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Na_2CO_3胁迫对高羊茅种子萌发的影响被引量：10: 2014年; 研究了不同浓度Na2CO3(0、20、40、60、80和100mmol·L-1)胁迫对4个高羊茅(Festuca arundinacea)品种(美洲虎3号、雅典娜、爱瑞3号和火凤凰)种子萌发的影响。结果表明,Na2CO3胁迫均会延迟4个高羊茅品种的初始萌发时间,延缓发芽进程。随Na2CO3浓度的增加,4个高羊茅品种的种子发芽率和发芽势均呈下降趋势。4个高羊茅品种的相对发芽率与盐浓度均呈抛物线关系,拟合回归方程分别为美洲虎3号:y=-6E-05x2-1.203 5x+110.61;雅典娜:y=0.007 4x2-1.792 8x+101.58;爱瑞3号:y=-0.001x2-1.070 3x+107.72;火凤凰:y=0.004 9x2-1.722 8x+114.97。分别得出了4个高羊茅品种种子萌发的临界耐盐浓度:美洲虎3号耐盐致死浓度是87.2mmol·L-1,雅典娜是73.2mmol·L-1,爱瑞虎3号是84.6mmol·L-1,火凤凰是78.4mmol·L-1。美洲虎3号种子萌发的耐盐性最好,其次为爱瑞虎3号和火凤凰,雅典娜种子萌发的耐盐性最差。; 孙西红赵凌平王占彬; 关键词：高羊茅 NA2CO3胁迫种子萌发

盐胁迫对高羊茅种子萌发、幼苗生理生化指标的影响及miRNA的鉴定: 我国盐渍土资源开发利用潜力巨大，而种植耐盐性优质牧草是改良与利用盐渍化土壤的有效途径。高羊茅具有较强的耐盐碱能力，是可以在盐渍地大面积推广的优质牧草。因此，深入了解高羊茅的耐盐机理及对其miRNA的鉴定，对盐渍地的开发利...; 孙西红; 关键词：高羊茅盐胁迫耐盐机理种子萌发生理生化指标

基于RNA-Seq高通量测序技术的大口黑鲈转录组分析被引量：9: 2019年; 文章以大口黑鲈(Micropterus salmoides)组织作为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录本测序和数据分析,经拼接组装,最终获得35 659条unigenes,序列平均长度738 bp,序列长度中位数(N50)为1 052 bp。另外从长度分布与GC含量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量好、可信度高。使用6大数据库(KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot、GO和KEGG)注释大口黑鲈转录组unigenes,分别对应有15 832、21 279、14 524、16 973、15 024和11 185条unigenes获得注释。其中,5 617条unigenes在以上所有数据库中同时注释成功,17 253条unigenes至少被一个数据库注释。KEGG分析结果显示,获得注释的11 185条unigenes被划分到267个代谢通路中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,共有1 349条(12.06%)。另外还检测到4 030个微卫星(SSR)位点。通过对大口黑鲈转录组测序,获得了大量的转录组信息,为大口黑鲈的功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析、分子标记开发及遗传改良等研究奠定了基础。; 黄勇龚望宝陈海刚熊建利孙西红; 关键词：大口黑鲈转录组基因注释

基于RNA-Seq高通量测序技术的大鲵转录组分析被引量：4: 2018年; 为发掘大鲵的功能基因,该研究以大鲵组织作为研究对象,利用RNA-seq技术对大鲵进行转录本测序和数据分析,经拼接组装共获得132 912条Unigenes,序列平均长度690 bp,N50为1 263 bp。另外从长度分布、GC含量与表达水平等方面对Unigenes进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。此外,本研究也预测出132 416个能编码蛋白的Unigenes。使用9大数据库CDD、KOG、NR、NT、PFAM、Swiss-Prot、Tr EMBL、GO和KEGG注释大鲵转录组Unigenes,分别对应有24 049、18 406、36 711、15 858、20 500、27 515、36 705、28 879和10 958条Unigenes获得注释。其中,6 323条Unigenes在以上所有数据库中同时注释成功,39 672条Unigenes至少被一个数据库注释。KEGG分析结果显示：获得注释的10 958条Unigenes被划分到343个代谢通路中,参与信号转导通路的Unigenes数最多,共有2 644条（24.12%）;其次是免疫系统通路的Unigenes有2 450条（15.29%）。最后本研究还检测到了29 790个SSR位点。通过对大鲵转录组测序,获得了大量的转录组信息,有助于进一步研究大鲵功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析和分子标记开发等。; 黄勇高小蝉孙西红; 关键词：转录组基因注释

Na_2CO_3胁迫对高羊茅种子萌发的影响: 研究了不同浓度Na_2CO_3(0,20,40,60,80,100mmol·L~(-1))胁迫对4个高羊茅(Festuca arundinac鳓品种(美洲虎3号、雅典娜、爱瑞3号、火凤凰)种子萌发的影响。结果表明,Na_...; 孙西红赵凌平王占彬; 关键词：高羊茅种子萌发; 文献传递

基于高通量测序的杂交鳢转录组数据分析: 2019年; 运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201~12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。; 黄勇龚望宝陈海刚孙西红; 关键词：杂交鳢转录组基因注释

一种双乙醇沉淀法快速提取大鲵血液基因组DNA的方法: 本发明公开了一种双乙醇沉淀法快速提取大鲵血液基因组DNA的方法，仅需20ul鱼抗凝血液样品，加入细胞裂解液裂解细胞后，用蛋白酶K进行消化，然后用乙醇沉淀基因组DNA，弃上清液，将沉淀用双蒸水溶解，由于乙醇使蛋白发生不可逆...; 黄勇孙西红高小蝉任洪涛熊建利; 文献传递

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孙西红