金娜
- 作品数：5 被引量：15H指数：2
- 供职机构：内蒙古农业大学林学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项转基因生物新品种培育专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 沙柳SpsTAC2基因克隆、生物信息学及组织特异表达分析被引量：4
- 2019年
- TAC基因隶属IGT基因家族,该基因家族主要参与植物分枝角度的调控,目前国内外针对木本植物中TAC基因的研究较少。为了获得沙柳中的TAC基因并对该序列进行初步分析,本研究用同源克隆技术在沙柳中克隆得到长度为783 bp的CDS序列并命名为Sps TAC2基因,对其进行生物信息学及组织特异性表达分析。结果分析表明,该基因编码260个氨基酸,为亲水性蛋白,未发现跨膜结构域,无信号肽区域,亚细胞定位预测在细胞核,基因内含有IGT基因家族典型结构域。系统进化树将SpsTAC2氨基酸序列与杨、柳位于第二条染色体上的TAC-like基因所编码氨基酸序列聚为一类。RT-qPCR结果表明,该基因在成熟叶表达量最高,其次是韧皮部,在根部几乎不表达。从沙柳中成功克隆出了调控分枝角度的IGT基因家族的SpsTAC2基因,推测该基因的主要作用部位可能在成熟叶、茎中。沙柳SpsTAC2基因的研究为IGT基因家族研究及沙柳育种工作提供了理论依据。
- 袁梦如杨杨张磊贺玉娇金娜杨海峰
- 关键词：沙柳分枝角度TAC生物信息学分析
- 沙柳SpsNAC005基因克隆及生物信息学分析
- 2021年
- 本研究以沙柳为材料,基于毛果杨、欧洲红皮柳的序列,采用同源克隆的方法获得沙柳SpsNAC005基因,利用生物信息学软件分析SpsNAC005基因序列、构建进化树、预测蛋白结构。结果显示,SpsNAC005基因的开放阅读框序列长度为927 bp,编码为308个氨基酸。生物信息学分析表明,SpsNAC005含有NAC基因家族的典型NAM结构域,具有A、B、C、D、E 5个保守亚结构域。SpsNAC005基因为亲水性蛋白,预测细胞定位在细胞核上,其可能作为转录激活因子在细胞核中行使功能。本研究为进一步探索NAC基因在沙柳抗逆胁迫调控中的机制研究提供了重要的科学依据。
- 杨海峰于兴旺金娜贺玉娇李安玉张鑫王英姿高羽翼王雷
- 关键词：沙柳生物信息学
- 沙柳SpsLAS2和SpsLAS3基因克隆与生物信息学及组织特异性表达分析
- 2019年
- 为促进沙柳(Salix psammophila)的分子定向育种,研究其分枝调控遗传机制,以沙柳为试验材料,采用同源克隆技术克隆获得沙柳SpsLAS2、SpsLAS3基因并做生物信息学及组织特异性表达分析。结果表明:SpsLAS2和SpsLAS3基因序列相似性达96.7%,氨基酸序列相似性达97.6%。SpsLAS2和SpsLAS3基因ORF长分别为1 248、1 254 bp,分别编码415 aa和417 aa。其氨基酸序列具有GRAS(Gibberellin-Insensitive,Repressor of ga1-3,Scarecrow)基因家族典型的5个结构域^([1]),属LS亚家族。qRT-PCR组织特异性分析发现2个基因均在叶腋处表达量最高,表明2个基因在叶腋中是特异表达的,可能调节叶腋分生组织的发育形成。SpsLAS2、SpsLAS3相似度较高,但也存在一定差异,推测2个基因可能是同一染色体的串联基因倍增关系。
- 王雷刘畅袁梦如贺玉娇金娜杨海峰
- 关键词：沙柳基因克隆
