张琦
- 作品数：2 被引量：25H指数：1
- 供职机构：福建农林大学蜂学学院更多>>
- 发文基金：福建省教育厅科技项目国家现代农业产业技术体系建设项目福建省大学生创新性实验计划项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及其响应球囊菌胁迫的免疫应答研究
- 蜜蜂易受到多种疾病侵袭,其中,白垩病是最具代表性的真菌病,给养蜂业造成巨大损失.目前,尚无一种杀真菌剂被批准用于治疗白垩病.养蜂生产中,意大利蜜蜂幼虫极易受到蜜蜂球囊菌的侵染而罹患白垩病,而中华蜜蜂幼虫具有较强的球囊菌抗...
- 陈大福郭睿熊翠玲徐细建Dhiraj Kumar骆群郑燕珍张曌南张璐李汶东席伟军李龙杜宇张琦余敏马子韬侯志贤曹雪珂王博梁勤
- 关键词：中华蜜蜂SSR免疫应答
- 蜜蜂球囊菌的参考转录组de novo组装及SSR分子标记开发被引量：25
- 2017年
- 【目的】通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de novo组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记。【方法】首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子,配制含1×107孢子/m L的饲料饲喂4,5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫,通过Illumina Hi SeqTM2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序,原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes,进而通过BLASTX比对NCBI Nr,Swiss-Prot,KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物,通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增。【结果】本研究共获得146 135 308条高质量reads,de novo组装得到42 609个unigenes。BLASTX比对结果显示,29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释。注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多,达6 050个。KEGG注释结果显示,unigenes可注释到117个代谢通路,其中富集在核糖体(ribosome)上的unigenes数量最多(529)。所有unigenes中共预测到7 968个SSRs,通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记。【结论】本研究成功组装球囊菌的参考转录组,并进行了功能与代谢通路注释,可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息。基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究。
- 张曌楠熊翠玲徐细建黄枳腱郑燕珍骆群刘敏李汶东童新宇张琦梁勤郭睿陈大福
- 关键词：蜜蜂球囊菌RNASSR
