郭雪
- 作品数：10 被引量：13H指数：2
- 供职机构：中南大学更多>>
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- 相关领域：生物学农业科学冶金工程轻工技术与工程更多>>
- 嗜铁钩端螺旋菌株种内进化和固氮的比较基因组分析被引量：3
- 2020年
- 为揭示在生物冶金工业生态系统和酸性矿山排水系统中占主导地位的嗜铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferriphilum)种内进化机制,以嗜铁钩端螺旋菌株L. ferriphilum YSK、L. ferriphilum DX和L. ferriphilum ZJ的全基因组序列为研究对象,通过高通量测序并与已有的L. ferriphilumML-04菌株全基因组序列进行比较基因组学研究。结果表明,嗜铁钩端螺旋菌发生广泛的种内变异,可能来源于噬菌体的新基因片段的缺失与插入是导致嗜铁钩端螺旋菌基因组产生该异质性的主要原因。另外,意外地发现嗜铁钩端螺旋菌株L. ferriphilumYSK和L. ferriphilumZJ的基因组中存在固氮基因簇。深入分析并进一步实验证实菌株L. ferriphilumYSK的固氮基因簇继承自其原始祖先而非源自横向基因转移。综合上述研究结果可知,嗜铁钩端螺旋菌种群正在生物冶金体系中经历频繁的基因重组,在近期的进化中产生许多紧密相关的基因组类型;同时,嗜铁钩端螺旋菌的重组过程深刻塑造其生理特性,并为其适应不同的生态位奠定基础。
- 刘宏伟徐梁枫郭雪郭雪刘学端梁伊丽刘学端梁伊丽
- 关键词：比较基因组固氮种内变异基因重组
- 一组基于转录组测序开发的川金丝猴EST-SSR引物和试剂盒
- 本发明公开了一组基于转录组测序开发的川金丝猴EST‑SSR引物和试剂盒。本发明提供17对川金丝猴EST‑SSR标记引物如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:34所示，这些EST‑SSR标记在9只川金丝猴个体中具有...
- 刘学端张杜梁伊丽胡琪刘宏伟郭雪尹华群高飞
- 文献传递
- 一种筛选酸性浸矿体系中新基因的宏基因组芯片及其筛选方法
- 本发明公开了一种筛选酸性浸矿体系中新基因的宏基因组芯片及其筛选方法。该方法构建了由7776个含有浸矿体系微生物群落DNA大片段的fosmid质粒组成的基因芯片，通过芯片与待筛选目标基因PCR产物杂交，筛选到未分离纯化培养...
- 刘学端邱冠周覃文庆梁伊丽尹华群郭雪申丽刘新星
- 文献传递
- 神农架川金丝猴投食群TRIM5 alpha基因的变异及其进化分析
- 2016年
- 目的:本研究探索神农架大龙潭川金丝猴TRIM5alpha蛋白序列的特征、变异、该基因进化特点以及该基因的遗传多样性,对金丝猴的保护和研究具有重要的意义。方法:从神农架川金丝猴投食群随机选择41个个体,采集毛发并提取基因组DNA,设计引物,对其TRIM5 alpha基因编码序列进行PCR扩增和测序,最后对序列进行比对和分析。结果:在神农架川金丝猴投食群41个个体中,TRIM5alpha基因不存在与Cyp A假基因序列融合的现象。与恒河猴序列不同而与人类相似的是,川金丝猴中没有发现TFP339-341型,而只发现△△Q339-341型。41个个体TRIM5alpha蛋白序列没发现任何非同义突变位点,显示该基因在该种群中具有很低的遗传多样性。编码序列的进化分析表明,Coiled-coil结构域和SPRY结构域在进化中经历了明显的正向选择,Ring结构域和B-box结构域则经历了纯化选择。结论:川金丝猴TRIM5 alpha基因存在很多独特变异位点,且经历了明显的正向选择。对投食群的研究表明该基因编码序列在该种群中多样性很低,这从侧面反映了该总群较低的遗传多样性。针对这种情况,建议在种群复壮的工作中,适当引入一批有效的建群者。
- 张杜郭雪杨万吉刘宏伟梁伊丽刘学端
- 关键词：川金丝猴抗病毒ALPHA进化
- 一种基于转录组测序开发SSR引物的方法
- 本发明公开了一种基于转录组测序开发SSR引物的方法。该方法基于已有的全基因组序列数据及其注释，针对其基因组外显子序列筛选候选SSR位点并设计SSR扩增引物。然后基于多个个体转录组测序的数据进行ePCR验证，最终筛选出多态...
