梁爽
- 作品数：24 被引量：55H指数：5
- 供职机构：南方医科大学南方医院更多>>
- 发文基金：广东省生物芯片重点实验室基金国家自然科学基金广州市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 雄激素非依赖型前列腺癌相关基因的挖掘及生物信息学分析被引量：1
- 2010年
- 目的:从分子水平揭示雄激素非依赖型前列腺癌(AIPC)的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法:在公共基因芯片数据库(GEO)中下载前列腺癌的相关基因芯片数据,使用BRB-ArrayTools软件对其进行数据挖掘分析,筛选AIPC相关基因;并利用GATHER在线分析工具进行深入的生物信息学分析。此外,又利用基因集富集分析(GSEA)软件对上述基因芯片数据集进行了基因富集分析。结果:BRB分析发现在AIPC中有87个差异表达基因,其中上调23个,下调64个。这些差异基因的功能主要集中在细胞信号转导、细胞粘附、粘附斑、细胞外基质(ECM)受体相互作用等功能中。GSEA分析发现AIPC相关基因主要在ECM受体相互作用、SONIC_HEDGEHOG以及HDACI_COLON_TSABUT_DN功能基因集中富集。结论:应用BRB-ArrayTools和GSEA分析发现,ECM受体相互作用、细胞粘附过程及Hedgehog信号通路之间的网络调控系统可能与AIPC的发生密切相关。利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,为确定雄激素非依赖型前列腺癌的早期诊断标志与治疗靶点提供新的思路。
- 李铁求梁爽邹亚光李飞冯春琼毛向明
- 关键词：前列腺癌生物信息学基因表达谱雄激素
- 肝选择性未知基因loc91614的功能预测及表达研究被引量：3
- 2013年
- 目的:预测肝脏组织选择性未知基因loc91614的功能,实验验证其基因表达。方法:构建含未知基因的肝组织选择性细胞通讯(LSCC)基因网络,再进行聚类、文献挖掘、基因本体、KEGG通路、Transfac转录因子结合位点等分析,用以预测loc91614的功能特征,最后,从mRNA和蛋白质水平验证其基因表达。结果:获得21个节点的LSCC基因网络,聚类显示loc91614与apob密切关联;文献挖掘显示基因与肝组织、胞质、脂等关键词显著相关;GO功能富集分析揭示loc91614具有细胞通讯、信号转导、细胞内信号级联的功能,有7个TFBS可对含loc91614的靶基因集进行调控,loc91614基因在肝细胞表达明显高于肝癌细胞。结论:loc91614可能分布于肝细胞的胞质中,很可能在肝组织中发挥细胞通讯等功能,也可能参与肝脏的糖、脂代谢过程,在肝细胞选择性高表达。
- 廖之君马文丽梁爽林德馨王晓江郑文岭
- 关键词：基因表达细胞通讯
- 基于文献挖掘的雄激素非依赖型前列腺癌特异表达基因的生物信息学分析被引量：5
- 2009年
- 目的:比较雄激素依赖型与非依赖型前列腺癌的基因表达差异,加深对雄激素非依赖型前列腺癌形成的分子机制的认识,为前列腺癌防治找到新的有效手段。方法:通过FACTA工具从PubMed找出前列腺癌的相关基因进行分类,利用GATHER、PANTHER、STRING和ToppGene等在线工具对雄激素非依赖型前列腺癌特异表达基因进行生物信息学分析。结果:筛选雄激素非依赖型前列腺癌特异基因128个,这些特异表达基因在细胞信号转导、凋亡、肿瘤生成、细胞粘附、细胞增殖和分化等生物学过程起着重要作用。结论:通过生物信息学对雄激素非依赖型前列腺癌特异表达基因的挖掘发现,MMP9、EGFR、MMP2、ADM、MIF、IGFBP3、IL2、MET、BAD、RHOA、SPP1、EP300、SMAD3、RAF1、PTK2、TGFB2等基因在雄激素依赖型转变成非依赖型前列腺癌中可能起着重要作用。
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- 关键词：生物信息学前列腺癌雄激素非依赖特异基因
- VeryGene:a database linking tissue specific genes to diseases,drugs and beyond
- Introduction The tissue-specific genes(TSGs) are a group of genes whose expression and function are selective ...