- 沙柳SpsLAS基因克隆及生物信息学分析被引量：11
- 2017年
- LAS基因对于植物侧生分生组织有重要影响。它被证实在拟南芥、番茄等草本科植物营养生长阶段参与腋生分生组织的形成,但在木本植物中的基因功能尚缺乏深入研究。本研究以沙柳为材料,利用RT-PCR技术成功克隆沙柳LAS基因,命名为SpsLAS,并对其进行生物信息学分析。结果表明,该基因CDS序列全长1 320 bp,编码439个氨基酸,预测蛋白分子量为49.876 8 k D,理论等电点(PI)为6.66,是亲水性蛋白;同源氨基酸序列比对结果表明沙柳LAS基因与番茄LS、拟南芥LAS等功能已确认的LS亚家族基因同源性较高,氨基酸相似性达50%以上;系统进化分析表明SpsLAS与杞柳和毛果杨亲缘关系更近;对LAS进行功能结构域分析得知LAS基因具有GRAS基因家族典型特征,属于GRAS基因家族LS亚家族;预测未发现跨膜结构和信号肽区域;SpsLAS蛋白二级结构包含173个α螺旋(Alpha helix),72个延伸链(Extended strand),194个无规则卷曲结构(Random coil);亚细胞定位预测该基因很可能定位于细胞核内。沙柳LAS基因的克隆对于研究木本植物萌蘖及其分枝机制有重要意义,同时丰富了木本植物中GRAS基因家族的相关研究。
- 路东晔贺玉娇金娜刘乐卜松雪王雷杨海峰
- 关键词：沙柳LAS基因克隆生物信息学分析
- 沙柳SpsCCD7、SpsCCD8基因克隆及表达分析
- 2021年
- 类胡萝卜素裂解双加氧酶7 (CCD7)、类胡萝卜素裂解双加氧酶8 (CCD8)基因对于植物的侧枝及侧根生长有着重要的影响。本研究以沙柳为研究材料,克隆获得CCD7、CCD8基因序列,进行了生物信息学分析、组织表达特异性及预测分析,为沙柳CCD7、CCD8基因的功能研究及利用奠定基础,丰富了木本植物中CCD基因家族的研究。根据拟南芥、黄瓜CCD7、CCD8同源基因序列,由数据库Phytozome 11获得红皮柳、毛果杨的同源序列,由沙柳中进行同源基因克隆。利用ExPASy数据库预测蛋白理化特性、氨基酸组成。利用cNLS mapper在线预测蛋白核定位信号(NLS)。采用T-COFFEE和MEGA 6.0比对SpsCCD7、SpsCCD8氨基酸序列同源性和构建系统发育树。克隆获得的CDS长分别为1 843、1 674 bp,由614、557个氨基酸残基构成,SpsCCD7、Sps CCD8蛋白无跨膜结构和信号肽区域,其理论等电点(pI)及分子量分别为7.55、6.10,69.299 5、61.981 5 kD,认定均为亲水性蛋白。系统进化树及氨基酸序列比对分析表明,SpsCCD7、SpsCCD8与毛果杨和红皮柳亲缘关系最高,且SpsCCD7、SpsCCD8与毛果杨、红皮柳、水稻等植物的CCD7、CCD8基因之间具有三个RPE65基因家族的典型保守区域Motif region,其隶属于CCD蛋白家族,但在序列末端也存在一定差异。在定量分析中,沙柳SpsCCD7、SpsCCD8基因在各组织(根,花,叶,芽,茎尖,嫩茎)均有表达,SpsCCD7基因在茎尖中表达量最高,SpsCCD8基因在根中表达量最高。其组织特异性表达与其他木本植物存在一定差异,这种表达差异可能与沙柳本身为灌木木本植物相关。本研究克隆获得了沙柳CCD7、CCD8基因,隶属CCD基因家族,为进一步探索木本植物CCD基因家族对分枝的调控机理奠定了基础,为未来培育丛生枝较多、可增加地表郁闭度的生态应用型沙柳品系,奠定生物学研究基础。
- 杨海峰金娜于兴旺贺玉娇李安玉张鑫刘振明
- 关键词：基因克隆
