式则反映出植物通过基因表达的区域化,避免这两个酶彼此竞争相同底物,防止无效循环的进行。进一步通过生物信息学软件预测三种蛋白的功能结构域和3D结构则显示,SPS-Si000130m和TPS-Si016303m之间存在相同功能结构域—糖基转移酶功能结构域;而SPS-Si000130m和UGD-Si035452m之间没有相同功能结构域。总之,深入研究3种蛋白功能和结构的特点及它们之间的相互作用,将加深对谷子糖类代谢调控网络的认识,并有助于我们改善谷子品质的研究。
- 范会刘红云程金金刘征
- 关键词：谷子蔗糖磷酸合成酶基因表达
- 快速徒手切片法观察谷子和水稻叶片显微结构被引量：22
- 2015年
- 水稻是世界上一半以上人口的主食,且是禾本科植物分子生物学研究的模式植物。谷子是狗尾草属植物,是我国北方重要的杂粮,是典型的C4植物,谷子与水稻基因组共线性很高。对谷子和水稻两种作物的对比研究能够对研发C4水稻提供理论依据。突变体库是研究功能基因组学的重要材料,目前对突变体库的构建技术已经很成熟,但是对目的突变体,尤其是对解剖学方面的突变体材料筛选主要方法是进行石蜡切片,该过程费时费力。本研究旨在改进徒手切片方法对材料进行预筛选,能大大缩减工作量,提高工作效率,该方法得到结构完整、清晰的水稻和谷子叶片徒手切片。
- 张书敏刘红云程金金冯丹忆刘征
- 关键词：水稻叶片突变体筛选徒手切片
- 谷子Sigma因子基因家族生物信息及基因表达分析
- 谷子(Setaria italica)属于狗尾草属C4 植物,在中国有悠久的栽培历史,是我国北方地区重要的杂粮作物。由于其基因组小,且全基因组序列已测定,近年国际植物科学研究领域已将谷子作为研究C4 光合作用的模式植物之...
- 刘红云张书敏程金金刘征
- 关键词：谷子基因家族生物信息
