何渊
- 作品数：3 被引量：1H指数：1
- 供职机构：苏州大学医学部基础医学与生物科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 红毛菜28SrDNA和IGS序列分析及系统发育
- 2016年
- 为了探讨中国境内红毛菜的物种关系及亲缘关系,对红毛菜核糖体基因的28S rDNA、IGS序列进行了研究。28S rDNA序列分析结果显示:江苏(LYG、NT)、福建(NRD1、NRD2)、广东(NA1、NA2、NA3)的7个海水红毛菜遗传距离为0~0.004;而威海(WH)的海水红毛菜与其他海水红毛菜的遗传距离为0.144~0.147;山西娘子关(NZG)、甘肃兴隆山(XLS)的2个淡水红毛菜之间的关系极近,遗传距离为0.001;淡水红毛菜与威海的海水红毛菜的遗传距离(0.125)小于淡水红毛菜与其他7个海水红毛菜的遗传距离(0.210~0.213)。对江苏、福建、广东的7个海水红毛菜的IGS序列进行分析显示,7个海水红毛菜亲缘关系极近。基于28S rDNA序列的系统进化树显示,中国境内采集到的红毛菜分为3个进化分支:2个淡水红毛菜形成独立1支,而海水红毛菜则分为2个进化分支,其中威海的海水红毛菜单独为1个分支,其他7个海水红毛菜归为另1个分支。由此推测,目前为止中国境内至少存在3种红毛菜。
- 徐佳杰姜波朱建一何渊沈宗根
- 关键词：红毛菜RDNAIGS分类学
- 浒苔(Ulva prolifera)核糖体基因簇单元全长序列的克隆与分析被引量：1
- 2019年
- 核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全长序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列为8948bp,其中18SrDNA1760bp,28SrDNA3259bp,ITS1205bp,5.8SrDNA160bp,ITS2176bp和IGS3388bp。对各部分序列的碱基组成进行分析后,我们发现ITS1,ITS2和IGS序列对胞嘧啶具有明显的偏好性,而18SrDNA和28SrDNA序列对鸟嘌呤具有明显的偏好性。浒苔核糖体基因簇单元全长序列的GC含量为54.12%,其中ITS1、ITS2和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,这表明内转录单元间隔区序列和基因间间隔区序列比保守序列变异率更高,进化速率更快。另外,IGS序列中发现大量简单的直接重复序列、串联重复序列、短对称序列和回文序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列可为其分类及分子鉴定提供有效的工具。
- 沈伟杰缪晓翔何渊韩红宾王宗灵穆新武沈颂东
- 关键词：浒苔ITS1ITS2IGS
- 坛紫菜(Pyropia haitanensis)核糖体基因簇序列的测定
- 2015年
- 坛紫菜是我国独有的栽培紫菜物种,而目前对坛紫菜分类学层面上仍缺乏有效的分子鉴定技术.本研究通过PCR方法,对采自福建省莆田海区坛紫菜样品核糖体基因簇序列进行了测定,目的是为坛紫菜分类及种质鉴定提供分子生物学证据.测定结果表明,坛紫菜样品的18Sr DNA的全长序列长度为2953 bp;28S r DNA部分序列3603 bp,且不含内含子;5.8S r DNA长度为158 bp,该区域的5’端和3’端十分保守,在紫菜属中差异较小;ITS1的长度为334 bp;ITS2为678bp.已经测定IGS区的部分长度为3555 bp,该区域存在复杂二级结构.通过对坛紫菜核糖体基因簇序列的分析表明,其能够成为紫菜分类鉴定与系统演化的分子标记.
- 张皓何渊沈颂东
- 关键词：坛紫菜核糖体顺反子
