于洋
- 作品数：5 被引量：1H指数：1
- 供职机构：华中科技大学同济医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 采用生物信息学挖掘胶质母细胞瘤核心基因及对患者生存预后的分析被引量：1
- 2018年
- 目的分析胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)核心基因及其相关信号通路,为GBM早期诊断、分子治疗及预后评价提供候选靶点。方法检索、整理TCGA数据库中神经胶质母细胞瘤的表达谱芯片RNA-seq Level-3数据,利用R软件中edgeR包筛选具有显著表达差异的基因(differentially expressed genes,DEGs)。运用DAVID数据库对DEGs进行GO注释和KEGG富集分析;利用STRING网络在线工具进一步建立蛋白互作网络(PPI)并进行Cytoscape可视化分析,运用网络分析插件CytoHubba筛选核心基因(hub gene);最后,结合R2数据库分析TP53、WNT5A、VAMP8等核心基因的表达与GBM生存预后的关系。结果 TCGA数据库分析显示GBM中显著表达差异的基因共10144个,其中表达上调基因5153个,表达下调基因4991个;GO和KEGG富集分析显示,表达上调基因主要涉及细胞周期、有丝分裂、细胞增殖和p53等生物学功能和通路,表达下调基因的功能与通路主要富集于突触传递、神经递质释放和MAPK信号通路等;Cytoscape可视化显示PPI网络中12个核心基因表达异常与GBM的发生发展密切相关。R2数据库检索发现TP53、WNT5A、VAMP8高表达组患者预后更差;SH3GL2高表达组患者生存明显优于低表达组。结论差异基因所富集的生物学功能和KEGG信号通路可能揭示了参与GBM发生发展的分子机制,其核心基因TP53、WNT5A、VAMP8、SH3GL2有望作为GBM患者早期诊断、治疗及预后判断的重要靶点。
- 杨丽韩娜于洋张小茜周洋媚张孟贤
- 关键词：胶质母细胞瘤生物信息学差异基因预后靶点
- 组胺间断刺激所致钙振荡频率依赖性调节转录因子激活
- 目的:钙振荡频率如何调节下游生物学效应岂今仍未能完全阐明。方法:采用组胺间断刺激完全模拟生理、病理生理条件下细胞内钙振荡,在人气道上皮细胞中建立一系列频率相同、累积波宽不同以及累积波宽相同、频率不同的钙振荡模型。结果:钙...
- 宋珊珊朱莉萍于洋佘惟槟胡清华
- 文献传递
- 钙振荡频率调节转录因子激活的机制
- ＜正＞本项目采用单纯人工钙振荡以及人工钙振荡与受体刺激相结合的2种研究策略探索钙振荡频率调节转录激活的机制。在单纯人工钙振荡模型中发现,频率相同、累积波宽不同的钙振荡对下游转录因子NF-κB活性调节不同,而频率不同、累积...
- 朱莉萍宋珊珊于洋佘惟槟苏远胡清
- 文献传递
- 医务人员临床合理用药认知水平调查
- 为了解本院医务人员(医生、护士和药师)对药物不良反应、处方管理、国家药物基本政策和抗生素合理使用等基本政策和知识的认知情况,以利于今后更大范围的调研活动和合理用药工作的实施。对107名不同职称的医师、护师和药师进行了问卷...
- 刘东饶子超裘琳于洋刘异
- 文献传递
- 钙振荡频率依赖性调节转录因子激活的机制
- 钙振荡作为细胞普遍存在的一种信号模式已被人们所广泛接受。随着对钙振荡现象的深入研究,确定了钙振荡通过其频率调节下游生物学效应的基本理论,然而钙振荡频率依赖性的机制究竟是什么,岂今仍未能阐明。本项目采用单纯人工钙振荡以及人...
- 朱莉萍宋珊珊于洋佘惟槟苏远胡清华
- 文献传递
