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金谷雷: 作品数：10 被引量：51H指数：4; 供职机构：浙江大学更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划公益性行业(农业)科研专项更多>>; 相关领域：农业科学生物学自动化与计算机技术更多>>

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拟南芥在盐胁迫环境下SOS转录调控网络的构建及分析被引量：14: 2010年; 研究拟南芥在高浓度盐处理环境下的基因调控网络,有助于了解其在盐胁迫环境下保持正常生长的防御机制。针对目前广泛研究的SOS(Salt Overly Sensitive)耐盐机制,文章整合公共数据库中盐胁迫相关的拟南芥基因组表达谱芯片,通过反向工程方法构建了拟南芥在盐胁迫状态下的SOS转录调控网络。所获得的调控网络包含70个盐胁迫相关且高度互作的互作基因,其中27个转录因子为主要调控节点。进而根据SOS核心基因的表达特性,所得调控网络内的不同表达模式得到了鉴别。; 谢崇波金谷雷徐海明朱军; 关键词：拟南芥盐胁迫转录调控网络转录因子基因表达

梨火疫病病原菌(Erwinia amylovora)三型分泌系统的鉴别及Erwinia spp. HrpA的分析: 2009年; 【目的】明确梨火疫病病原菌(Erwinia amylovora)三型分泌系统(type Ⅲ secretion system,TTSS)的所在区域、相关基因及Erwinia spp.的HrpA(hypersensitive response and pathogenicity gene A)选择压水平。【方法】利用生物信息学方法,通过BLAST程序对梨火疫病菌基因组的核苷酸数据库进行同源比对,同时对Erwinia spp.与宿主互作的表面蛋白HrpA进行选择压分析。【结果】TTSS分析结果显示在40kb大小的毒力岛上有27个TTSS相关基因。通过与看家基因及毒力岛上的致病性相关的重要基因HrpN的比较、选择压分析、多序列比较,发现HrpA基因处于较强的选择压作用下,且HrpA蛋白N端主要受正向选择,C端主要受净化选择。NJ法构建的HrpA系统发育树显示Erwinia spp.形成两个明显的分支,表明HrpA基因可能在种间分化后产生了不同的选择压变化。【结论】梨火疫病病原菌基因组3.14-3.18Mb为其TTSS分布区域。该病原菌通过TTSS侵染寄主植物,在其病原菌表面有一种类鞭毛结构的TTSS蛋白HrpA,HrpA作为传输者起着将效应分子输送到宿主内部的功能,在进化上受到了较强的选择压影响。; 朱勃金谷雷怀雁谢关林; 关键词：梨火疫病

进化分支节点距离法结合基因获得丢失检测大规模物种基因水平转移: 基因水平转移(horizontal gene transfer, HGT),又称基因横向转移(lateral gene transfer, LGT),是指在差异生物个体之间,或单个细胞内部细胞器之间所进行的遗传物质的交流...; 朱勃金谷雷徐铭杨楼妙苗谢关林; 关键词：生物物种基因水平转移

微卫星序列完整性与多态性的关系被引量：5: 2012年; 微卫星或简单序列重复（SSR）是指以1~6个碱基为单位的串联重复序列.SSR 包括完整型和不完整型两种.不完整型 SSR 是指其序列中存在个别不符合基序的碱基.SSR 作为一种用途广泛的分子标记,其多态性水平越高则应用价值越大.本研究利用模式植物水稻的两个品种（籼稻93-11和粳稻日本晴）和拟南芥的两个生态型（Columbia 和 Lansberg）的基因组序列,以及稻瘟菌中245个 SSR 标记的试验结果,对 SSR 序列完整性与多态性之间的关系进行了分析.结果表明,总体上三个物种都表现为不完整型 SSR 的多态性比完整型 SSR 低,其中以稻瘟菌最为显著.水稻和拟南芥表现出相似的规律,其 SSR 序列完整性对多态性的影响都是以二核苷酸重复最为显著,而五核苷酸重复序列则基本不受影响;另外,SSR 多态性水平与序列完整程度呈正相关关系,但轻微的序列不完整一般并不会降低 SSR 的多态性,甚至在拟南芥中还提高多态性.本研究结果对 SSR 标记的开发和 SSR 进化研究提供了有用的信息,具有重要的参考价值.; 郑燕金谷雷吴为人; 关键词：拟南芥稻瘟菌多态性

基因水平转移在植物细菌致病性及其进化上的影响研究: 基因重组、复制及丢失一直以来被认为在细菌进化过程中起着最主要的作用,尽管一些学者一直怀疑在致病基因的进化过程中,水平转移（Horizontal Gene Transfer,HGT）起着一定的作用,但是只有在最近几年随着测...; 朱勃金谷雷谢关林; 关键词：基因重组基因水平转移; 文献传递

水稻14-3-3蛋白家族的生物信息学分析被引量：26: 2005年; 通过隐马尔柯夫模型(HiddenMarkovModel,HMM),对粳稻(OryzasativaL.ssp.japonica)基因组的蛋白质数据库进行搜索,结果获得8个1433蛋白的同源序列,其中发现4个新基因。通过对所有粳稻的1433蛋白的DNA序列与各种表达序列标签(ExpressionSequenceTags,ESTs)进一步比对,为1433蛋白找到了ESTs的证据。结果说明这些基因在水稻不同的处理和不同的部位都有所表达,而且不同成员之间的表达模式存在较大的差异。蛋白质多序列联配分析结果表明,存在可能的功能多态位点。通过基因结构和染色体定位的分析,确认了水稻基因组中存在ε样和非ε样两类1433蛋白。此外,对目前植物中的1433家族作了初步的进化分析。; 金谷雷汪旭升朱军; 关键词：生物信息学分析隐马尔柯夫模型蛋白质数据库同源序列多态位点行搜索

生命科学知识网络系统构建及网络信息分析: 随着高通量数据分析数据的大量产生，生物信息数据库及系统生物学在生命科学研究中越来越重要。大量的数据库和网络服务又使得使用者面临被数据淹没的危险，此外如何有效的组织和利用这些信息也成为生物信息研究的重点。为了构建一个统一的...; 金谷雷; 关键词：生物信息数据库信息构成文献搜索引擎; 文献传递

植物内含子进化模式研究: 内含子是真核生物基因组中重要的组成元件，关于内含子的起源、进化动力和变化机制的争论已经持续了20多年，然而我们对于这些问题的认识仍然有限。进入基因组时代后，大量的基因组序列信息推动了内含子研究的进展，但是植物内含子的进化...; 金谷雷; 关键词：内含子进化模式植物基因组植物物种; 文献传递

进化分支节点距离法结合基因获得丢失检测大规模物种基因水平转移: 基因水平转移（horizontal gene transfer,HGT）,又称基因横向转移（lateral gene transfer,LGT）,是指在差异生物个体之间,或单个细胞内部细胞器之间所进行的遗传物质的交流。差...; 朱勃金谷雷徐铭杨楼妙苗谢关林; 文献传递

拟南芥种子简易育苗法及所用装置: 本发明公开了一种拟南芥种子简易育苗装置，包括环形上浮板(1)和环形下浮板(3)，环形上浮板(1)位于环形下浮板(3)的上方，环形上浮板(1)的内径等于环形下浮板(3)的内径，在环形上浮板(1)和环形下浮板(3)之间设置呈...; 牛耀芳章永松金崇伟金谷雷柴如山; 文献传递