- 杨晓勤梁爽
- 文献传递
- 电离辐射影响人成纤维细胞基因表达谱的数据挖掘被引量：3
- 2008年
- 目的从基因表达谱水平探讨2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点的可能交互效应,掘其差异表达基因。方法应用GeneSifter在线软件和Panther生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus)数据库的12个样品GSM(数据包含2株成纤维细胞和每株细胞3个辐照时间点),运用混合设计二因子的Two-Way ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行聚类、主成分分析、模式分类、功能归类分析,最后用GenCLiP软件进行文献挖掘。结果获得41条交互效应的差异表达基因,主成分分析示每株细胞24h时间点的特征向量明显远离其他向量,差异基因表达可分为3种模式。基因功能归类分析提示,多个生物通路如有丝分裂、细胞周期、细胞结构、细胞凋亡等被显著激活,其中参与有丝分裂和细胞周期的差异表达基因由细胞骨架基因、微管运动基因、蛋白激酶基因等构成,细胞凋亡等效应获得文献支持。结论2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点有交互效应,存在基因差异表达,这些基因有可能成为鉴定成纤维细胞和辐照时间交互效应的生物标记。
- 廖之君马文丽梁爽陈霞左长清郑文岭
- 关键词：电离辐射人成纤维细胞基因表达谱数据挖掘
- 基于生物信息学的激素非依赖型前列腺癌的治疗药物筛选被引量：3
- 2010年
- 目的筛选雄激素非依赖型前列腺癌(AIPC)新的潜在治疗药物。方法通过FACTA工具从PubMed找出前列腺癌的相关基因进行分类,利用Connectivity Map、DrugBank、ToppGene等生物信息学在线工具筛选出AIPC潜在治疗药物并进行初步验证。结果生物信息学筛选出一些对AIPC潜在的治疗药物,其中包括thioridazine(甲硫达嗪)、novobiocin(新生霉素),并通过实验证实了新生霉素对前列腺癌PC-3细胞的抑制作用并通过生物信息学探讨其可能机制。结论通过生物信息学对雄激素非依赖型前列腺癌差异表达基因的挖掘及药物筛选,是一种合理的药物筛选方法。
- 李铁求冯春琼邹亚光周期赵梁爽毛向明
- 关键词：生物信息学前列腺肿瘤新生霉素
- 基于基因表达谱的途径筛选肺腺癌治疗药物被引量：5
- 2010年
- 目的:探讨基于基因表达谱的途径在肺腺癌治疗药物筛选中的应用。方法:从GEO数据库中获得GSE10072和GSE7670两个数据集,然后利用dchip软件进行差异表达基因分析,采用基因集富集方法(gene set enrichment analysis,GSEA)对肺腺癌进行通路富集分析,最后通过Connectivity map(Cmap)筛选肺腺癌候选治疗化合物,并进行实验验证。结果:共获得差异表达基因379个,其中上调基因94个,下调基因285个;GSEA主要富集到细胞周期等18条信号通路与肺腺癌相关;通过Cmap分析,筛选到Vorinos-tat、15-delta prostaglandin J2、trichostatin A、tanespi mycin等8种候选药物或化合物,在进一步的实验中也证实15d-PGJ(2)可有效抑制A549细胞的增殖。结论:基于基因表达谱的途径为药物发现提供新思路,加速了药物发现过程。
- 王桂平叶云杨晓勤陈新美梁爽郑文岭马文丽
- 关键词：基因表达谱肺腺癌CONNECTIVITYMAP
- 应用GeneSifter软件分析范可尼贫血基因表达谱的报告
- 2007年
- 目的:探讨范可尼贫血(Fanconi anemia,FA)发病的分子机制。方法:用GeneSifter软件对FA转录子协会公布的FA基因芯片表达数据进行统计学分析,结合Gene Ontologe和KEGG通路分析。结果:从FA细胞中筛选出690个差异表达基因,涉及DNA损伤与修复等多种生物过程及多条通路,发现了TOP2A、MCM2、PCNA等多个与FA发病相关基因。结论:FA发病的分子机制主要与DNA损伤和修复过程中的解螺旋相关,RAD-6通路可能是其损伤后的重要修复通路,其次亦与钙离子信号通路等密切联系。
- 陈霞马文丽梁爽向征郑文岭
- 关键词：范可尼贫血基因表达谱差异基因
- 不同分化程度卵巢癌细胞中胚胎干细胞相关通路的基因集富集分析被引量：1
- 2010年
- 背景:近年来一些研究发现肿瘤细胞具有与干细胞类似的特征,因此,控制干细胞功能的某些基因调控网络,可能也在某些肿瘤中同样发挥作用。目的:观察不同分化程度卵巢癌的分子特征,获得与胚胎干细胞相关基因的表达情况。方法:从美国国立生物信息中心(NCBI)共享数据库GEO下载原始基因芯片文件,登录号为GSE2109,选取卵巢癌样本作为研究材料。去除临床指标缺失的样本,按照组织学分级将卵巢癌样本分为高分化和低分化两组。原始数据经dChip进行质量检验和标准化,获得基因表达的矩阵。收集胚胎干细胞相关的基因集、生物学过程和KEGG通路在不同分化的卵巢癌中的富集情况,用GSEA进行基因集富集分析。结果与结论:选取了13个与胚胎干细胞相关的基因集,低分化的卵巢癌细胞中有9个基因集上调,PRC2靶点相关的4个基因集下调,说明与胚胎干细胞相关的基因集大多在低分化的卵巢癌细胞中上调。并且在低分化卵巢癌细胞显著上调的都是与细胞周期、细胞分裂、DNA复制等与增殖相关的通路。基因表达谱分析表明低分化的卵巢癌与胚胎干细胞具有相似的分子特征,这可以为卵巢癌的早期诊断和治疗提供新的思路。
- 叶云王桂平杨晓勤尹曦梁爽郑文岭马文丽
- 关键词：表达谱胚胎干细胞分化卵巢癌
- 结直肠癌组织特异性治疗靶点的生物信息学筛选
- 2011年
- 目的 预测与筛选结直肠癌组织特异性基因,作为靶向治疗的候选靶点.方法 利用自主开发的Python语言程序分析人类正常组织与结直肠癌组织mRNA表达的组织特异性,结合人类胚胎干细胞富集基因集以及文献挖掘结果,筛选可能的与结直肠癌发生或发展相关的基因作为候选靶点,并对其进行通路分析及基因富集分析.结果 获得了结直肠癌组织特异的且与肿瘤生物学通路密切相关的4个基因,作为进一步研究的候选靶点.结论 应用生物信息学方法从芯片数据进行挖掘,可以为结直肠癌的靶向治疗提供候选靶点,并为后续的药物设计奠定基础.
- 尹曦叶云梁爽马文丽郑文岭
- 关键词：结直肠癌组织特异性治疗靶点生物信息学
