杨仑
- 作品数：19 被引量：48H指数：3
- 供职机构：上海交通大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金南京农业大学SRT基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术农业科学更多>>
- 生物信息学在药物研究和开发中的应用被引量：16
- 2014年
- 生物信息学作为一门综合计算机科学、信息技术和数学理论开发新的算法和统计方法的学科,对生物实验数据进行分析从而确定数据中所隐含的生物学意义,并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的交叉学科。其主要优势在于以低成本和高通量的方式对大量生物学和医学数据进行管理和分析,侧重于从中进一步挖掘与药物疗效、作用机制和副作用等相关的有价值的信息,为药物研究提供参考和指导。基于低通量药理或毒理学实验的传统新药研发流程具有周期长、成本高和失败率高的局限性。结合其成功运用药物生物信息学进行新药研发和旧药新用的经验,本综述介绍了药物生物信息学在新药研发中的新进展,表明在我国建设药物生物信息学平台的重要性和必要性。
- 王可鉴贺林杨仑
- 关键词：新药生物信息学药物不良反应
- 中国专利基因数据库的创建
- 鉴于目前尚未有专门收录我国基因专利或专利基因的数据库,创建了中国专利基因数据库NASDAP().整合了专利序列、专利微阵列、专利基序和专利单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SN...
- 杨仑夏振华陈剑毛颖徐朗莱
- 关键词：基因专利数据库
- 文献传递
- 一种简化下游工程的表达小肽的新技术方案
- 本文研究了一种表达小肽的新技术方案，新技术方案直接简化了后处理工序、降低了下游纯化成本，同时提高目标肽的纯度和得率并保持其生物活性。该技术方案在目标肽的大规模生产和其后的临床应用都具有独特的优越性。
- 张治国杨仑
- 文献传递
- 基于生物信息学的水稻候选SNP发掘被引量：14
- 2004年
- 综述了现今广泛用于人类基因组计划的单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)发掘的生物信息学方法及相关研究进展。介绍了目前已经开展的围绕水稻品质、抗 (耐 )性等性状的SNP发掘工作。结合自身的研究 (包括HD Zip转录因子编码基因等 ) ,探讨了生物信息学方法用于水稻SNP发掘的可行性。最后阐述了SNP的开发对于水稻育种和功能基因组学研究的重要作用。
- 杨仑沈文飚陈虹姜洋张琳徐朗莱
- 关键词：生物信息学水稻单核苷酸多态性SNP功能基因组学
- 中国基因专利的数据挖掘被引量：2
- 2006年
- 对中国专利基因数据库(NASDAP,http://nasdap.generank.org/)进行了统计和数据挖掘,展示了中国基因专利的全貌;揭示了我国基因专利申请的热点和薄弱面;通过对专利基因生命周期聚类结果的分析,总结出围绕一个专利基因进行二次创新的策略以及我国对此类申请的授权态度。这些数据挖掘结果可为我国药物开发和疾病诊断等生命科学高技术领域知识产权战略的制定提供重要参考。
- 杨仑夏振华陈剑毛颖徐朗莱
- 关键词：基因专利生物信息学数据挖掘
- 基于类Google-PageRank算法和文献组学的镇痛药靶挖掘
- 当前镇痛药开发的主要任务之一是筛选强效、非成瘾的吗啡替代物。其成功与否取决于能否筛选出合适的镇痛药靶。药靶筛选可以通过一系列诸如转录组、蛋白质组以及文献组等层次上的高通量手段来实现。在文献组学层次上，镇痛药靶存在于以疼痛...
- 杨仑王斌夏功立夏振华徐朗莱
- 关键词：PAGERANK
- 中国专利基因数据库的创建
- 2006年
- 创建了中国专利基因数据库NASDAP(http://nasdap.generank.org/).整合了专利序列、专利微阵列、专利基序和专利单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)等专利对象,并实现对上述对象的BLAST检索或基序扫描服务.这为相关研究的立项、基因研发状态追踪以及基因专利申请和审批等工作提供了生物信息平台,并可为药物开发、疾病诊断和农业等生命科学相关研究的思路启发及知识产权战略制定等方面工作提供参考.
- 杨仑徐朗莱
- 关键词：基因专利数据库BLAST
- 一种通过基因组表达谱检测药物不良反应的方法
- 本发明涉及一种通过基因组表达谱检测药物不良反应的方法，包括：查询确认已知能够引起特定不良反应的药物，即风险药物；统计风险药物引起不良反应的发生频率；使用风险药物和目标药物分别处理人类或动物细胞系，并通过基因组表达芯片技术...
- 王可鉴杨仑贺林
- 文献传递
- 芋螺毒素变体的生物合成与特性
- ＜正＞一、背景资料疼痛是多种疾病共有的最常见症状,它给患者带来痛苦、影响疾病的康复;而强烈的疼痛给患者带来难以忍受的痛苦、还可能引发神经性休克。为了缓解中晚期肿瘤、骨折、烧伤、爱滋病、神经痛等引发的强烈疼痛,目前临床上普...
- 张治国杨仑
- 文献传递
- VEGFA,HIF1A和EPAS1基因多态性与猪繁殖性状的相关研究(英文)
- 2014年
- 在梅山猪保种群和法系大白猪群体中采用直接测序法和PCR-RFLP法对基因VEGFA、HIF1A和EPAS1进行了基因多态位点的寻找及多态性检测并对不同基因型的总产仔数、产活仔数等繁殖性状进行了相关分析。在所获得的基因VEGFA的扩增片段中共检测到17个多态位点,其中有4个位点可进行PCR-RFLP检测,分别为BstH2I-RFLP,PspEI-RFLP,Eco32I-RFLP和BcnI-RFLP,而在HIF1A和EPAS1扩增片段中未获得可进行PCR-RFLP检测的多态位点。在2个实验猪群中对VEGFA基因的4个多态位点进行基因型及等位基因频率分析,结果表明:VEGFA基因的BstH2I、Eco32I、PspEI 3个多态位点在梅山猪群体中A等位基因占优势,BcnI多态位点在梅山猪群体中B等位基因占优势,而在法系大白猪群体中VEGFA基因的BstH2I、Eco32I、PspEI和BcnI 4个多态位点的相关基因型和等位基因分布极不均衡。BstH2I和PspEI多态位点相关的A等位基因频率在法系大白猪群体中为0,而Eco32I和BcnI多态位点相关的A、B等位基因频率在法系大白猪群体中不到1%。单倍体型推断结果表明VEGFA基因4个多态位点在梅山猪群体中共存在10种单倍体型,而在法系大白猪群体中只存在2种单倍体型BBBA和BBAB,且只有一个个体的单倍体型是BBAB。通过性状关联分析,发现梅山猪群体中VEGFA基因单倍体型BBBA对初产总仔数影响显著(P<0.05);单倍体型BABA对经产总仔数和经产活仔数影响显著(P<0.05);单倍体型BBAA对初生窝重影响显著(P<0.05)。使用辐射杂种克隆板将基因VEGFA定位于SSC7q11-12;基因HIF1A定位于SSC1;基因EPAS1定位于SSC3q11-14。而所获得的基因HIF1A和EPAS1的扩增片段无PCR-RFLP可识别的SNP位点。研究结果表明猪VEGFA基因具有成为影响猪繁殖性状分子遗传标记的潜力。
- 张向喆杨仑陈强谭桂芳陈剑严国祥潘玉春
- 关键词：VEGFA基因多态性繁殖性状