- 刘学端张杜梁伊丽胡琪刘宏伟郭雪尹华群高飞
- 不同树龄银杏叶内生真菌的多样性及群落结构分析被引量：8
- 2019年
- 以湖南省壶瓶山国家级自然保护区生长的9株(3组)不同树龄银杏为研究对象,应用IlluminaHiSeq高通量测序技术,分析银杏叶片组织内生真菌的多样性及群落结构。结果表明:银杏叶片内生真菌群落的多样性、群落结构与组成均存在显著性差异,且随着树龄的增加,叶片内生真菌群落结构差异增大;子囊菌门(Ascomycota)为绝对优势菌门;曲霉属(Aspergillus)、假丝酵母属(Candida)、球腔菌属(Mycosphaerella)等真菌为银杏叶内生真菌群落优势菌属;通过对银杏叶黄酮含量进行检测,发现不同树龄银杏叶的黄酮含量存在显著差异,且随着树龄的增加,3种黄酮醇苷(槲皮素、山奈酚和异鼠李素)含量均呈递减趋势;进一步分析表明,黄酮类化合物作为重要环境因子,可能通过影响优势菌门子囊菌中优势菌属的定殖与生长对内生真菌群落的形成与变化产生显著影响。
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- 关键词：银杏内生真菌黄酮类化合物ILLUMINA
- 一组基于转录组测序开发的川金丝猴EST-SSR引物和试剂盒
- 本发明公开了一组基于转录组测序开发的川金丝猴EST‑SSR引物和试剂盒。本发明提供17对川金丝猴EST‑SSR标记引物如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:34所示，这些EST‑SSR标记在9只川金丝猴个体中具有...
- 刘学端张杜梁伊丽胡琪刘宏伟郭雪尹华群高飞
- 文献传递
- 一种筛选酸性浸矿体系中新基因的宏基因组芯片及其筛选方法
- 本发明公开了一种筛选酸性浸矿体系中新基因的宏基因组芯片及其筛选方法。该方法构建了由7776个含有浸矿体系微生物群落DNA大片段的fosmid质粒组成的基因芯片，通过芯片与待筛选目标基因PCR产物杂交，筛选到未分离纯化培养...
- 刘学端邱冠周覃文庆梁伊丽尹华群郭雪申丽刘新星
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- 一种基于转录组测序开发SSR引物的方法
- 本发明公开了一种基于转录组测序开发SSR引物的方法。该方法基于已有的全基因组序列数据及其注释，针对其基因组外显子序列筛选候选SSR位点并设计SSR扩增引物。然后基于多个个体转录组测序的数据进行ePCR验证，最终筛选出多态...
- 刘学端张杜梁伊丽胡琪刘宏伟郭雪尹华群高飞
- 文献传递
- 两株不同来源的嗜酸氧化亚铁硫杆菌对黄铜矿浸出的研究被引量：2
- 2009年
- 为了比较两株不同来源的嗜酸氧化亚铁硫杆菌菌株在不同培养基中的亚铁氧化活性和黄铜矿浸出能力,本研究采用了分离自广东梅山酸性矿坑水中的菌株M1和标准菌株ATCC23270,对其在9K培养基中的亚铁氧化活性和矿物培养基中氧化还原电位以及浸矿效率进行了测定,该矿物培养基中黄铜矿来自广东梅山。研究结果表明,菌株M1在9K培养基中需5天才能将亚铁完全氧化,而ATCC23270只需4天,但是菌株M1的铜离子浸出效率(38%)却高于ATCC23270(31%),浸出30天后,菌株M1浸矿体系的氧化还原电位从最初348mV上升到520mV,而ATCC23270上升较小,仅从最初350mV上升到491mV。氧化还原电位的变化说明从广东梅山分离得到的菌株M1在浸矿体系中亚铁氧化活性比ATCC23270更高。菌株M1比长期实验室培养的标准菌株ATCC23270更适合当地矿物的微生物浸出,因而在生物浸出工艺中,应考虑采用分离或富集当地原生菌株来进行浸矿。
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- 关键词：黄铜矿氧化亚铁硫杆菌生物浸出
