刘思妍
- 作品数：2 被引量：9H指数：2
- 供职机构：甘肃农业大学农学院更多>>
- 发文基金：甘肃省科技重大专项计划国家马铃薯产业技术体系建设项目国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 马铃薯StSnRK2.2基因克隆与生物信息学分析被引量：3
- 2013年
- 以马铃薯‘陇薯3号’(Solanum tuberosum)为试材,采用RT-PCR方法从马铃薯cDNA中克隆得到一个SnRK(Sucrose non-fermenting 1-related protein kinase)基因,命名为StSnRK2.2,提交GenBank注册,注册号为JX280912。通过生物信息学分析,该基因开放阅读框全长1 020 bp,编码339个氨基酸,蛋白质分子量为38.33 kDa,等电点为5.93,α-螺旋43.36%,延伸链16.22%,β-折叠6.78%,无规则卷曲33.63%,无信号肽、不跨膜,是一个膜内蛋白。亚细胞定位分析预测主要存在于细胞核中。氨基酸序列同源性比较发现,马铃薯StSnRK2.2基因与其他目前已报道的抗逆效果显著的SnRK2家族基因具有较高同源性,同烟草PK11-C5基因的同源性最高,相似性达90.56%,在系统进化树中处于同一进化分枝上。并通过分析得到该基因具有13处丝氨酸磷酸化位点、4处苏氨酸磷酸化位点和4处酪氨酸磷酸化位点,可能与植物体内Ser/Thr蛋白激酶有关,因此,推测该基因属于SnRK2基因家族成员,可能在参与逆境胁迫反应、增强植物的抗逆性中起着重要作用。
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- 关键词：马铃薯克隆生物信息学分析
- 马铃薯StSnRK2.1基因克隆与生物信息学分析被引量：7
- 2013年
- SnRK2基因对植物的逆境胁迫具有重要的调节作用,以马铃薯‘陇薯3号’(Solanum tuberosum)为试材,采用RT-PCR方法从马铃薯试管苗中克隆得到1个SnRK2.1基因cDNA,命名为StSnRK2.1,提交GenBank注册,注册号为JX280911。通过生物信息学分析,该基因开放阅读框全长1 008 bp,编码335个氨基酸。预测蛋白质分子量约为37.77 kD,等电点为5.37,蛋白质二级结构预测α-螺旋42.39%,延伸链16.42%,β-折叠7.46%,无规卷曲33.73%,具有疏水性,为膜内蛋白。亚细胞定位显示该基因出现在细胞质及微体中的可能性较大。肽链可能有7处丝氨酸磷酸化位点,2处苏氨酸磷酸化位点,以及3处酪氨酸磷酸化位点,因此推测该基因在植物抗逆中有重要的作用。
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- 关键词：马铃薯抗旱基因克隆生物信息学分析
