黄婷婷
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：西南交通大学生命科学与工程学院更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 食用菌纤维素内切酶的分子建模与分析
- 2011年
- 采用SWISS-MODEL、Discovery Studio等生物信息方法预测和分析食用菌纤维素内切酶(EG)分子的三级结构。结果显示:草菇(V.volvacea)和云芝(T.hirsuta)EG的分子外形呈"桶"状,由外层的alpha-螺旋和内层的beta-折叠组成,无规卷曲位于其2个底面;草菇EG的R129作为盐键形成中心,参与形成6个盐键,其催化残基E215和E248参与形成5个氢键,而里氏木霉(T.reesei)EGII的催化残基参与形成3个氢键。基于EG连接区和催化相关序列氢键分析,认为草菇和云芝的该区域相关碱基或氨基酸可进行突变和优化。目前未见对草菇和云芝EG的分子建模的研究报道。此研究对于食用菌纤维素内切酶结构的深入了解和结构优化及应用具有重要的意义和价值。
- 黄婷婷易卓林茆灿泉
- 关键词：食用菌
- 靶向基质金属蛋白酶14类血红素结构域特异活性位点的确定及反义肽虚拟筛选被引量：1
- 2014年
- 目的:确定基质金属蛋白酶14(MMP-14)类血红素结构域(HPX14)特异活性位点,虚拟筛选获得能与HPX14特异结合的短肽。方法:用metaPocket预测HPX14的活性口袋,多序列比对分析活性口袋的氨基酸残基特异性;基于M-I和R-B理论设计以特异活性位点为正义肽的反义肽库,并进行虚拟筛研究及结合特异性确定。结果:生物信息学分析确定了KGRGLTD为HPX14的特异活性位点,并构建了其1036条反义肽;通过2轮虚拟筛选,获得10条得分居前的与HPX14结合较好的反义肽,它们与HPX14具有较高的亲和力,并可能影响MMP-14同源二聚体的形成和MMP-14活性的抑制;VSETAPF、IGEPPPF是对接打分最好的2条短肽,与HPX14的结合具有特异性。结论:KGRGLTD是HPX14的特异活性位点,虚拟筛选得到的VSETAPF、IGEPPPF等反义肽与HPX14具有较高的亲和力,这为基于MMP-14的HPX结构域的靶向小分子多肽先导药物的发现提供了重要的前期工作基础与新思路。
- 谭博文周毅洁黄婷婷茆灿泉
- 关键词：对接
