贾飞飞
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：广东食品药品职业学院更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 华支睾吸虫Rab家族蛋白结构及演化的生物信息学分析被引量：1
- 2016年
- 目的：鉴定华支睾吸虫基因组中Rab家族基因并进行分类。方法使用MEGA5中的Muscle模块对秀丽线虫Rab进行多序列比对，以该比对结果作为查询，对华支睾吸虫蛋白数据库进行PSI－Blast搜索，使用ClustalW模块获得华支睾吸虫Rab蛋白家族序列，并根据比对结果定义Rab功能域（RabF1～RabF5）。使用MEGA5软件的邻接法建立华支睾吸虫Rab GTPases之间的系统进化树。再使用邻接法构建多物种Rab同源蛋白序列系统进化关系树。结果用PSI－Blast搜索华支睾吸虫基因组数据库，获得54个同源基因。这54个可能的Rab家族蛋白中有21个蛋白与参考序列的同源性超过50％。这些蛋白的编码基因由多个内含子和外显子组成，且序列长短不一，读码方向也不同。不同的Rab蛋白聚类形成多个Rab蛋白亚型，与Rab家族具有多种Rab蛋白种类相一致。结论华支睾吸虫Rab蛋白家族进化具有保守性，蛋白的分化与物种的分化相一致。
- 贾飞飞黎壮伟郭音彤余新炳
- 关键词：华支睾吸虫生物信息学
- 华支睾吸虫Rab2基因的克隆表达及生物学特性分析
- 2016年
- 目的获得原核表达的华支睾吸虫Rab2蛋白,并探索其生物学特性。方法从华支睾吸虫cDNA文库获得CsRab2的全长cDNA,NCBI搜索与之相似度高的基因序列,预测其所含结构域和功能;应用Vector NTI程序对来自于Gen Bank中与之有较高相似度的基因序列进行分析,构建基因进化树;Swiss-model预测其三维立体结构,原核表达重组融合蛋白CsRab2,采用Western blot鉴定重组蛋白CsRab2,采用q RT-PCR测定CsRab2基因在不同发育阶段的表达水平。结果 CsRab2全长基因的ORF包含588个碱基,编码195个氨基酸。Prot Param预测该编码蛋白的理论分子量和等电点分别是22.29×103 Mr和5.87。不含有信号肽,也未发现线粒体等亚细胞定位序列,三维预测结果显示,Rab2同Rab家族的其他蛋白类似:由保守的G结构域和长度、序列上高度可变的N端和C端形成。将纯化后的蛋白进行SDS-PAGE电泳,考马斯亮蓝染色观察该目的蛋白分子量约28×103 Mr。经过亲和层析方法纯化获得的rCsRab2,可被His tag小鼠单克隆抗体识别。CsRab2在华支睾吸虫各生活史阶段均有表达,且在囊蚴和尾蚴阶段表达较高。结论 CsRab2属于保守蛋白,其生物信息学分析符合Rab家族蛋白的共有特性,在囊蚴和尾蚴阶段表达较高,但CsRab2在细胞内确切的定位信息和功能仍有待进一步研究。
- 贾飞飞黎壮伟郭音彤余新炳
- 关键词：华支睾吸虫原核表达
